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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3is2 | ||||||
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タイトル | 2.3 Angstrom Crystal Structure of a Cys71 Sulfenic Acid form of Vivid | ||||||
![]() | (Vivid PAS protein VVD) x 2 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zoltowski, B.D. / Lamb, J.S. / Pabit, S.A. / Li, L. / Pollack, L. / Crane, B.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Illuminating solution responses of a LOV domain protein with photocoupled small-angle X-ray scattering. 著者: Lamb, J.S. / Zoltowski, B.D. / Pabit, S.A. / Li, L. / Crane, B.R. / Pollack, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The crystal structure contains a dimer in the asymmetric unit, however the physiologically relevant photo-induced dimer is currently unknown. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17529.004 Da / 分子数: 1 / 断片: VVD-36 (UNP RESIDUES 37-186) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CSO at position 71 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: G17A4.050, Vivid, vvd / プラスミド: pET28 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 17513.004 Da / 分子数: 1 / 断片: VVD-36 (UNP RESIDUES 37-186) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CYS at position 71 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: G17A4.050, Vivid, vvd / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() | ||
#3: 化合物 | ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.52 % |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 20 mM imidazole, 26% PEG 4000, 100 mM trisodium citrate, 100 mM NaCl, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月20日 |
放射 | モノクロメーター: Double-bounce downward, offset 25 -110 mm プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 15003 / Num. obs: 14822 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 33.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 24.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 98.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
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