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- PDB-3itb: Crystal structure of Penicillin-Binding Protein 6 (PBP6) from E. ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3itb
タイトルCrystal structure of Penicillin-Binding Protein 6 (PBP6) from E. coli in complex with a substrate fragment
要素
  • D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacC
  • Peptidoglycan substrate (AMV)A(FGA)K(DAL)(DAL)
キーワードHYDROLASE / Penicillin-Binding Protein / PBP6 / DD-carboxypeptidase / peptidoglycan / substrate fragment / Carboxypeptidase / Cell inner membrane / Cell membrane / Cell shape / Cell wall biogenesis/degradation / Membrane / Peptidoglycan synthesis / Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / carboxypeptidase activity / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / regulation of cell shape / response to xenobiotic stimulus / protein homodimerization activity ...serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / carboxypeptidase activity / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / regulation of cell shape / response to xenobiotic stimulus / protein homodimerization activity / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan synthesis regulatory factor (PBP3), Domain 2 / D-Ala-D-Ala carboxypeptidase, C-terminal domain / D-Ala-D-Ala carboxypeptidase, C-terminal domain superfamily / Peptidase S11, D-Ala-D-Ala carboxypeptidase A, C-terminal / Penicillin-binding protein 5, C-terminal domain / Penicillin-binding protein 5, C-terminal domain / Penicillin-binding protein, C-terminal domain superfamily / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A, N-terminal / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase ...Peptidoglycan synthesis regulatory factor (PBP3), Domain 2 / D-Ala-D-Ala carboxypeptidase, C-terminal domain / D-Ala-D-Ala carboxypeptidase, C-terminal domain superfamily / Peptidase S11, D-Ala-D-Ala carboxypeptidase A, C-terminal / Penicillin-binding protein 5, C-terminal domain / Penicillin-binding protein 5, C-terminal domain / Penicillin-binding protein, C-terminal domain superfamily / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A, N-terminal / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / Chem-AMV / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Chen, Y. / Zhang, W. / Shi, Q. / Hesek, D. / Lee, M. / Mobashery, S. / Shoichet, B.K.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of penicillin-binding protein 6 from Escherichia coli.
著者: Chen, Y. / Zhang, W. / Shi, Q. / Hesek, D. / Lee, M. / Mobashery, S. / Shoichet, B.K.
履歴
登録2009年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Database references / Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.32017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_validate_polymer_linkage / software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02024年3月27日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_name_com.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 3.12024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacC
B: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacC
C: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacC
D: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacC
L: Peptidoglycan substrate (AMV)A(FGA)K(DAL)(DAL)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,08113
ポリマ－152,8555
非ポリマー1,2268
水12,592699
1
A: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1872
ポリマ－38,0911
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3794
ポリマ－38,0911
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5303
ポリマ－38,0911
非ポリマー4382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacC
L: Peptidoglycan substrate (AMV)A(FGA)K(DAL)(DAL)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9844
ポリマ－38,5812
非ポリマー4032
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.534, 185.351, 82.329
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21D
12D
22A
13D
23B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLUGLUGLUGLU3CC290290
211GLUGLUGLUGLU3DD290290
121GLYGLYASPASP4CC90 - 9190 - 91
221GLYGLYASPASP4DD90 - 9190 - 91
112GLYGLYASPASP3DD90 - 9190 - 91
212GLYGLYASPASP3AA90 - 9190 - 91
113GLYGLYASPASP3DD90 - 9190 - 91
213GLYGLYASPASP3BB90 - 9190 - 91

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 5分子 ABCDL

#1: タンパク質
D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacC / DD-carboxypeptidase / DD-peptidase / Penicillin-binding protein 6 / PBP-6


分子量: 38091.301 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: dacC, b0839, JW0823 / プラスミド: PET-24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P08506, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: タンパク質・ペプチド Peptidoglycan substrate (AMV)A(FGA)K(DAL)(DAL)


分子量: 489.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-AMV / methyl 2-acetamido-3-O-[(1R)-1-carboxyethyl]-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside / METHYL 2-(ACETYLAMINO)-3-O-[(1R)-1-CARBOXYETHYL]-2-DEOXY-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / methyl 2-acetamido-3-O-[(1R)-1-carboxyethyl]-2-deoxy-beta-D-glucoside / methyl 2-acetamido-3-O-[(1R)-1-carboxyethyl]-2-deoxy-D-glucoside / methyl 2-acetamido-3-O-[(1R)-1-carboxyethyl]-2-deoxy-glucoside / メチル3-O-[(R)-1-カルボキシエチル]-2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 307.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C12H21NO8

-
非ポリマー , 2種, 705分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 699 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.29 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PEG 8000, pH 4.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM Q315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 136723 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.107 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.862.20.59129971.293184
1.86-1.942.20.422132361.188185.4
1.94-2.032.30.266132571.05185.3
2.03-2.132.30.188130731.03184.3
2.13-2.272.30.154130341.063184
2.27-2.442.30.133131961.083185
2.44-2.692.20.113137021.034188.3
2.69-3.082.20.094146221.071193.9
3.08-3.882.20.067150371.132196.4
3.88-502.30.046145691.141192.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.5.0072位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: apo PBP6 model

解像度: 1.8→40.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.301 / WRfactor Rwork: 0.242 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.797 / SU B: 3.31 / SU ML: 0.101 / SU R Cruickshank DPI: 0.145 / SU Rfree: 0.144 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 6831 5 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.207 136655 87.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.58 Å2 / Biso mean: 38.923 Å2 / Biso min: 19.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8 Å20 Å20.27 Å2
2---2.87 Å20 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10613 0 53 699 11365
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02210954
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7331.97614852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg14.31851402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.95925.045448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.198151895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5841554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1780.21710
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0218126
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.291.56913
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.512211106
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.26134041
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.0514.53744
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1C4TIGHT POSITIONAL0.080.05
1C12MEDIUM POSITIONAL0.170.5
1C5LOOSE POSITIONAL0.715
1C4TIGHT THERMAL2.340.5
1C12MEDIUM THERMAL1.372
1C5LOOSE THERMAL1.5710
2D8TIGHT POSITIONAL0.050.05
2D4LOOSE POSITIONAL0.135
2D8TIGHT THERMAL1.430.5
2D4LOOSE THERMAL2.4910
3D8TIGHT POSITIONAL0.050.05
3D4LOOSE POSITIONAL0.125
3D8TIGHT THERMAL2.350.5
3D4LOOSE THERMAL3.5910
LS精密化 シェル解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.438 467 -
Rwork0.373 8944 -
all-9411 -
obs--82.13 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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