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- PDB-3ip0: Crystal structure of E. coli HPPK in complex with MgAMPCPP and 6-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ip0
タイトルCrystal structure of E. coli HPPK in complex with MgAMPCPP and 6-hydroxymethylpterin/6-carboxypterin
要素2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase
キーワードTRANSFERASE / alpha beta / ATP-binding / Folate biosynthesis / Kinase / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase signature. / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase, HPPK / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK superfamily / 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase (HPPK) / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / 6-HYDROXYMETHYLPTERIN / 6-CARBOXYPTERIN / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 0.89 Å
データ登録者Blaszczyk, J. / Ji, X.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Dynamic roles of arginine residues 82 and 92 of Escherichia coli 6-hydroxymethyl-7,8-dihydroptein pyrophosphokinase: Crystallographic studies
著者: Blaszczyk, J. / Li, Y. / Shi, G. / Yan, H. / Ji, X.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: Catalytic center assembly of HPPK as revealed by the crystal structure of a ternary complex at 1.25-angstrom resolution
著者: Blaszczyk, J. / Shi, G. / Yan, H. / Ji, X.
履歴
登録2009年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2009年10月27日ID: 3H4A
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年10月12日Group: Advisory
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月6日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,26313
ポリマ－17,9671
非ポリマー1,29712
水5,855325
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase
ヘテロ分子

A: 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,52626
ポリマ－35,9332
非ポリマー2,59324
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area6080 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area13870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.470, 37.910, 57.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-192-

CL

21A-193-

CL

31A-450-

HOH

41A-451-

HOH

51A-452-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase / 7 / 8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase / HPPK / 6-hydroxymethyl-7 / 8-dihydropterin ...7 / 8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase / HPPK / 6-hydroxymethyl-7 / 8-dihydropterin pyrophosphokinase / PPPK


分子量: 17966.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b0142, foIK, folK, JW0138 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P26281, 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase

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非ポリマー , 7種, 337分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-HHR / 6-HYDROXYMETHYLPTERIN / 6-ヒドロキシメチルプテリン


分子量: 193.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7N5O2
#5: 化合物 ChemComp-HHS / 6-CARBOXYPTERIN / 2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-6-carboxylic acid / プテリン-6-カルボン酸


分子量: 207.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5N5O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.33 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 4000, Ammonium acetate, Sodium acetate, Glycerol., pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.00928 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Silicon 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.89→40 Å / Num. all: 100866 / Num. obs: 100866 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): -6 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.44 % / Biso Wilson estimate: 6.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 0.89→0.92 Å / 冗長度: 2.74 % / Rmerge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / Num. unique all: 8139 / Χ2: 1.001 / % possible all: 75.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 1Q0N

1q0n


解像度: 0.89→23.202 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / SU ML: 0.06
Isotropic thermal model: Anisotropic for fully-occupied non-hydrogen atoms
交差検証法: Throughout before the final 7 cycles of refinement
σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The structure was refined for a total of 49 cycles, including 6 cycles with CNS, 20 cycles with SHELXL and 23 cycles with PHENIX
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.128 100844 100 %Random
Rwork0.128 ---
obs0.128 100844 93.1 %-
all-100844 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 75.633 Å2 / ksol: 0.447 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 91.76 Å2 / Biso mean: 12.849 Å2 / Biso min: 3.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.079 Å2-0 Å21.234 Å2
2--0.469 Å20 Å2
3----0.508 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.006 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.89→23.202 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1267 0 81 325 1673
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093034
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1535538
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091229
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009480
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.611811
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
0.89-0.9220.25281200.252812016240812075
0.922-0.9590.18797240.187972419448972491
0.959-1.0020.15198920.151989219784989292
1.002-1.0550.1399970.13999719994999793
1.055-1.1210.123101190.12310119202381011994
1.121-1.2080.103103040.10310304206081030495
1.208-1.3290.104104200.10410420208401042096
1.329-1.5220.106105550.10610555211101055597
1.522-1.9170.116107300.11610730214601073099
1.917-23.210.126109830.12610983219661098399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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