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- PDB-3iog: Crystal structure of CphA N220G mutant with inhibitor 18 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iog
タイトルCrystal structure of CphA N220G mutant with inhibitor 18
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / Antibiotic resistance / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like ...Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SDF / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Aeromonas hydrophila (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Delbruck, H. / Bebrone, C. / Hoffmann, K.M.V.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Mercaptophosphonate Compounds as Broad-Spectrum Inhibitors of the Metallo-beta-lactamases
著者: Lassaux, P. / Hamel, M. / Gulea, M. / Delbruck, H. / Mercuri, P.S. / Horsfall, L. / Dehareng, D. / Kupper, M. / Frere, J.-M. / Hoffmann, K. / Galleni, M. / Bebrone, C.
履歴
登録2009年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,16710
ポリマ－25,1641
非ポリマー1,0039
水5,134285
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.727, 100.877, 117.559
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-4-

SO4

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 25163.768 Da / 分子数: 1 / 変異: N220G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア)
遺伝子: cphA / プラスミド: pET9a-CphA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLys S / 参照: UniProt: P26918, beta-lactamase

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非ポリマー , 5種, 294分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-SDF / [(R)-(2,4-dichlorophenyl)(sulfanyl)methyl]phosphonic acid / alpha-Sulfanyl(2,4-dichlorobenzyl)phosphonic acid


分子量: 273.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7Cl2O3PS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THIS COORDINATES USE NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING. THE NUMBERING RELATES TO PDB ENTRY 1X8G.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 2.4M (NH4)2SO4, 100mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年8月29日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→19.67 Å / Num. all: 48494 / Num. obs: 48494 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 10.52 Å2 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 37.3
反射 シェル解像度: 1.41→1.49 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 6754 / Rsym value: 0.1 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1X8G

1x8g


解像度: 1.41→19.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 1.264 / SU ML: 0.025 / Isotropic thermal model: isotrpic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; remark 500 was generated for GLU 184 with zero occupancy and can be ignored
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15474 2494 5.1 %RANDOM
Rwork0.14333 45999 --
obs0.14391 48493 98.33 %-
all-48494 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.243 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å20 Å2
2--0.45 Å20 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→19.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1776 0 52 285 2113
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221978
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4791.9982686
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1765228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.71123.7580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.30115364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9231510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6021.51156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.98621909
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6373822
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3824.5777
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.411→1.447 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.176 161 -
Rwork0.143 3175 -
all-3336 -
obs-6754 92.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8451-0.2484-0.00761.6173-0.03230.96650.00430.06370.0645-0.1039-0.0173-0.0462-0.0520.01040.01310.0226-0.0089-0.00230.01080.00860.014210.71917.60763.794
20.80450.38170.01672.5038-1.34021.592-0.00490.01020.0562-0.1139-0.0944-0.1107-0.1010.14120.09930.0454-0.02030.00940.04450.0180.048920.12721.95160.672
31.23120.2699-0.03971.017-0.02191.2136-0.0158-0.02760.0067-0.0132-0.0147-0.0718-0.04130.14360.03050.0162-0.0119-0.01110.03120.01040.014416.70213.19272.343
40.82660.5190.1252.2351-0.19881.3849-0.0267-0.0549-0.01790.14860.0113-0.16290.08720.09810.01540.03940.0002-0.02130.04720.0060.025515.30410.13382.691
53.08970.38951.09093.27122.02787.8940.1093-0.1157-0.16910.1457-0.10530.00080.6893-0.2346-0.00390.115-0.02490.00530.01050.0030.019911.734-2.96672.4
60.61070.02190.10590.89570.10171.20290.015-0.0607-0.00150.0866-0.0221-0.11940.08160.11090.00710.0293-0.0154-0.01540.04620.00750.030715.50711.13476.119
70.68550.0732-0.05690.7103-0.31881.3634-0.0241-0.05090.04980.03570.01870.0076-0.0977-0.07920.00530.0254-0.0003-0.00540.0321-0.00430.0212.96719.35276.465
81.2566-0.2991-0.98642.22011.2582.2729-0.14980.0153-0.11820.0620.08990.02130.2012-0.18310.05990.0612-0.02590.00510.09080.01460.0492-5.238.8179.265
90.6731-0.4826-0.152.20760.40131.60660.00150.0050.006-0.01520.02130.0916-0.0923-0.1907-0.02280.00980.003-0.0070.04380.0180.0248-3.22519.73368.314
104.02730.8595-0.87494.9893-1.72074.881-0.13340.0665-0.1642-0.02280.1890.08460.3278-0.499-0.05570.0342-0.0615-0.00270.15610.01170.0407-10.5259.39873.617
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A41 - 92
2X-RAY DIFFRACTION2A93 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3A109 - 134
4X-RAY DIFFRACTION4A135 - 149
5X-RAY DIFFRACTION5A150 - 160
6X-RAY DIFFRACTION6A161 - 183
7X-RAY DIFFRACTION7A184 - 225
8X-RAY DIFFRACTION8A226 - 252
9X-RAY DIFFRACTION9A253 - 291
10X-RAY DIFFRACTION10A292 - 307

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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