PDB-3iru: Crystal structure of phoshonoacetaldehyde hydrolase like protein ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3iru

タイトル

Crystal structure of phoshonoacetaldehyde hydrolase like protein from Oleispira antarctica

要素

phoshonoacetaldehyde hydrolase like protein

キーワード

structural genomics / unknown function / Oleispira antarctica / Phosphonoacetaldehyde hydrolase like protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphonoacetaldehyde hydrolase / phosphonoacetaldehyde hydrolase activity / organic phosphonate catabolic process / phosphoglycolate phosphatase activity / DNA repair / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Oleispira antarctica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Chang, C. / Evdokimova, E. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Genome sequence and functional genomic analysis of the oil-degrading bacterium Oleispira antarctica.
著者: Kube, M. / Chernikova, T.N. / Al-Ramahi, Y. / Beloqui, A. / Lopez-Cortez, N. / Guazzaroni, M.E. / Heipieper, H.J. / Klages, S. / Kotsyurbenko, O.R. / Langer, I. / Nechitaylo, T.Y. / Lunsdorf, ...

履歴

登録	2009年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2013年12月25日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3iru.cif.gz	123.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3iru.ent.gz	97.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3iru.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3iru_validation.pdf.gz	431.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3iru_full_validation.pdf.gz	438.7 KB	表示
XML形式データ	3iru_validation.xml.gz	25.2 KB	表示
CIF形式データ	3iru_validation.cif.gz	34.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/3iru ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/3iru	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3i4qC 3lmbC 3lnpC 3m16C 3qvmC 3v77C 3vcrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ljs-1 2xzp-1 11573 3w1v-1 7ljt-1 2e9x-d 1h7x-2 7lju-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC40629

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (4) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1)

登録構造単位

A: phoshonoacetaldehyde hydrolase like protein

B: phoshonoacetaldehyde hydrolase like protein

ヘテロ分子

61.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: phoshonoacetaldehyde hydrolase like protein

B: phoshonoacetaldehyde hydrolase like protein

ヘテロ分子

A: phoshonoacetaldehyde hydrolase like protein

B: phoshonoacetaldehyde hydrolase like protein

ヘテロ分子

A: phoshonoacetaldehyde hydrolase like protein

B: phoshonoacetaldehyde hydrolase like protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
184 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.280, 152.280, 61.821
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

詳細

hexamer with operators (x,y,z), (-y+1,x-y+1,z), and (-x+y,-x+1,z)

#1: タンパク質	phoshonoacetaldehyde hydrolase like protein 分子量: 30710.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Oleispira antarctica (バクテリア) プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)gold / 参照: UniProt: D0VWZ7*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.49 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 5.0 M Sodium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97942 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月30日
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 36959 / Num. obs: 36957 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 31.1
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 10.5 % / R_merge(I) obs: 0.511 / Mean I/σ(I) obs: 5.27 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
Coot		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 15.069 / SU ML: 0.157 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24542	1841	5 %	RANDOM
R_work	0.20396	-	-	-
obs	0.20602	34970	99.58 %	-
all	-	36811	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.639 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.71 Å²	-1.86 Å²	0 Å²
2-	-	-3.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4227	0	2	185	4414

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	4352
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.41	1.955	5904
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.998	5	560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.436	24.242	198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.665	15	731
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.272	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	652
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	3343
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.587	1.5	2761
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.173	2	4420
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.11	3	1591
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.688	4.5	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.298→2.357 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	113	-
R_work	0.261	2555	-
obs	-	-	98.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5991	-0.3644	-0.1356	0.7377	0.2815	0.1104	-0.1741	0.1435	0.1193	0.1633	0.126	0.1702	0.0718	0.059	0.0481	0.1504	-0.0069	-0.0137	0.1501	0.0844	0.2306	15.6903	75.7766	5.6182
2	1.0714	-0.2276	-0.5736	0.6424	-0.3584	2.552	-0.1801	0.0369	-0.1907	0.0251	0.0292	0.0816	0.0498	0.0039	0.1509	0.1006	0.022	0.0536	0.0413	0.0006	0.2253	15.1659	44.8372	11.7769
3	1.7723	-0.1849	0.3029	3.4707	-0.6469	1.9636	-0.0167	0.2017	-0.0349	-0.1793	-0.0297	-0.1202	-0.0009	0.1137	0.0464	0.0129	0.006	0.005	0.061	-0.0098	0.008	22.9206	64.4013	-2.8847
4	1.5804	0.8405	0.4088	3.224	0.2406	1.7096	0.0022	-0.0749	-0.1341	0.0784	-0.0357	-0.1157	0.0746	0.1048	0.0335	0.0195	0.0128	0.0203	0.0236	0.0068	0.069	16.9349	69.8076	10.7099
5	2.1532	1.0576	0.1817	4.811	1.7542	0.6823	-0.117	0.2454	0.1111	-0.2276	-0.0249	0.4648	-0.0711	-0.0644	0.142	0.0362	0.006	-0.0605	0.0933	0.0031	0.1207	4.129	67.3463	-0.6373
6	1.3119	-0.2721	0.4141	0.1231	-0.0796	0.132	0.0065	0.0787	-0.0959	0.0966	0.0181	0.0682	0.0086	0.0339	-0.0246	0.1568	0.0134	0.0584	0.1079	-0.0004	0.0856	18.7564	80.6705	25.5649
7	2.0135	0.5107	-0.5696	2.4867	-0.6904	2.6513	-0.1251	0.2289	0.3486	-0.0804	-0.039	-0.2687	0.0228	0.1436	0.164	0.009	-0.0134	-0.0166	0.0541	0.0596	0.1385	44.8065	96.4576	19.0483
8	3.0897	0.6535	0.0485	1.7069	0.2266	1.69	0.0344	-0.2027	-0.1749	0.213	-0.0469	-0.1844	0.1215	-0.0126	0.0125	0.0547	0.0166	-0.0176	0.0322	0.009	0.0427	31.7704	79.8515	33.7781
9	2.9572	1.0443	0.0265	3.4006	0.4029	1.2639	-0.0109	0.1357	-0.1094	-0.056	-0.0448	-0.2536	0.0318	0.0694	0.0557	0.0135	0.011	0.0011	0.0385	0.0086	0.0294	24.3087	82.1683	20.2775
10	3.1242	1.5563	1.1438	3.7729	1.0127	0.6753	-0.0481	-0.1996	0.3276	0.2603	-0.0964	0.3278	-0.06	-0.1403	0.1444	0.0698	0.0274	0.0236	0.0519	-0.0467	0.0915	20.0537	94.7447	31.7687

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	28 - 106
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	107 - 160
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	161 - 211
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	212 - 275
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 27
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	28 - 106
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	107 - 160
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	161 - 211
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	212 - 275

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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