PDB-3ipt: Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase Y16S/D40N from Pseudom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ipt

タイトル

Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase Y16S/D40N from Pseudomonas putida with Bound Equilenin

要素

Steroid Delta-isomerase

キーワード

ISOMERASE / enzyme-ligand complex / protein cavity / Lipid metabolism / Steroid metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

steroid Delta-isomerase / steroid delta-isomerase activity / steroid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.632 Å

データ登録者

Fenn, T.D. / Sigala, P.A. / Herschlag, D.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Dissecting the paradoxical effects of hydrogen bond mutations in the ketosteroid isomerase oxyanion hole.
著者: Kraut, D.A. / Sigala, P.A. / Fenn, T.D. / Herschlag, D.

履歴

登録	2009年8月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ipt.cif.gz	221.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ipt.ent.gz	178.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ipt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ipt_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ipt_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	3ipt_validation.xml.gz	27.8 KB	表示
CIF形式データ	3ipt_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/3ipt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/3ipt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pzvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5kp3-1 5g2g-d 3rgr-1 5kp4-d 6u4i-d 1c7h-1 3owu-2 1ea2-1 6ubq-d 5kp1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Steroid Delta-isomerase

B: Steroid Delta-isomerase

C: Steroid Delta-isomerase

D: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

59 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Steroid Delta-isomerase

B: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Steroid Delta-isomerase

D: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.694, 72.401, 81.328
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.160, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 2:61 or resseq 65:127 )
2	1	1	chain B and (resseq 2:61 or resseq 65:127 )
3	1	1	chain C and (resseq 2:61 or resseq 65:127 )
4	1	1	chain D and (resseq 2:61 or resseq 65:127 )

詳細

The biological unit is a dimer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & B and chains C & D).

#1: タンパク質	Steroid Delta-isomerase / Delta(5)-3-ketosteroid isomerase 分子量: 14471.419 Da / 分子数: 4 / 変異: Y16S,D40N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: ksi / プラスミド: pET21c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07445, steroid Delta-isomerase
#2: 化合物	ChemComp-EQU / EQUILENIN / エキレニン分子量: 266.334 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₈O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.9 M ammonium sulfate, 40 mM potassium phosphate, pH 7.2, hanging drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月19日
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→43.41 Å / Num. obs: 60155 / % possible obs: 82.3 % / B_iso Wilson estimate: 22.09 Å² / R_merge(I) obs: 0.166 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	最高解像度: 1.63 Å / R_merge(I) obs: 0.166 / Mean I/σ(I) obs: 9.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB 2PZV

2pzv

解像度: 1.632→43.408 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / SU ML: 1.29 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 30.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2451	3023	5.03 %
R_work	0.207	-	-
obs	0.2089	60155	82.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.762 Å² / k_sol: 0.351 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.786 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-13.861 Å²	-0 Å²	3.965 Å²
2-	-	-10.001 Å²	-0 Å²
3-	-	-	7.375 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.632→43.408 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3827	0	80	221	4128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.031	4175
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.696	5702
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.572	1548
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.211	604
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.015	761

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	894	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	894	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.225
1	3	C	971	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.182
1	4	D	923	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.191

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6322-1.6577	0.3473	39	0.2875	784	X-RAY DIFFRACTION	25
1.6577-1.6848	0.3267	52	0.2757	1162	X-RAY DIFFRACTION	37
1.6848-1.7139	0.304	77	0.2851	1323	X-RAY DIFFRACTION	43
1.7139-1.7451	0.2985	103	0.2666	1658	X-RAY DIFFRACTION	53
1.7451-1.7786	0.3238	109	0.2588	1896	X-RAY DIFFRACTION	61
1.7786-1.8149	0.3346	128	0.2616	2182	X-RAY DIFFRACTION	70
1.8149-1.8544	0.2875	123	0.2688	2444	X-RAY DIFFRACTION	78
1.8544-1.8975	0.3236	138	0.2574	2636	X-RAY DIFFRACTION	84
1.8975-1.945	0.3207	141	0.2438	2911	X-RAY DIFFRACTION	92
1.945-1.9976	0.2833	168	0.2454	2914	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9976-2.0563	0.2912	145	0.2326	3016	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0563-2.1227	0.2562	141	0.2337	3024	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1227-2.1986	0.2712	171	0.2098	3042	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1986-2.2866	0.2622	156	0.206	3035	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2866-2.3907	0.2354	168	0.2051	3092	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3907-2.5167	0.2618	163	0.2146	3096	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5167-2.6744	0.2282	160	0.2148	3111	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6744-2.8808	0.2914	159	0.2337	3119	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8808-3.1706	0.2571	175	0.2149	3175	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1706-3.6292	0.2124	166	0.187	3153	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6292-4.5717	0.1879	171	0.166	3143	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5717-43.4236	0.2224	170	0.1821	3217	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	手法	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	refined	1.4791	0.0779	0.1105	0.7277	-0.4157	0.4273	0.0105	-0.031	0.1063	0.0313	-0.1082	-0.1967	0.0402	0.1743	0.0653	0.1496	0.0042	-0.007	0.1935	-0.0178	0.2061	12.9794	-5.6705	0.869
2		1.1285	0.0237	0.1938	0.8596	-0.1878	1.2088	-0.0586	-0.1554	0.0395	0.0331	0.0623	0.2976	0.0036	-0.1997	-0.0172	0.1272	0.0016	0.0058	0.1743	0.0073	0.2205
3		6.4652	0.5025	-1.7625	0.3425	0.4602	2.5891	-0.2505	0.2684	0.294	0.0221	-0.0641	0.2999	0.1882	-0.2823	0.2498	0.2443	-0.0169	0.0239	0.2598	0.0203	0.3553
4		7.2589	-0.7182	-1.2948	0.1957	-0.2298	1.3795	-0.142	0.6451	0.3691	-0.035	0.0357	-0.2529	0.0166	0.2237	0.0607	0.2378	-0.0333	0.0288	0.4053	0.0066	0.4322

精密化 TLSグループ

Selection details: chain D

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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