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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ik9 | ||||||
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タイトル | Human GST A1-1-GIMF with GSDHN | ||||||
![]() | Glutathione S-transferase A1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / human GST A1-1 GIMF / enzyme / Cytoplasm / Polymorphism | ||||||
機能・相同性 | ![]() 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位 / glutathione derivative biosynthetic process / linoleic acid metabolic process / steroid Delta-isomerase activity / Glutathione conjugation / glutathione peroxidase activity / Azathioprine ADME / Heme degradation / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / prostaglandin metabolic process ...異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位 / glutathione derivative biosynthetic process / linoleic acid metabolic process / steroid Delta-isomerase activity / Glutathione conjugation / glutathione peroxidase activity / Azathioprine ADME / Heme degradation / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / epithelial cell differentiation / glutathione metabolic process / xenobiotic metabolic process / fatty acid binding / extracellular exosome / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Balogh, L.M. / Le Trong, I. / Atkins, W.M. / Stenkamp, R.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Substrate specificity combined with stereopromiscuity in glutathione transferase A4-4-dependent metabolism of 4-hydroxynonenal. 著者: Balogh, L.M. / Le Trong, I. / Kripps, K.A. / Shireman, L.M. / Stenkamp, R.E. / Zhang, W. / Mannervik, B. / Atkins, W.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 354.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 294.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 62.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 80.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25703.109 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-BOB / ( #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.98 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 16% PEG mme 5000, 0.1 M HEPES, pH 7.5, and 10% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 97225 / Num. obs: 97225 / % possible obs: 89.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Χ2: 1.15 / Net I/σ(I): 12.649 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.701 / Num. unique all: 6649 / Χ2: 0.976 / % possible all: 61.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1K3Y 解像度: 2.2→39.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 8.809 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.389 / ESU R Free: 0.267 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 90.19 Å2 / Biso mean: 45.101 Å2 / Biso min: 12.88 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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