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- PDB-4jna: Crystal structure of the DepH complex with dimethyl-FK228 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jna
タイトルCrystal structure of the DepH complex with dimethyl-FK228
要素
  • DepH
  • Dimethyl FK228
キーワードOxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / disulfide bond formation / FK228 / depsipeptide / FAD-dependent oxidoreductase / Oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dimethyl FK228 / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / DepH
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium violaceum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Li, J. / Wang, C. / Zhang, Z.M. / Zhou, J.H. / Cheng, E.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2014
タイトル: The structural basis of an NADP+-independent dithiol oxidase in FK228 biosynthesis.
著者: Li, J. / Wang, C. / Zhang, Z.M. / Cheng, Y.Q. / Zhou, J.
履歴
登録2013年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月9日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_validate_polymer_linkage / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DepH
B: DepH
H: Dimethyl FK228
I: Dimethyl FK228
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,75814
ポリマ－74,6814
非ポリマー2,07710
水4,792266
1
A: DepH
I: Dimethyl FK228
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3807
ポリマ－37,3402
非ポリマー1,0405
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area13430 Å2
手法PISA
2
B: DepH
H: Dimethyl FK228
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3777
ポリマ－37,3402
非ポリマー1,0375
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area13770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.283, 154.283, 71.828
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABHI

#1: タンパク質 DepH


分子量: 36751.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア)
株: No. 968 / 遺伝子: depH / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4ZPY8
#2: タンパク質・ペプチド Dimethyl FK228


タイプ: Cyclic depsipeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 588.780 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: DIMETHYL FK228 IS THE REDUCED AND MODIFIED FORM OF ROMIDEPSIN. THE DISULFIDE INTRAMOLECULAR LINKAGE OF ROMIDEPSIN IS BROKEN, AND BOTH SULFHYDRYL GROUPS ARE METHYLATED.
参照: Dimethyl FK228

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非ポリマー , 6種, 276分子

#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ROMIDEPSIN (INN, TRADE NAME ISTODAX), CODENAMED FK228 AND FR901228, IS A NATURAL PRODUCT OBTAINED ...ROMIDEPSIN (INN, TRADE NAME ISTODAX), CODENAMED FK228 AND FR901228, IS A NATURAL PRODUCT OBTAINED FROM THE BACTERIA CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM, AND WORKS BY BLOCKING ENZYMES KNOWN AS HISTONE DEACETYLASES AND INDUCING APOPTOSIS. DIMETHYL FK228 IS THE REDUCED AND MODIFIED FORM OF ROMIDEPSIN, WHICH DOES NOT HAVE THE DISULFIDE INTRAMOLECULAR LINKAGE, AND BOTH SULFHYDRYL GROUPS ARE METHYLATED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M citric acid, 0.2M (NH4)2SO4, 11.75 % PEG4000, pH 5.0, microseeding, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97877 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月26日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97877 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 57606 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2-2.077.40.625190.9
2.07-2.159.50.52199.7
2.15-2.259.10.425191.5
2.25-2.379.40.262190.7
2.37-2.5210.30.1671100
2.52-2.7110.50.1171100
2.71-2.9910.70.0841100
2.99-3.4210.70.071100
3.42-4.3110.20.085199.5
4.31-5010.20.042198.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3FBS

3fbs


解像度: 2→33.981 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2216 2886 5.07 %
Rwork0.1519 --
obs0.1555 56898 96.56 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→33.981 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4532 0 135 266 4933
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064837
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.226563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2851822
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093703
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004862
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.03280.32281370.24812283X-RAY DIFFRACTION88
2.0328-2.06790.28761350.21712451X-RAY DIFFRACTION94
2.0679-2.10550.28841260.17252638X-RAY DIFFRACTION99
2.1055-2.1460.27021430.16152616X-RAY DIFFRACTION100
2.146-2.18980.28161180.19882648X-RAY DIFFRACTION100
2.1898-2.23740.41411160.28772022X-RAY DIFFRACTION77
2.2374-2.28940.58641220.42331901X-RAY DIFFRACTION73
2.2894-2.34660.25211430.17612634X-RAY DIFFRACTION100
2.3466-2.41010.19631270.13172654X-RAY DIFFRACTION100
2.4101-2.4810.21311430.13182636X-RAY DIFFRACTION100
2.481-2.5610.22441570.13622621X-RAY DIFFRACTION100
2.561-2.65250.24271340.13442661X-RAY DIFFRACTION100
2.6525-2.75870.24781470.14132649X-RAY DIFFRACTION100
2.7587-2.88420.24431330.14262673X-RAY DIFFRACTION100
2.8842-3.03610.24121380.15022664X-RAY DIFFRACTION100
3.0361-3.22620.17371500.13942660X-RAY DIFFRACTION100
3.2262-3.47510.20861400.14442675X-RAY DIFFRACTION100
3.4751-3.82440.22061540.14542649X-RAY DIFFRACTION99
3.8244-4.37680.15591490.12182708X-RAY DIFFRACTION100
4.3768-5.51050.17211560.11282734X-RAY DIFFRACTION100
5.5105-33.98620.17841180.15192835X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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