PDB-3itj: Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae thioredoxin reducta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3itj

タイトル

Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae thioredoxin reductase 1 (Trr1)

要素

Thioredoxin reductase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Thioredoxin reductase 1 alpha/beta type protein / Disulfide bond / FAD / Flavoprotein / NADP / Phosphoprotein / Redox-active center

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / ferrous iron binding / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Oliveira, M.A. / Discola, K.F. / Alves, S.V. / Medrano, F.J. / Guimaraes, B.G. / Netto, L.E.S.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Insights into the specificity of thioredoxin reductase-thioredoxin interactions. A structural and functional investigation of the yeast thioredoxin system.
著者: Oliveira, M.A. / Discola, K.F. / Alves, S.V. / Medrano, F.J. / Guimaraes, B.G. / Netto, L.E.

履歴

登録	2009年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3itj.cif.gz	255.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3itj.ent.gz	205 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3itj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3itj_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3itj_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	3itj_validation.xml.gz	58.6 KB	表示
CIF形式データ	3itj_validation.cif.gz	78.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/3itj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/3itj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1vdcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4fk1-1 3d8x-d 2q7v-d 3f8d-2 5uwy-1 3ish-1 2a87-d 3f8d-1 3f8p-1 4jna-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (2) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thioredoxin reductase 1

B: Thioredoxin reductase 1

C: Thioredoxin reductase 1

D: Thioredoxin reductase 1

ヘテロ分子

150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thioredoxin reductase 1

ヘテロ分子

D: Thioredoxin reductase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thioredoxin reductase 1

C: Thioredoxin reductase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.975, 135.411, 75.819
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.95, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-379- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

#1: タンパク質	Thioredoxin reductase 1 分子量: 36317.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: W303 / 遺伝子: D9476.5, TRR1, YDR353W / プラスミド: pPROEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5A 参照: UniProt: P29509, thioredoxin-disulfide reductase (NADPH)
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 2.7 M Sodium citrate pH 4.0, 12% PEG 3000, 0.1 M Trimethylamine hydrochloride. Drop volume of 6.0 ml, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

LNLS

/ ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.431 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月5日 / 詳細: mirrors

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.431 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.783
1	1	-h,-k,l	2	0.217

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 46488 / % possible obs: 97.03 % / Observed criterion σ(I): 4.3 / 冗長度: 6.1 % / R_sym value: 0.099 / Net I/σ(I): 17.6

反射シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / R_sym value: 0.32 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.5.0066	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1VDC

1vdc

解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 14.808 / SU ML: 0.16 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19356	2459	5 %	RANDOM
R_work	0.1693	-	-	-
obs	0.17053	46488	97.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.636 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.22 Å²	0 Å²	1.94 Å²
2-	-	-1.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9262	0	290	277	9829

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	9737
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.253	2	13254
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.114	5	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.28	24.8	350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.859	15	1546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.561	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.141	0.2	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	7184
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.993	1.5	6217
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.638	2	9917
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.938	3	3520
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.326	4.5	3336
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1967 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	medium positional	0.76	0.5
B	medium positional	0.85	0.5
C	medium positional	0.72	0.5
D	medium positional	1.16	0.5
A	medium thermal	1.44	2
B	medium thermal	1.6	2
C	medium thermal	1.44	2
D	medium thermal	1.62	2

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.272	220	-
R_work	0.18	3474	-
obs	-	-	99.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8223	0.1573	-0.1602	0.7095	-0.0217	0.6633	-0.0239	0.0639	-0.0283	-0.0308	0.0361	0.1073	0.0599	-0.1226	-0.0122	0.0442	0.0063	-0.0114	0.0482	-0.0059	0.0376	16.3196	-14.1467	14.9962
2	0.805	-0.1345	-0.3956	1.0753	0.3301	1.0022	0.0011	-0.0408	0.025	0.035	-0.0047	-0.0235	-0.0277	0.0144	0.0036	0.0655	-0.0063	0	0.06	0.0078	0.0714	19.7097	18.1883	20.0861
3	0.996	0.2265	-0.2986	1.0321	-0.3992	1.1705	0.0022	-0.055	-0.0679	0.071	-0.0027	0.039	0.0562	-0.0091	0.0005	0.0292	-0.0034	-0.0129	0.0461	-0.0053	0.0284	21.8433	-11.6505	27.1378
4	1.4877	-0.1689	-0.3719	1.7187	0.3148	1.2455	0.0391	0.0453	0.1435	-0.0128	-0.0104	0.0341	-0.1117	-0.0708	-0.0288	0.0696	-0.0012	-0.0235	0.0556	0.0154	0.0187	28.0172	69.6868	14.4603
5	0.8581	-0.0259	-0.0812	0.2832	0.0238	0.4267	0.0074	0.0553	0.0633	-0.0288	-0.0023	-0.0189	-0.0384	0.0274	-0.0051	0.0768	-0.0051	-0.0007	0.032	0.0026	0.0487	46.337	73.9508	21.2183
6	0.7146	-0.362	-0.2607	0.9903	0.4292	1.2014	-0.0029	-0.0795	0.032	0.0596	0.0082	0.0722	0.0044	-0.0677	-0.0054	0.0641	0.0015	-0.0039	0.0492	0.0135	0.0495	27.1702	67.731	29.4272
7	0.8254	-0.0136	0.0683	0.9789	-0.1663	0.9284	0.0417	0.014	-0.1492	-0.0835	-0.0064	0.0393	0.1513	-0.0051	-0.0352	0.069	-0.0044	0.0121	0.0693	-0.0132	0.0613	38.5782	44.2776	16.8552
8	1.1342	0.064	0.0152	1.2992	-0.2067	0.9852	0.0016	0.0952	0.0055	-0.1078	0.004	-0.078	-0.0104	0.0637	-0.0055	0.0941	0.0009	-0.0034	0.1051	0.0005	0.1014	5.0378	44.177	18.9698
9	0.9956	-0.08	0.3215	1.2986	-0.2728	1.3282	0.0097	-0.1249	-0.1072	0.0984	0.0018	-0.0262	0.0528	0.0013	-0.0114	0.0607	0.0071	0.0099	0.0486	-0.0115	0.0415	34.4653	48.5422	29.0267
10	1.0208	0.1225	0.4765	0.2405	0.0032	0.7999	-0.0112	0.1064	-0.0482	-0.019	0.0446	-0.1549	0.0032	0.1594	-0.0335	0.0655	0.0031	0.0131	0.0621	0.0061	0.0602	46.2787	132.7349	14.3973
11	0.6791	-0.3828	0.3686	0.9393	0.0005	0.667	0.0031	0.0205	0.0141	-0.0189	0.0018	0.1128	-0.024	-0.1226	-0.005	0.1671	-0.0071	0.0024	0.1665	-0.0015	0.168	43.7273	98.8377	18.442
12	0.9443	0.3678	0.3361	0.4646	0.1428	1.0615	-0.0027	-0.0411	0.009	0.0691	0.0052	-0.0401	0.0052	0.016	-0.0026	0.0496	-0.0037	0.0102	0.0644	0.0067	0.0466	42.3331	127.4896	26.2778

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 123
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	124 - 247
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	248 - 317
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 65
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	66 - 253
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	254 - 318
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1 - 122
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	123 - 247
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	248 - 317
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	1 - 122
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	123 - 244
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	245 - 317

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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