[日本語] English
万見
- PDB-3ip3: Structure of putative oxidoreductase (TM_0425) from Thermotoga ma... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ip3
タイトルStructure of putative oxidoreductase (TM_0425) from Thermotoga maritima
要素Oxidoreductase, putative
キーワードOXIDOREDUCTASE / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / : / GFO/IDH/MocA C-terminal domain / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...: / : / GFO/IDH/MocA C-terminal domain / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxidoreductase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Morano, C. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of putative oxidoreductase (TM_0425) from Thermotoga maritima
著者: Ramagopal, U.A. / Morano, C. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2009年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Oxidoreductase, putative
B: Oxidoreductase, putative
C: Oxidoreductase, putative
D: Oxidoreductase, putative
E: Oxidoreductase, putative
F: Oxidoreductase, putative
G: Oxidoreductase, putative
H: Oxidoreductase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,21313
ポリマ－310,7338
非ポリマー4805
水4,756264
1
A: Oxidoreductase, putative
B: Oxidoreductase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9715
ポリマ－77,6832
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area25570 Å2
手法PISA
2
C: Oxidoreductase, putative
D: Oxidoreductase, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6832
ポリマ－77,6832
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area25800 Å2
手法PISA
3
E: Oxidoreductase, putative
F: Oxidoreductase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8754
ポリマ－77,6832
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area25730 Å2
手法PISA
4
G: Oxidoreductase, putative
H: Oxidoreductase, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6832
ポリマ－77,6832
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area26040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.009, 94.181, 142.852
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Oxidoreductase, putative


分子量: 38841.605 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM_0425 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9WYQ6
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG 3350, 0.2M NaCl2, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→50 Å / Num. obs: 170354 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.071 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.14-2.234.80.674168870.95299.3
2.23-2.324.80.498169080.97299.5
2.32-2.424.90.361169710.95499.7
2.42-2.554.90.274169440.96399.7
2.55-2.714.90.197170040.99599.8
2.71-2.924.90.134169820.9899.8
2.92-3.2150.095170671.01399.9
3.21-3.685.20.073171151.066100
3.68-4.635.20.062171751.2100
4.63-505.10.055173011.56799.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.14→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.252 / WRfactor Rwork: 0.211 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.824 / SU B: 5.583 / SU ML: 0.145 / SU R Cruickshank DPI: 0.236 / SU Rfree: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 8541 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.206 170309 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 122.68 Å2 / Biso mean: 52.761 Å2 / Biso min: 22.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.25 Å20 Å21.03 Å2
2--0.92 Å20 Å2
3---0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21126 0 25 264 21415
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02221596
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2951.96129162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.63752625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.31323.635982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.512153975
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.51615152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.23252
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02116026
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6761.513050
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.276221170
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.83538546
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0844.57991
LS精密化 シェル解像度: 2.14→2.2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 585 -
Rwork0.282 11495 -
all-12080 -
obs--96.29 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る