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万見
- PDB-3itg: Structure the proline utilization A proline dehydrogenase domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3itg
タイトルStructure the proline utilization A proline dehydrogenase domain (PutA86-630) inactivated with N-propargylglycine
要素Bifunctional protein putA
キーワードOXIDOREDUCTASE / Proline utilization A / PutA / flavoenzyme / mechanism-based inactivation / DNA-binding / FAD / Flavoprotein / Multifunctional enzyme / NAD / Proline metabolism / Repressor / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


proline dehydrogenase / proline dehydrogenase activity / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / proline biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / cytoplasmic side of plasma membrane / flavin adenine dinucleotide binding ...proline dehydrogenase / proline dehydrogenase activity / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / proline biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / cytoplasmic side of plasma membrane / flavin adenine dinucleotide binding / response to oxidative stress / sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / PutA, RHH domain / TIM Barrel - #220 / Proline dehydrogenase PutA, domain I / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase 3 / Proline dehydrogenase PutA, domain II / Proline dehydrogenase PutA, domain I/II / DNA-binding domain of Proline dehydrogenase ...: / PutA, RHH domain / TIM Barrel - #220 / Proline dehydrogenase PutA, domain I / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase 3 / Proline dehydrogenase PutA, domain II / Proline dehydrogenase PutA, domain I/II / DNA-binding domain of Proline dehydrogenase / Bifunctional protein PutA / Proline dehydrogenase domain / Proline dehydrogenase / : / FAD-linked oxidoreductase-like / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / Bifunctional protein PutA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Tanner, J.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: The structure of the proline utilization a proline dehydrogenase domain inactivated by N-propargylglycine provides insight into conformational changes induced by substrate binding and flavin reduction.
著者: Srivastava, D. / Zhu, W. / Johnson, W.H. / Whitman, C.P. / Becker, D.F. / Tanner, J.J.
履歴
登録2009年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional protein putA
B: Bifunctional protein putA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,5524
ポリマ－134,9772
非ポリマー1,5752
水4,342241
1
A: Bifunctional protein putA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2762
ポリマ－67,4891
非ポリマー7881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Bifunctional protein putA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2762
ポリマ－67,4891
非ポリマー7881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.480, 133.360, 133.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional protein putA / Proline dehydrogenase / Proline oxidase / Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / P5C dehydrogenase


分子量: 67488.656 Da / 分子数: 2 / 断片: Proline dehydrogenase domain, residues 86-630 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: putA, poaA, b1014, JW0999 / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: P09546, EC: 1.5.99.8, EC: 1.5.1.12
#2: 化合物 ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH2


分子量: 787.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: The reservoir contained three parts of reagent A and one part of reagent B. Reagent A consists of 26% (w/v) PEG 5000 MME, 0.15 M ammonium sulfate, and 0.1 M MES at pH 5.8. Reagent B consists ...詳細: The reservoir contained three parts of reagent A and one part of reagent B. Reagent A consists of 26% (w/v) PEG 5000 MME, 0.15 M ammonium sulfate, and 0.1 M MES at pH 5.8. Reagent B consists of 0.2 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris, 25% (w/v) PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月1日
放射モノクロメーター: beamline optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→31.409 Å / Num. obs: 60418 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.15-2.273.30.4891.42959388400.48998.9
2.27-2.44.10.3572.13435684400.35799.7
2.4-2.574.10.2552.93251779570.25599.5
2.57-2.784.10.1863.93024973490.18699
2.78-3.044.10.1335.42783467190.13398.4
3.04-3.44.20.08882543160790.08897.8
3.4-3.934.20.064102250653320.06496.7
3.93-4.814.30.04811.61891044320.04895.5
4.81-6.84.30.047111471834130.04793.8
6.8-31.474.20.03111.3787318570.03190.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25data processing
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1tiw

1tiw


解像度: 2.15→30.748 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / FOM work R set: 0.858 / SU ML: 0.52 / Isotropic thermal model: isotropic plus TLS / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 3048 5.05 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.195 60403 97.39 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.591 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 113.55 Å2 / Biso mean: 33.85 Å2 / Biso min: 8.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.213 Å20 Å2-0 Å2
2--2.815 Å20 Å2
3----1.601 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→30.748 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6133 0 106 241 6480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066377
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9828695
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061973
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051123
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9642275
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.15-2.1840.3121380.2732551268997
2.184-2.2190.2571250.2442618274399
2.219-2.2580.3051260.23526502776100
2.258-2.2990.2871550.21426472802100
2.299-2.3430.2351510.19626232774100
2.343-2.3910.2351460.1872640278699
2.391-2.4430.2561580.1912609276799
2.443-2.4990.2081410.1842648278999
2.499-2.5620.2481310.1842634276599
2.562-2.6310.2481550.1812607276299
2.631-2.7080.2141420.1752654279699
2.708-2.7960.2341300.1922627275798
2.796-2.8960.2441240.1852614273898
2.896-3.0120.2021560.1892589274598
3.012-3.1480.2371280.1822629275798
3.148-3.3140.2521500.1852572272297
3.314-3.5220.2031370.1782605274297
3.522-3.7930.2241150.1752628274396
3.793-4.1740.1891360.1622559269595
4.174-4.7760.2111370.1572551268894
4.776-6.010.2191390.1872545268493
6.01-30.7510.241280.2272555268389
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0063-0.0243-0.6020.386-0.05361.2872-0.0725-0.1344-0.12430.02310.035-0.09050.09440.17490.03160.08250.01250.00240.0983-0.01060.13930.34788.2794-8.1959
20.95610.6121-0.01271.1490.060.2697-0.08060.12490.1028-0.07190.0330.138-0.0081-0.09530.0410.0901-0.0067-0.01260.1688-0.01180.0855-32.253325.0477-25.1617
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA87 - 610
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB87 - 610

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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