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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3irq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a Z-Z junction | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA / Z-DNA (Z-DNA) / ADAR1 (ADAR) / RNA EDITING (RNAエディティング) / INNATE IMMUNITY (自然免疫系) / DNA JUNCTION / Z DOMAIN / Alternative promoter usage / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Cytoplasm (細胞質) / Disease mutation / DNA-binding / Hydrolase (加水分解酵素) / Isopeptide bond / Metal-binding / mRNA processing (転写後修飾) / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Polymorphism / RNA-binding / RNA-mediated gene silencing / Ubl conjugation / Zinc (亜鉛) / HYDROLASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 somatic diversification of immune receptors via somatic mutation / negative regulation of post-transcriptional gene silencing by regulatory ncRNA / C6 deamination of adenosine / Formation of editosomes by ADAR proteins / double-stranded RNA adenine deaminase / tRNA-specific adenosine deaminase activity / supraspliceosomal complex / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation / base conversion or substitution editing ...somatic diversification of immune receptors via somatic mutation / negative regulation of post-transcriptional gene silencing by regulatory ncRNA / C6 deamination of adenosine / Formation of editosomes by ADAR proteins / double-stranded RNA adenine deaminase / tRNA-specific adenosine deaminase activity / supraspliceosomal complex / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation / base conversion or substitution editing / hematopoietic stem cell homeostasis / response to interferon-alpha / adenosine to inosine editing / RISC complex assembly / pre-miRNA processing / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / definitive hemopoiesis / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of viral genome replication / hematopoietic progenitor cell differentiation / 転写後修飾 / protein export from nucleus / 赤血球形成 / response to virus / PKR-mediated signaling / 転写後修飾 / cellular response to virus / osteoblast differentiation / protein import into nucleus / double-stranded RNA binding / Interferon alpha/beta signaling / defense response to virus / 自然免疫系 / 核小体 / DNA binding / RNA binding / 核質 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Athanasiadis, A. / de Rosa, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010 タイトル: Crystal structure of a junction between two Z-DNA helices. 著者: de Rosa, M. / de Sanctis, D. / Rosario, A.L. / Archer, M. / Rich, A. / Athanasiadis, A. / Carrondo, M.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3irq.cif.gz | 79.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3irq.ent.gz | 56.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3irq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/3irq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/3irq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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詳細 | Biological assembly is a double stranded DNA molecule bound by four protein molecule |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7372.584 Da / 分子数: 4 / 断片: Zalpha domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADAR, ADAR1, DSRAD, G1P1, IFI4 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P55265, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用 #2: DNA鎖 | | 分子量: 4602.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 #3: DNA鎖 | | 分子量: 4580.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.34 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 17% PEG 2000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月27日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→106 Å / Num. all: 7972 / Num. obs: 7894 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 79.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 1089 / Rsym value: 0.149 / % possible all: 92.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1QBJ 解像度: 2.8→72.802 Å / SU ML: 0.4 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.34 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.566 Å2 / ksol: 0.305 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→72.802 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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