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- PDB-3il5: Structure of E. faecalis FabH in complex with 2-({4-bromo-3-[(die... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3il5
タイトルStructure of E. faecalis FabH in complex with 2-({4-bromo-3-[(diethylamino)sulfonyl]benzoyl}amino)benzoic acid
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
キーワードTRANSFERASE / FabH / fatty acid biosynthesis / antibiotic / Acyltransferase / Cytoplasm / Lipid synthesis / Multifunctional enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B82 / Beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Gajiwala, K.S. / Margosiak, S. / Lu, J. / Cortez, J. / Su, Y. / Nie, Z. / Appelt, K.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of bacterial FabH suggest a molecular basis for the substrate specificity of the enzyme.
著者: Gajiwala, K.S. / Margosiak, S. / Lu, J. / Cortez, J. / Su, Y. / Nie, Z. / Appelt, K.
履歴
登録2009年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,4758
ポリマ－150,6544
非ポリマー1,8214
水2,306128
1
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2384
ポリマ－75,3272
非ポリマー9112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6240 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area21920 Å2
手法PISA
2
C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2384
ポリマ－75,3272
非ポリマー9112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6430 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area21800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.586, 84.973, 114.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / Beta-ketoacyl-ACP synthase III / KAS III


分子量: 37663.496 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: EF_2885, fabH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q820T1, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
#2: 化合物
ChemComp-B82 / 2-({[4-bromo-3-(diethylsulfamoyl)phenyl]carbonyl}amino)benzoic acid / 2-({4-bromo-3-[(diethylamino)sulfonyl]benzoyl}amino)benzoic acid


分子量: 455.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19BrN2O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.1 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年1月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→25 Å / Num. all: 38916 / Num. obs: 38358 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 3767 / Rsym value: 0.338 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
CNX精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IL9

3il9


解像度: 2.6→25 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2597 3691 -Random
Rwork0.1891 ---
all0.191 38916 --
obs-38358 94.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 123.34 Å2 / Biso mean: 43.762 Å2 / Biso min: 12.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.099 Å20 Å20.033 Å2
2---0.594 Å20 Å2
3---0.495 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9838 0 108 128 10074
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2161.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8782
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.0392
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.8092.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.016
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 580 -
Rwork0.305 --
obs-5470 86.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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