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- PDB-3ino: 1.95A Resolution Structure of Protective Antigen Domain 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ino
タイトル1.95A Resolution Structure of Protective Antigen Domain 4
要素Protective antigen PA-63
キーワードIMMUNE SYSTEM / anthrax / domain 4 / protective antigen / toxin / Calcium / Cleavage on pair of basic residues / Metal-binding / Plasmid / Secreted / Virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of apoptotic process in another organism / host cell cytosol / negative regulation of MAPK cascade / Uptake and function of anthrax toxins / host cell endosome membrane / protein homooligomerization / toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / identical protein binding ...positive regulation of apoptotic process in another organism / host cell cytosol / negative regulation of MAPK cascade / Uptake and function of anthrax toxins / host cell endosome membrane / protein homooligomerization / toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #810 / Protective antigen domain 4 / : / Anthrax protective antigen, immunoglobulin-like domain / Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen, Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA, domain 3 / Protective antigen, heptamerisation domain superfamily / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA Ca-binding domain ...Immunoglobulin-like - #810 / Protective antigen domain 4 / : / Anthrax protective antigen, immunoglobulin-like domain / Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen, Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA, domain 3 / Protective antigen, heptamerisation domain superfamily / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 2 / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 3 / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / PA14 domain / PA14 / PA14 domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protective antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lovell, S. / Williams, A.S. / Anbanandam, A. / El-Chami, R. / Bann, J.G.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Domain 4 of the anthrax protective antigen maintains structure and binding to the host receptor CMG2 at low pH
著者: Williams, A.S. / Lovell, S. / Anbanandam, A. / El-Chami, R. / Bann, J.G.
履歴
登録2009年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protective antigen PA-63
B: Protective antigen PA-63


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4852
ポリマ－32,4852
非ポリマー00
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Protective antigen PA-63


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2421
ポリマ－16,2421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Protective antigen PA-63


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2421
ポリマ－16,2421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.735, 35.851, 129.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.290, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protective antigen PA-63 / PA63


分子量: 16242.256 Da / 分子数: 2 / 断片: Domain 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: pagA, pag, pXO1-110, BXA0164, GBAA_pXO1_0164 / プラスミド: pGEX-4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P13423
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 8000, 100mM imidazole, 3% MPD, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年5月5日 / 詳細: OSMIC BLUE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.068 / 数: 65480
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 20573 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 25.127
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 4.302 / Rsym value: 0.291 / % possible all: 87.1
Cell measurementReflection used: 65480

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.2 Å18.95 Å
Translation2.2 Å18.95 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.5.0066精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ACC

1acc


解像度: 1.95→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / WRfactor Rfree: 0.244 / WRfactor Rwork: 0.189 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.516 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1050 5.1 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.202 20573 97.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.67 Å2 / Biso mean: 29.871 Å2 / Biso min: 13.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å2-0.21 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2247 0 0 111 2358
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0222286
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022088
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.931.9693089
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82734898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4565292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.11625.185108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.26915444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0631512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02438
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9881.51395
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2961.5581
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.71922273
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8063891
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5574.5807
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-20.291680.2291250155484.813
2-2.0540.28720.2111330144497.091
2.054-2.1130.281790.2131376149697.259
2.113-2.1780.303680.2171261135598.081
2.178-2.2480.278740.2121302140697.866
2.248-2.3260.295480.2091214128698.134
2.326-2.4130.299740.1861233132998.345
2.413-2.5090.297570.2091128119599.163
2.509-2.6190.32600.2371116119598.41
2.619-2.7450.329520.2271078113699.472
2.745-2.890.256430.2141015106499.436
2.89-3.0610.288520.205987104199.808
3.061-3.2670.271480.198949997100
3.267-3.5210.258480.185838886100
3.521-3.8460.188480.174773821100
3.846-4.280.246340.169720754100
4.28-4.9050.173550.152643698100
4.905-5.9180.253310.199577608100
5.918-8.0260.28250.232432457100
8.026-200.202140.21630132098.438

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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