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- PDB-3ijp: Crystal structure of dihydrodipicolinate reductase from bartonell... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ijp
タイトルCrystal structure of dihydrodipicolinate reductase from bartonella henselae at 2.0A resolution
要素Dihydrodipicolinate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / SBRI / DECODE BIOSTRUCTURES / NIAID / BARTONELLA HENSELAE / DIHYDRODIPICOLINATE REDUCTASE / Amino-acid biosynthesis / Diaminopimelate biosynthesis / Lysine biosynthesis / NADP / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / oxidoreductase activity, acting on CH or CH2 groups, NAD or NADP as acceptor / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NAD binding / NADP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydrodipicolinate reductase, conserved site / Dihydrodipicolinate reductase signature. / Dihydrodipicolinate reductase, C-terminal / Dihydrodipicolinate reductase / Dihydrodipicolinate reductase, C-terminus / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminal / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminus / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Dihydrodipicolinate reductase, conserved site / Dihydrodipicolinate reductase signature. / Dihydrodipicolinate reductase, C-terminal / Dihydrodipicolinate reductase / Dihydrodipicolinate reductase, C-terminus / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminal / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminus / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bartonella henselae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016
タイトル: The crystal structure of dihydrodipicolinate reductase from the human-pathogenic bacterium Bartonella henselae strain Houston-1 at 2.3 angstrom resolution.
著者: Cala, A.R. / Nadeau, M.T. / Abendroth, J. / Staker, B.L. / Reers, A.R. / Weatherhead, A.W. / Dobson, R.C. / Myler, P.J. / Hudson, A.O.
履歴
登録2009年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年12月14日Group: Database references
改定 1.32017年1月25日Group: Database references
改定 1.42017年2月1日Group: Database references / Structure summary
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrodipicolinate reductase
B: Dihydrodipicolinate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,87811
ポリマ－62,0182
非ポリマー8609
水8,611478
1
A: Dihydrodipicolinate reductase
B: Dihydrodipicolinate reductase
ヘテロ分子

A: Dihydrodipicolinate reductase
B: Dihydrodipicolinate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,75722
ポリマ－124,0364
非ポリマー1,72118
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_655-x+1,y,-z1
Buried area14990 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area41080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.380, 109.380, 176.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dihydrodipicolinate reductase / DHPR


分子量: 31009.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bartonella henselae (バクテリア)
株: HOUSTON-1 / 遺伝子: dapB, BH12440 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6G2G3, EC: 1.3.1.26

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非ポリマー , 5種, 487分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#5: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.17 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PROPLEX SCREEN: 100MM SODIUM CITRATE PH 5.5, 5% PEG 4000, 200MM SODIUM ACETATE, BAHEA.00189.A AT 6.05MG/ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9744 / 波長: 0.9744 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9744 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 48383 / Num. obs: 48383 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 32.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 19.94
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.618 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 3521 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1arz modified with ccp4 program chainsaw

1arz


解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 3.788 / SU ML: 0.093 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 2444 5.1 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.179 48332 100 %-
all-48501 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å2-0 Å20 Å2
2---0.06 Å2-0 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3984 0 56 478 4518
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0214119
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022723
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5891.9665572
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95436645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1965539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.07124.124177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.80315703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8941529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2645
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024651
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02831
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9571.52629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1921.51114
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.86224181
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.78731490
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4834.51387
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 164 -
Rwork0.26 3311 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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