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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3imb | ||||||
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タイトル | Alternative binding mode of restriction endonuclease BcnI to cognate DNA | ||||||
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![]() | HYDROLASE/DNA / ENDONUCLEASE-DNA COMPLEX / RESTRICTION ENZYME / BCNI / PSEUDOPALINDROMIC SEQUENCE RECOGNITION / PSEUDOSYMMETRY / HYDROLASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sokolowska, M. / Kaus-Drobek, M. / Czapinska, H. / Tamulaitis, G. / Szczepanowski, R.H. / Siksnys, V. / Bochtler, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: How BcnI and MvaI distinguish W from S 著者: Sokolowska, M. / Kaus-Drobek, M. / Czapinska, H. / Tamulaitis, G. / Szczepanowski, R.H. / Siksnys, V. / Bochtler, M. #1: ![]() タイトル: Monomeric restriction endonuclease BcnI in the apo form and in an asymmetric complex with target DNA 著者: Sokolowska, M. / Kaus-Drobek, M. / Czapinska, H. / Tamulaitis, G. / Szczepanowski, R.H. / Urbanke, C. / Siksnys, V. / Bochtler, M. #2: ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2007 タイトル: Restriction endonucleases that resemble a component of the bacterial DNA repair machinery 著者: Sokolowska, M. / Kaus-Drobek, M. / Czapinska, H. / Tamulaitis, G. / Siksnys, V. / Bochtler, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 474.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 386.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2odiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | EACH BIOLOGICAL UNIT CONTAINS ONE PROTEIN CHAIN AND TWO DNA STRANDS. THE TRIMER (ACCORDING TO PDB CONVENTIONS) IS A COMPLEX OF THE MONOMERIC RESTRICTION ENZYME WITH ITS SUBSTRATE, DOUBLE STRANDED DNA. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27334.580 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: bcnIR / プラスミド: pBAD24 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: DNA鎖 | 分子量: 2772.810 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: G STRAND #3: DNA鎖 | 分子量: 2701.776 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: C STRAND #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.81 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.16M Ammonium Sulfate, 0.08M Sodium Acetate trihydrate pH 4.6, 20% w/v Polyethylene Glycol 4000, 20% v/v Glycerol Anhydrous, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月8日 / 詳細: BENT MIRROR |
放射 | モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.05 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.89→20 Å / Num. all: 98933 / Num. obs: 98933 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 18.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 5.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.89→2 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.236 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 14591 / Rsym value: 0.236 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2odi 解像度: 1.89→19.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: The orientation of the imidazole rings of His77 and His219 remains uncertain in all molecules in the asymmetric unit. PROGRAM CNS HAS BEEN USED FOR DNA REFINEMENT. NO SUGAR PUCKER CONSTRAINTS ...詳細: The orientation of the imidazole rings of His77 and His219 remains uncertain in all molecules in the asymmetric unit. PROGRAM CNS HAS BEEN USED FOR DNA REFINEMENT. NO SUGAR PUCKER CONSTRAINTS HAVE BEEN APPLIED. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TLS REFINEMENT HAS BEEN USED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 50.39 Å2 / Biso mean: 20.1847 Å2 / Biso min: 6.26 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.89→19.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.894→1.943 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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