PDB-3iu0: Structural basis for zymogen activation and substrate binding of ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3iu0

タイトル

Structural basis for zymogen activation and substrate binding of transglutaminase from Streptomyces mobaraense

要素

Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / MTGase / zymogen / pro-enzyme / cross-linking / Acyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces mobaraensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Li, T.T.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural basis for zymogen activation and substrate binding of transglutaminase from Streptomyces mobaraense
著者: Yang, M. / Wang, J.M. / Wu, T.K. / Li, T.T.

履歴

登録	2009年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3iu0.cif.gz	85.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3iu0.ent.gz	62.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3iu0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3iu0_validation.pdf.gz	420.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3iu0_full_validation.pdf.gz	422.9 KB	表示
XML形式データ	3iu0_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	3iu0_validation.cif.gz	21.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/3iu0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/3iu0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1iu4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6cx6-2 4g44-d 6gmg-2 5mu8-20 6l0s-3 2rfb-1 5opa-d 6gmg-1 3wrm-1 6rq3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase

43.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.333, 67.123, 83.969
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / Transglutaminase / TGase / MTG / Microbial transglutaminase zymogen 分子量: 43333.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces mobaraensis (バクテリア) プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P81453, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / Transglutaminase / TGase / MTG / Microbial transglutaminase zymogen

分子量: 43333.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptomyces mobaraensis (バクテリア)
プラスミド: pET21d / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P81453, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 30% PEG8000, 50mM NaCl, 1mM EDTA, 1mM beta-mercaptoethanol, 0.01% NaN3, 100mM cacodylic acid, pH5.0 and 2% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 180 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
放射	モノクロメーター: blue-optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 29327 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 27.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 39.2
反射シェル	解像度: 1.9→1.99 Å / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.238 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / Num. unique all: 3592 / R_sym value: 0.238 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IU4

1iu4

解像度: 1.9→19.129 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / WR_factor R_free: 0.244 / WR_factor R_work: 0.21 / SU B: 3.246 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.16
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24394	2953	10.088 %	RANDOM
R_work	0.20971	26318	-	-
all	0.213	-	-	-
obs	0.21319	26318	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.615 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.015 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.004 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.019 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.278 Å / Luzzati d res low obs: 6 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.129 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2777	0	0	150	2927

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	2855
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.056	1.922	3879
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.142	5	352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.947	23.462	156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.278	15	413
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.94	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	382
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.183	0.2	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	1940
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.094	0.2	193
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.189	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.098	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.542	1.5	1763
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.017	2	2802
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.554	3	1092
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.579	4.5	1077

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.949	0.27	214	0.212	1891	0.218	2107	99.905	0.212
1.949-2.002	0.274	211	0.206	1841	0.213	2052	100	0.206
2.002-2.059	0.283	196	0.21	1818	0.217	2014	100	0.21
2.059-2.122	0.273	192	0.214	1754	0.22	1946	100	0.214
2.122-2.19	0.282	194	0.211	1695	0.218	1889	100	0.211
2.19-2.266	0.238	166	0.214	1679	0.216	1845	100	0.214
2.266-2.35	0.278	188	0.216	1580	0.223	1768	100	0.216
2.35-2.445	0.236	177	0.218	1537	0.22	1714	100	0.218
2.445-2.552	0.312	179	0.227	1473	0.236	1652	100	0.227
2.552-2.674	0.261	150	0.235	1426	0.237	1576	100	0.235
2.674-2.815	0.267	146	0.237	1359	0.239	1505	100	0.237
2.815-2.982	0.312	133	0.224	1292	0.232	1425	100	0.224
2.982-3.183	0.263	149	0.225	1198	0.229	1347	100	0.225
3.183-3.43	0.243	132	0.214	1130	0.217	1262	100	0.214
3.43-3.745	0.219	128	0.194	1056	0.196	1184	100	0.194
3.745-4.167	0.186	102	0.168	976	0.17	1078	100	0.168
4.167-4.774	0.168	99	0.18	850	0.179	950	99.895	0.18
4.774-5.758	0.24	87	0.209	742	0.212	829	100	0.209
5.758-7.798	0.226	70	0.231	610	0.23	680	100	0.231
7.798-19.129	0.232	40	0.215	411	0.216	451	100	0.215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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