PDB-3imb: Alternative binding mode of restriction endonuclease BcnI to cogn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3imb

タイトル

Alternative binding mode of restriction endonuclease BcnI to cognate DNA

要素

5'-D(*CP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*C)-3'
5'-D(*GP*TP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*G)-3'
R.BcnI

キーワード

HYDROLASE/DNA / ENDONUCLEASE-DNA COMPLEX / RESTRICTION ENZYME / BCNI / PSEUDOPALINDROMIC SEQUENCE RECOGNITION / PSEUDOSYMMETRY / HYDROLASE-DNA COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brevibacillus centrosporus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Sokolowska, M. / Kaus-Drobek, M. / Czapinska, H. / Tamulaitis, G. / Szczepanowski, R.H. / Siksnys, V. / Bochtler, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: How BcnI and MvaI distinguish W from S
著者: Sokolowska, M. / Kaus-Drobek, M. / Czapinska, H. / Tamulaitis, G. / Szczepanowski, R.H. / Siksnys, V. / Bochtler, M.

履歴

登録	2009年8月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3imb.cif.gz	474.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3imb.ent.gz	386.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3imb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/3imb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/3imb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2odiS 2aor 2azo 2oa9 2oaa 2odh S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ato-1 6atr-1 1gyb-2 2qh0-1 3emb-d 3wbx-1 5yso-2 5c7h-d 4u3v-d 2ax9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: R.BcnI

B: R.BcnI

C: R.BcnI

D: R.BcnI

E: 5'-D(*GP*TP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*G)-3'

F: 5'-D(*CP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*C)-3'

G: 5'-D(*GP*TP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*G)-3'

H: 5'-D(*CP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*C)-3'

I: 5'-D(*GP*TP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*G)-3'

J: 5'-D(*CP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*C)-3'

K: 5'-D(*GP*TP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*G)-3'

L: 5'-D(*CP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*C)-3'

131 kDa, 12 ポリマー
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1

A: R.BcnI

E: 5'-D(*GP*TP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*G)-3'

F: 5'-D(*CP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*C)-3'

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.8 kDa, 3 ポリマー
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2

B: R.BcnI

G: 5'-D(*GP*TP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*G)-3'

H: 5'-D(*CP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*C)-3'

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.8 kDa, 3 ポリマー
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3

C: R.BcnI

I: 5'-D(*GP*TP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*G)-3'

J: 5'-D(*CP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*C)-3'

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.8 kDa, 3 ポリマー
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4

D: R.BcnI

K: 5'-D(*GP*TP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*G)-3'

L: 5'-D(*CP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*C)-3'

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.8 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	78.562, 84.053, 98.947
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.09, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

EACH BIOLOGICAL UNIT CONTAINS ONE PROTEIN CHAIN AND TWO DNA STRANDS. THE TRIMER (ACCORDING TO PDB CONVENTIONS) IS A COMPLEX OF THE MONOMERIC RESTRICTION ENZYME WITH ITS SUBSTRATE, DOUBLE STRANDED DNA.

#1: タンパク質	R.BcnI 分子量: 27334.580 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brevibacillus centrosporus (バクテリア) 遺伝子: bcnIR / プラスミド: pBAD24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2267 / 参照: UniProt: Q8RNV8
#2: DNA鎖	5'-D(GPTPCPCPGPGPGPCPG)-3' 分子量: 2772.810 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ*: 合成 / 詳細: G STRAND
#3: DNA鎖	5'-D(CPGPCPCPCPGPGPAPC)-3' 分子量: 2701.776 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ*: 合成 / 詳細: C STRAND
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 729 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.81 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.16M Ammonium Sulfate, 0.08M Sodium Acetate trihydrate pH 4.6, 20% w/v Polyethylene Glycol 4000, 20% v/v Glycerol Anhydrous, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月8日 / 詳細: BENT MIRROR
放射	モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→20 Å / Num. all: 98933 / Num. obs: 98933 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 2.3 % / B_iso Wilson estimate: 18.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 5.4
反射シェル	解像度: 1.89→2 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.236 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 14591 / R_sym value: 0.236 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2odi

2odi

解像度: 1.89→19.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The orientation of the imidazole rings of His77 and His219 remains uncertain in all molecules in the asymmetric unit. PROGRAM CNS HAS BEEN USED FOR DNA REFINEMENT. NO SUGAR PUCKER CONSTRAINTS ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25101	4977	5 %	RANDOM
R_work	0.21211	-	-	-
obs	0.21405	98906	98.19 %	-
all	-	98906	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 50.39 Å² / B_iso mean: 20.1847 Å² / B_iso min: 6.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.39 Å²	0 Å²	-0.02 Å²
2-	-	0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→19.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7688	1452	0	729	9869

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	9630
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	6273
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.263	2.167	13288
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.973	3	15434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.964	5	987
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.282	24.59	366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.634	15	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.135	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1482
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	9554
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	1695
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.184	0.2	1769
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.247	0.2	6705
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	4271
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.107	0.2	4227
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	723
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.231	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.213	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.182	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.579	1.5	4847
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0	1.5	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.973	2	7882
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.558	3	4783
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.19	4.5	5406
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.894→1.943 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	367	-
R_work	0.244	6841	-
all	-	7208	-
obs	-	6841	97.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2486	-0.0157	0.3376	0.7943	0.1364	1.9639	-0.0177	0.0603	0.0485	-0.0683	-0.0358	-0.1145	-0.0449	0.1552	0.0535	-0.0339	0.0247	0.0128	-0.0296	0.0332	0.0083	32.183	8.201	14.489
2	0.9077	-0.388	-0.1131	1.0183	0.0833	2.1765	0.018	-0.1042	0.0272	0.0798	-0.005	-0.1427	0.0055	0.0107	-0.013	-0.05	-0.0057	-0.0306	-0.0424	0.016	-0.0165	23.234	37.099	36.718
3	0.3345	0.027	0.053	0.7834	0.0167	1.9092	-0.0191	0.0254	-0.0662	-0.1122	0.0258	0.1135	0.0936	-0.0812	-0.0067	-0.0354	0.0115	-0.0044	-0.0489	-0.0157	0.0112	49.249	-37.529	15.123
4	0.7459	-0.4754	0.3635	1.6857	-0.3592	1.6322	-0.0164	-0.1595	-0.0262	0.1509	0.1063	0.2223	-0.0689	-0.1196	-0.0899	-0.0605	0.0137	0.0343	-0.0442	0.0093	0.0193	-20.214	17.877	37.272
5	0.4536	0.1539	0.284	0.9455	-0.0016	0.9459	0.0169	-0.0712	0.025	0.0383	-0.0497	-0.0366	0.0439	-0.0485	0.0328	-0.0264	0.0366	-0.0022	-0.0323	0.0006	-0.0048	25.315	-5.161	33.149
6	1.0736	-0.358	-0.1492	1.1224	-0.0986	1.2751	0.026	0.1358	-0.0087	-0.1123	-0.0305	0.0303	-0.0037	-0.1123	0.0045	-0.0315	0.0228	-0.0239	-0.0285	0.001	-0.0336	9.283	43.223	18.191
7	0.4927	-0.0409	-0.0498	1.0683	0.277	0.8138	-0.0625	-0.0962	-0.0076	0.0745	0.0162	0.0548	-0.0168	0.0199	0.0463	-0.0266	0.0535	-0.0031	-0.0156	-0.0016	-0.0237	56.473	-23.745	33.357
8	1.0603	-0.3108	0.1699	1.3137	-0.0069	1.5269	0.0665	0.1629	0.0231	-0.1901	-0.0237	-0.0394	0.0304	0.1027	-0.0429	-0.0292	0.0071	0.0142	-0.0388	0.0098	-0.0386	-6.481	12.154	18.389
9	0.6989	0.6301	0.3452	0.7279	-0.2831	2.3807	-0.0381	0.1449	0.0027	-0.0467	-0.0043	-0.0776	0.1802	0.0079	0.0424	-0.0392	0.0585	0.0059	-0.0968	0.0009	-0.0214	27.049	-5.924	22.966
10	1.4811	0.3327	0.4496	0.724	0.024	1.8338	0.0512	-0.1134	0.0426	0.0352	-0.0975	0.0563	-0.2194	-0.194	0.0463	-0.0562	0.036	-0.0097	-0.0643	-0.0044	-0.0211	10.466	45.171	28.346
11	0.9121	0.5716	-0.0147	0.4328	0.3666	1.8929	-0.0787	0.079	-0.001	-0.0232	0.0267	0.0375	-0.1259	0.02	0.0521	-0.0314	0.053	-0.0015	-0.0965	0.0026	-0.0106	54.512	-23.211	23.172
12	1.2124	0.4762	-0.3019	0.3031	0.1686	1.7046	0.0351	-0.0238	0.0704	-0.0827	-0.0349	0.0652	0.11	0.1336	-0.0002	-0.0471	0.0208	-0.0081	-0.0769	0.0019	0.0024	-7.635	9.987	28.419

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 67
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	152 - 185
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	231 - 238
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 67
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	152 - 185
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	231 - 238
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 67
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	152 - 185
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	231 - 238
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 67
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	152 - 185
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	231 - 238
13	X-RAY DIFFRACTION	5	A	68 - 151
14	X-RAY DIFFRACTION	5	A	186 - 230
15	X-RAY DIFFRACTION	6	B	68 - 151
16	X-RAY DIFFRACTION	6	B	186 - 230
17	X-RAY DIFFRACTION	7	C	68 - 151
18	X-RAY DIFFRACTION	7	C	186 - 230
19	X-RAY DIFFRACTION	8	D	68 - 151
20	X-RAY DIFFRACTION	8	D	186 - 230
21	X-RAY DIFFRACTION	9	E	-4 - 4
22	X-RAY DIFFRACTION	9	F	-4 - 4
23	X-RAY DIFFRACTION	10	G	-4 - 4
24	X-RAY DIFFRACTION	10	H	-4 - 4
25	X-RAY DIFFRACTION	11	I	-4 - 4
26	X-RAY DIFFRACTION	11	J	-4 - 4
27	X-RAY DIFFRACTION	12	K	-4 - 4
28	X-RAY DIFFRACTION	12	L	-4 - 4

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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