PDB-3isl: Crystal structure of ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase (p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3isl

タイトル

Crystal structure of ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase (pucG) from Bacillus subtilis

要素

Purine catabolism protein pucG

キーワード

TRANSFERASE / Pyridoxalphosphate / PLP dependent enzymes / purine metabolism / transaminases / aminotransferases / Aminotransferase / Pyridoxal phosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

(S)-ureidoglycine-glyoxylate transaminase / allantoin catabolic process / glycine biosynthetic process, by transamination of glyoxylate / serine-pyruvate transaminase activity / alanine-glyoxylate transaminase activity / purine nucleobase metabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.06 Å

データ登録者

Costa, R. / Cendron, L. / Ramazzina, I. / Berni, R. / Peracchi, A. / Percudani, R. / Zanotti, G.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Amino acids from purines in GUT bacteria
著者: Costa, R. / Cendron, L. / Ramazzina, I. / Berni, R. / Peracchi, A. / Zanotti, G. / Percudani, R.

履歴

登録	2009年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3isl.cif.gz	167.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3isl.ent.gz	132.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3isl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3isl_validation.pdf.gz	464.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3isl_full_validation.pdf.gz	489.5 KB	表示
XML形式データ	3isl_validation.xml.gz	35.2 KB	表示
CIF形式データ	3isl_validation.cif.gz	48.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/3isl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/3isl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1jvoS 1vjo S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2z9u-d 2z9v-d 2ch1-1 4azj-d 2z9w-d 5qq4-1 4ix8-d 2ch2-2 2zuk-d 2ch2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine catabolism protein pucG

B: Purine catabolism protein pucG

ヘテロ分子

92.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.400, 95.990, 101.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.23, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-551- HOH
2	1	B-548- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

#1: タンパク質	Purine catabolism protein pucG / Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase 分子量: 45798.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: pucG, yurG, BSU32520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 DE3 / 参照: UniProt: O32148, 転移酵素
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9 詳細: 30% PEG MME550, 0.1M NaCl, 0.1M Bicine, pH9.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月15日 / 詳細: Mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→27.69 Å / Num. all: 54886 / Num. obs: 54886 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 6971 / % possible all: 85.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0072	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JVO

1jvo

解像度: 2.06→27.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 10.713 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24689	2787	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19341	-	-	-
obs	0.1961	52089	99.51 %	-
all	-	54886	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.436 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.81 Å²	0 Å²	-1.7 Å²
2-	-	2.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.06→27.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6002	0	30	306	6338

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	6148
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.052	1.974	8330
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.964	5	770
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.265	23.284	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.524	15	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.27	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.196	0.2	944
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	4618
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.015	1.5	3836
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.744	2	6184
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.219	3	2312
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.731	4.5	2146
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1544	medium positional	0.11	0.5
1446	loose positional	0.48	5
1544	medium thermal	0.81	2
1446	loose thermal	1.25	10

LS精密化シェル

解像度: 2.061→2.115 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	200	-
R_work	0.261	3616	-
obs	-	3616	94.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6042	0.2775	0.2271	0.5325	0.219	0.7826	0.0004	-0.0012	-0.0679	0.0624	0.0059	-0.0597	0.0178	0.0422	-0.0063	0.1606	-0.0261	0.0106	0.1169	0.0145	0.1455	11.1964	-14.3201	11.0999
2	0.7441	0.1556	0.5588	1.052	0.4734	1.4407	0.0501	-0.2266	-0.0241	0.1202	-0.0605	-0.0621	-0.0345	-0.1414	0.0105	0.1147	-0.0711	-0.0072	0.1657	0.0116	0.1135	20.4435	-3.3732	29.502
3	4.8998	0.8176	-2.3201	3.3873	1.8224	4.6286	0.0742	-0.0906	-0.0861	0.3658	-0.0924	-0.5575	0.3963	0.067	0.0182	0.1315	-0.0325	-0.0491	0.0921	0.1295	0.3224	15.5822	-24.3445	27.8344
4	0.8466	-0.1119	0.4343	1.1352	-0.0984	0.8177	-0.0718	0.0014	0.0572	-0.0033	0.0092	-0.0487	-0.1096	0.1269	0.0626	0.1947	-0.0517	0.004	0.1537	0.0014	0.1767	14.9442	-1.6527	7.7843
5	2.4269	-0.1378	0.5508	0.6792	0.0083	1.7363	-0.2059	-0.2653	0.3241	0.0987	0.0209	0.0716	-0.3531	-0.1632	0.1851	0.2394	0.0041	-0.0496	0.0683	-0.0295	0.1799	3.4883	12.9533	13.3042
6	6.3576	-4.3547	0.6542	9.6407	0.3007	7.3968	0.1448	0.0551	0.3838	-0.7071	-0.4164	-0.2245	-0.5133	0.2612	0.2717	0.2818	-0.1115	-0.0895	0.1194	0.0596	0.2512	10.925	19.0635	-0.8731
7	0.689	0.0029	0.2734	0.5187	-0.3075	0.4683	0.0066	-0.0597	-0.0001	0.071	-0.0103	-0.0442	-0.0584	-0.1102	0.0037	0.1656	-0.0282	0.0182	0.1484	0.0093	0.1511	-4.7393	-17.6841	13.0253
8	0.4195	-0.0481	0.327	1.278	-0.2558	1.8395	0.0951	-0.1972	-0.0479	0.212	-0.0656	-0.043	-0.1344	0.0473	-0.0295	0.133	-0.1133	0.0302	0.2515	0.0711	0.1157	-5.5007	-27.3444	35.0746
9	5.715	-1.2555	0.1604	7.2789	-2.0129	0.5648	-0.3	-0.2204	0.2824	0.8912	0.2515	-0.1277	-0.2443	-0.0772	0.0485	0.2944	-0.0622	0.0743	0.3416	-0.1061	0.1353	-1.5175	-7.2717	31.8786
10	1.0279	-0.0885	-0.1409	0.7489	0.1878	0.8626	0.0671	-0.126	-0.0927	0.1106	-0.0459	0.1029	0.0303	-0.1546	-0.0212	0.1704	-0.0551	0.004	0.1861	0.0465	0.1825	-10.0349	-29.8047	13.5416
11	1.5963	-0.1613	-0.6242	0.7237	0.2785	2.2738	0.0387	-0.2382	-0.3033	0.0655	0.0127	-0.0132	0.354	0.2275	-0.0514	0.1701	-0.0341	-0.0095	0.0852	0.053	0.2298	2.7026	-44.3796	13.4416
12	8.2896	-3.4048	-1.7551	9.8448	2.0052	6.3961	0.116	0.2396	-0.4886	-0.1551	-0.061	0.2927	0.1826	-0.2212	-0.055	0.2193	-0.0727	-0.0038	0.1529	0.0193	0.205	-10.0713	-50.4291	3.9175

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 70
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	71 - 224
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	243 - 268
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	269 - 313
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	314 - 396
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	397 - 411
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	7 - 63
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	64 - 224
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	243 - 268
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	269 - 313
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	314 - 396
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	397 - 411

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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