PDB-3im2: Structure of the C-terminal Sec63 unit of yeast Brr2, P41212 Form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3im2

タイトル

Structure of the C-terminal Sec63 unit of yeast Brr2, P41212 Form

要素

Pre-mRNA-splicing helicase BRR2

キーワード

HYDROLASE / ATPase / RNA helicase / RNPase / RNA unwindase / molecular modeling / pre-mRNA splicing / spliceosome catalytic activation / U5-200K protein/Brr2 / ATP-binding / Helicase / mRNA processing / mRNA splicing / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Spliceosome

機能・相同性

機能・相同性情報

spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U5 snRNP / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / nucleic acid binding / RNA helicase activity / RNA helicase / ATP hydrolysis activity / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Pena, V. / Hrmann, R.L. / Wahl, M.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Common Design Principles in the Spliceosomal RNA Helicase Brr2 and in the Hel308 DNA Helicase
著者: Pena, V. / Jovin, S.M. / Fabrizio, P. / Orlowski, J. / Bujnicki, J.M. / Hrmann, R.L. / Wahl, M.C.

履歴

登録	2009年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3im2.cif.gz	91.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3im2.ent.gz	69.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3im2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3im2_validation.pdf.gz	434.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3im2_full_validation.pdf.gz	441.9 KB	表示
XML形式データ	3im2_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	3im2_validation.cif.gz	27.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/3im2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/3im2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3im1SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4czm-2 2vmx-d 6el2-d 2zwh-d 2vcp-2 2vcp-1 4czl-d 2vmw-d 6kju-d 1ijj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2

ヘテロ分子

37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.090, 104.090, 77.373
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-73- HOH
2	1	A-255- HOH

#1: タンパク質	Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 分子量: 37155.250 Da / 分子数: 1 / 断片: Sec63 unit (UNP residues 1839-2163) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: BRR2, RSS1, SNU246, SYGP-ORF66, YER172C / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) 参照: UniProt: P32639, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100mM sodium cacodylate, pH 6.0, 100mM Li2SO4, 15 % PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月4日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→30 Å / Num. all: 29754 / Num. obs: 29516 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 35.3 Å² / R_sym value: 0.1 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 4644 / R_sym value: 0.56 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ID 3IM1

3im1

解像度: 1.99→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 6.968 / SU ML: 0.106 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23655	1503	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18765	-	-	-
all	0.19009	28257	-	-
obs	0.19009	27975	99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.145 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2560	0	13	352	2925

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	2773
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.192	1.975	3786
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.571	5	351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.086	25.556	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.499	15	504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.482	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	441
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2089
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.18	0.2	1177
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.289	0.2	1908
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	248
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.169	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.181	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.381	1.5	1758
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.615	2	2795
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.972	3	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.539	4.5	991

LS精密化シェル

解像度: 1.988→2.039 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	98	-
R_work	0.259	1924	-
obs	-	2022	93.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6691	2.0625	2.0828	1.6294	2.1628	10.2211	-0.2606	-0.0376	1.1579	0.326	-0.0016	-0.6278	-0.8989	-0.575	0.2622	0.0716	-0.0935	-0.0023	-0.0673	0.0364	0.1018	18.0166	-18.2943	-10.5366
2	5.2915	1.4165	-0.5359	2.0631	-0.5697	2.5188	-0.0942	0.1318	0.2225	-0.0768	0.1142	0.1094	-0.3938	0.0916	-0.0199	-0.0223	-0.0574	0.0107	-0.1	-0.0079	-0.0672	10.5393	-25.85	-19.2096
3	19.2318	-3.9499	-8.5892	5.0437	-0.9246	5.5441	0.1182	0.2461	0.5547	-0.105	-0.0039	-0.1922	-0.2092	0.1388	-0.1144	-0.0423	-0.0714	0.0227	-0.0918	-0.0342	-0.0888	13.9764	-32.4964	-23.5646
4	8.2154	3.269	0.1339	4.7333	2.4858	5.3224	-0.0902	0.3284	0.6578	-0.4101	0.218	0.0313	-0.2581	0.2632	-0.1278	-0.0204	-0.0003	0.0316	-0.0729	-0.0024	-0.0435	15.5869	-43.4557	-32.6175
5	2.0914	0.0421	-1.1586	0.6434	1.5999	5.2562	0.0237	0.1295	-0.1498	0.028	-0.0426	0.0485	0.1261	-0.1443	0.0189	-0.0977	-0.0075	-0.0214	-0.0678	-0.0193	-0.0386	3.4559	-46.1247	-24.2484
6	17.2861	-17.8656	-9.9018	19.3872	12.4467	11.7202	0.2864	0.633	-1.4213	-0.3327	-0.5006	1.7655	-0.7723	-1.3781	0.2142	0.0705	0.0792	0.0478	0.1605	0.0715	0.1401	2.7552	-35.5262	-31.0453
7	1.7445	0.8227	-1.1007	1.7592	-1.8709	5.8097	-0.0302	0.0344	-0.0921	-0.0783	-0.0127	-0.0315	0.1221	0.1258	0.0429	-0.0896	-0.0166	0.0164	-0.0549	-0.0387	-0.0204	10.8562	-44.6219	-19.8992
8	2.3881	3.2802	2.2247	15.3585	7.5122	6.2947	0.087	0.1243	-0.1893	-0.2982	0.082	-0.4114	-0.0962	0.5286	-0.169	-0.1483	0.0048	0.0177	-0.0048	-0.0139	-0.0675	19.6238	-45.381	-21.5896
9	1.4282	-0.095	0.103	1.7631	-0.1727	0.5647	0.0337	0.0047	0.0759	0.1409	-0.0062	0.0352	-0.1518	0.0232	-0.0275	-0.036	-0.0442	0.0198	-0.0527	-0.0076	-0.0777	11.5723	-31.6511	-9.6883
10	5.3237	2.4688	-2.1894	5.3771	0.0399	3.9954	-0.1294	0.0429	-0.1866	-0.3171	0.1644	-0.2927	0.1085	0.1495	-0.035	-0.0916	0.0046	0.0202	-0.0782	-0.0016	-0.0512	10.2381	-54.0417	-1.8695
11	13.1239	2.0707	-3.2504	8.5376	1.4049	9.1374	0.4207	-0.4126	0.5554	-0.1567	0.0328	0.0016	-0.2688	0.4746	-0.4534	-0.1283	0.0052	0.0473	-0.0625	-0.0211	-0.0888	7.6275	-52.3111	7.6816
12	7.6903	-17.4891	-15.2014	39.7735	34.5708	30.0487	-1.0588	-1.8497	-0.6699	3.3701	1.6725	-2.5756	3.0935	1.2376	-0.6138	0.3331	0.1269	-0.1603	0.3473	0.1674	0.1575	13.8188	-59.6206	11.6596
13	1.6542	-0.6503	-0.3568	47.2585	2.7702	8.2002	-0.4499	-0.5131	-0.7171	0.142	-0.193	-1.9764	0.7119	0.613	0.6429	-0.2603	0.0773	0.0552	-0.064	0.0712	0.1291	21.7183	-58.9601	1.1441
14	4.5793	-6.7112	-1.4616	29.556	11.9951	8.3374	-0.3582	-0.5353	0.3742	1.9682	0.3411	-0.5354	0.1183	-0.1004	0.0171	0.0972	-0.0559	-0.0071	-0.0557	0.0279	-0.225	16.2303	-31.9285	9.9857
15	8.2157	-9.0779	1.4509	27.4071	-2.4574	8.6672	-0.3908	-0.5062	1.13	0.0216	0.2047	0.0972	-1.539	-0.0361	0.1861	0.427	-0.0987	-0.1277	-0.1483	-0.1996	0.0176	13.4248	-14.7681	9.7183
16	6.3452	-4.1345	-11.1102	25.1844	13.9849	21.4765	-0.0942	-1.2454	-1.1063	2.322	1.3402	-1.1839	1.4005	2.6144	-1.246	0.2888	0.1574	-0.2717	0.7098	-0.0708	0.088	27.3389	-38.9064	8.5684
17	3.8292	-3.043	-0.8886	6.9398	2.3867	5.099	0.0002	-0.2127	-0.0436	0.2577	0.0516	-0.0618	-0.1333	0.1209	-0.0518	-0.17	-0.0954	-0.0056	-0.122	0.0172	-0.1902	16.4907	-33.646	-3.7492
18	11.6193	-11.1019	6.6108	18.0443	-7.4863	12.6958	-0.0269	-0.2254	0.7616	0.7576	-0.1108	-1.1667	-0.1491	0.5284	0.1377	-0.0187	-0.1635	-0.0568	-0.2089	-0.1053	-0.141	19.5087	-25.4503	1.5619
19	3.1384	-1.5218	-0.6678	5.6815	1.2455	4.447	-0.2547	-0.2708	0.3287	0.8789	0.206	-0.0082	-0.5746	-0.0633	0.0486	0.1249	-0.0194	-0.0211	-0.067	-0.0569	-0.1497	12.5085	-23.7501	4.9144
20	3.9717	-4.0719	-1.469	17.6993	4.0611	7.8504	-0.2766	-0.1152	0.0447	1.8292	-0.1304	1.1482	-0.761	-0.8081	0.4069	0.2885	0.0838	0.1232	0.0064	-0.0751	-0.1435	5.9265	-22.0367	9.6129

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1844 - 1856
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1857 - 1880
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1881 - 1889
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	1890 - 1900
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	1901 - 1914
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	1915 - 1921
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	1922 - 1938
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	1939 - 1955
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	1956 - 1990
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	1991 - 2006
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	2007 - 2020
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	2021 - 2031
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	2032 - 2043
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	2044 - 2060
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	2061 - 2076
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	2077 - 2084
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	2085 - 2110
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	2111 - 2121
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	2122 - 2151
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	2152 - 2163

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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