PDB-3iqq: X-ray structure of bovine TRTK12-Ca(2+)-S100B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3iqq

タイトル

X-ray structure of bovine TRTK12-Ca(2+)-S100B

要素

Protein S100-B
TRTK12 peptide, CapZ protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / EF hand / Alpha helical / Metal-binding / Nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / TRAF6 mediated NF-kB activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / adaptive thermogenesis / kinase inhibitor activity / sympathetic neuron projection extension / positive regulation of complement activation / RAGE receptor binding / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / S100 protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Charpentier, T.H. / Weber, D.J. / Toth, E.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: The Effects of CapZ Peptide (TRTK-12) Binding to S100B-Ca(2+) as Examined by NMR and X-ray Crystallography
著者: Charpentier, T.H. / Thompson, L.E. / Liriano, M.A. / Varney, K.M. / Wilder, P.T. / Pozharski, E. / Toth, E.A. / Weber, D.J.

履歴

登録	2009年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3iqq.cif.gz	36.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3iqq.ent.gz	23.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3iqq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3iqq_validation.pdf.gz	430.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3iqq_full_validation.pdf.gz	433.8 KB	表示
XML形式データ	3iqq_validation.xml.gz	6.8 KB	表示
CIF形式データ	3iqq_validation.cif.gz	8.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/3iqq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/3iqq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3iqoC 1mhoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3o9d-d 1d4k-d 3rm1-1 4u7v-d 6b3c-d 3d0y-d 3oxv-2 1fg6-d 1c70-d 2nph-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein S100-B

B: TRTK12 peptide, CapZ protein

ヘテロ分子

12.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein S100-B

B: TRTK12 peptide, CapZ protein

ヘテロ分子

A: Protein S100-B

B: TRTK12 peptide, CapZ protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.951, 89.772, 58.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Protein S100-B / S100 calcium-binding protein B / S-100 protein subunit beta / S-100 protein beta chain 分子量: 10681.974 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: S100B / プラスミド: pET11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02638
#2: タンパク質・ペプチド	TRTK12 peptide, CapZ protein 分子量: 1477.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: The peptide was synthesized using solid-state peptide synthesis
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.28 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 26% PEG3350, 7.5mM CaCl2, 100mM Cacodylate buffer, pH 6.8, sitting drop, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.01→35.69 Å / Num. obs: 6057 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Χ²: 1.085 / Net I/σ(I): 15.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.01-2.08	12.9	0.2	564	0.915	1	93.1
2.08-2.17	13.4	0.166	603	1.138	1	100
2.17-2.26	13.4	0.145	596	1.178	1	100
2.26-2.38	13.4	0.125	611	1.097	1	100
2.38-2.53	13.4	0.107	606	1.09	1	100
2.53-2.73	13.2	0.093	600	1.108	1	100
2.73-3	12.9	0.078	625	1.097	1	99.8
3-3.44	12.5	0.067	613	1.054	1	99.4
3.44-4.33	11.4	0.053	584	1.123	1	93.9
4.33-50	10.7	0.051	655	1.031	1	96.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	35.69 Å
Translation	2.5 Å	35.69 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	1.3.3	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1MHO

1mho

解像度: 2.01→35.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / WR_factor R_free: 0.323 / WR_factor R_work: 0.255 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.807 / SU B: 10.561 / SU ML: 0.153 / SU R Cruickshank DPI: 0.268 / SU R_free: 0.214 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.266	278	4.6 %	RANDOM
R_work	0.221	-	-	-
obs	0.223	6041	98.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 58.98 Å² / B_iso mean: 34.734 Å² / B_iso min: 27.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.66 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.92 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→35.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	794	0	2	34	830

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	806
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.736	1.946	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	11.49	5	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.471	26.429	42
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.283	15	159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.653	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.158	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	592
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.26	0.2	413
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.316	0.2	544
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.093	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.339	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.335	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.62	1.5	500
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.021	2	777
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.82	3	339
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.855	4.5	301

LS精密化シェル

解像度: 2.009→2.061 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.272	18	-
R_work	0.221	421	-
all	-	439	-
obs	-	-	97.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	18.0581	-11.3357	8.5112	56.8001	-15.1616	12.8672	-0.2313	-1.1486	0.1111	-1.0544	0.4333	1.3676	-0.2023	-0.6073	-0.202	-0.1751	-0.033	0.0064	-0.0118	-0.0175	-0.0121	-3.4757	-5.5808	-2.3377
2	4.0613	7.4675	-0.6795	39.7633	-2.5914	0.1829	-0.2825	0.2079	0.1919	-1.4413	0.5243	0.3756	0.0659	-0.3412	-0.2418	0.0282	0.0056	-0.0105	-0.0157	-0.0083	-0.0281	1.6139	5.5271	-6.6694
3	5.6022	0.6013	-0.924	3.2401	-0.1182	2.4094	0.1111	0.2145	0.2173	-0.4867	-0.0745	0.1105	-0.4436	-0.0746	-0.0366	-0.0835	0.0273	-0.0232	-0.0731	-0.0119	-0.0068	5.5375	16.2903	-5.0049
4	3.3201	0.8722	-2.1077	5.583	-0.5319	3.3451	0.2596	-0.4232	0.2685	0.323	-0.0599	-0.2284	-0.167	0.1928	-0.1996	-0.1124	-0.0031	-0.0494	0.0157	0.0082	-0.0393	10.2469	17.0525	5.411
5	5.0241	3.953	-3.9786	8.0337	-6.429	10.3636	-0.1785	0.0693	-0.039	-0.4109	0.0815	-0.2519	0.1072	0.0235	0.0971	-0.1319	-0.0144	0.0195	-0.0771	-0.0033	-0.0025	12.7506	8.4735	-3.3928
6	21.4516	-2.0706	-9.8816	18.1146	0.9015	46.278	-0.7108	-1.5322	-1.0552	1.9983	0.2069	0.0271	1.3703	-1.7834	0.5039	0.1657	0.0383	-0.0174	0.1686	-0.0372	0.1251	6.6269	1.1254	12.2754
7	61.4713	12.1408	-15.3417	21.9877	-14.4683	14.0859	0.0622	0.0569	0.6758	-0.0855	-0.173	-0.718	0.247	0.3785	0.1108	0.4496	-0.0741	-0.0039	0.1591	-0.0662	0.1435	8.7728	11.3183	12.6097

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	6 - 16
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	17 - 40
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	41 - 63
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	64 - 78
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	79 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	3 - 11

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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