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- PDB-3itk: Crystal structure of human UDP-glucose dehydrogenase Thr131Ala, a... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3itk | ||||||
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Title | Crystal structure of human UDP-glucose dehydrogenase Thr131Ala, apo form. | ||||||
![]() | UDP-glucose 6-dehydrogenase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() Formation of the active cofactor, UDP-glucuronate / chondroitin sulfate biosynthetic process / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chaikuad, A. / Egger, S. / Yue, W.W. / Sethi, R. / Filippakopoulos, P. / Muniz, J.R.C. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. ...Chaikuad, A. / Egger, S. / Yue, W.W. / Sethi, R. / Filippakopoulos, P. / Muniz, J.R.C. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Kavanagh, K.L. / Nidetzky, B. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure and mechanism of human UDP-glucose 6-dehydrogenase. Authors: Egger, S. / Chaikuad, A. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U. / Nidetzky, B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 559.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 460.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2q3eSC ![]() 2qg4C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS ensembles :
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Details | THE HEXAMER IN THE ASYMMETRIC UNIT REPRESENTS THE HEXAMERIC BIOLOGICAL UNIT. |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 52053.395 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 1-466 / Mutation: T131A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-PG4 / ![]() #3: Chemical | ChemComp-EDO / ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.64 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293.15 K / pH: 6 Details: 15% PEG smears (PEG 400, 600, 1000, 2000, 3350, 4000, MME 5000, 6000, 8000, 10000), 0.1M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 15, 2009 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.4→52.9 Å / Num. obs: 130411 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 40.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 7.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.53 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB ENTRY 2Q3E Resolution: 2.4→52.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 16.607 / SU ML: 0.174 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.381 / ESU R Free: 0.246 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: RESIDUAL ONLY. THE NCS RESTRAINTS HAVE BEEN USED IN REFINEMENT.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 12.77 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.328 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→52.9 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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