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- PDB-3ijm: The structure of a restriction endonuclease-like fold superfamily... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ijm
タイトルThe structure of a restriction endonuclease-like fold superfamily protein from Spirosoma linguale.
要素uncharacterized restriction endonuclease-like fold superfamily protein
キーワードstructural genomics / unknown function / DUF820 / Cyanobacteria / PD(D/E)xK superfamily / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性tt1808, chain A - #20 / tt1808, chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / : / Restriction endonuclease domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Spirosoma linguale (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Tesar, C. / Samano, S. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The structure of a restriction endonuclease-like fold superfamily protein from Spirosoma linguale.
著者: Cuff, M.E. / Tesar, C. / Samano, S. / Bearden, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized restriction endonuclease-like fold superfamily protein
B: uncharacterized restriction endonuclease-like fold superfamily protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3016
ポリマ－33,9982
非ポリマー3034
水5,459303
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area13720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.770, 65.849, 68.917
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細authors state that the biological unit is unknown, but likely a dimer, as seen in the AU (A+B).

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized restriction endonuclease-like fold superfamily protein


分子量: 16998.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spirosoma linguale (バクテリア) / 株: DSM 74 / 遺伝子: DUF820, SlinDRAFT_22400 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: C4CXR0, UniProt: D2QNN3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.96 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M NaCl, 0.1M Bis Tris pH6.5, 1.5M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 279K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97950, 0.97992
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月31日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.979921
Reflection冗長度: 7.2 % / Av σ(I) over netI: 41.88 / 数: 242345 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.17 / D res high: 1.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 33607 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.615098.410.0513.5066.4
3.664.6199.910.0442.3997
3.23.6610010.0441.8427.2
2.913.210010.0481.4587.3
2.72.9110010.0531.2287.3
2.542.710010.0591.1557.3
2.412.5410010.0661.0667.3
2.312.4110010.071.0317.3
2.222.3110010.0790.957.4
2.142.2210010.0860.9267.3
2.072.1410010.0930.8977.4
2.022.0710010.1160.8937.3
1.962.0210010.1360.8387.4
1.911.9610010.1630.8237.3
1.871.9110010.1770.7947.3
1.831.8710010.2280.7637.3
1.791.8310010.2730.7787.3
1.761.7910010.3170.7537.3
1.731.7610010.3960.7277.3
1.71.7310010.4770.7076.6
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 33607 / Num. obs: 33607 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.172 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Num. unique all: 1674 / Χ2: 0.707 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 1.7 Å / D res low: 47.62 Å / FOM : 0.177 / FOM acentric: 0.185 / FOM centric: 0.111 / 反射: 33554 / Reflection acentric: 30000 / Reflection centric: 3554
Phasing MAD set

最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 47.62 Å / Reflection centric: 3554

IDR cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentric
11.641000030000
20.990.964.26.40.190.1929993
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
110.88-47.621.7410.10.1007358
16.14-10.882.0210.10.100459181
14.28-6.141.4910.10.1001176288
13.28-4.281.15100002220389
12.66-3.281.62100003618501
12.24-2.662.58100005326611
11.93-2.244.05100007356710
11.7-1.931.54100009772816
210.88-47.620.960.898.58.90.610.657258
26.14-10.880.980.866.380.690.56459181
24.28-6.140.970.96.48.90.520.371176288
23.28-4.280.980.956.68.70.340.262220389
22.66-3.280.980.974.66.40.290.213617501
22.24-2.660.990.993.95.60.180.125325611
21.93-2.24113.75.60.090.067354710
21.7-1.93113.55.10.040.039770816
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se38.23246-0.750-0.1170
2Se38.56055-0.8670.259-0.1770
3Se66.26864-0.77-0.051-0.0870
4Se36.60461-0.750-0.117-0.066
5Se36.39992-0.8680.26-0.177-0.072
6Se48.825-0.769-0.051-0.087-0.012
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
10.88-47.620.3750.4350.2991317358
6.14-10.880.4730.5350.316640459181
4.28-6.140.4660.5110.28314641176288
3.28-4.280.4120.4490.20326092220389
2.66-3.280.3520.380.15141193618501
2.24-2.660.2120.2270.08359375326611
1.93-2.240.0940.10.03480667356710
1.7-1.930.0340.0360.011105889772816
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 33554
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
7.06-10068.80.762509
5.57-7.0663.90.854520
4.77-5.5756.80.888593
4.23-4.7756.80.897684
3.85-4.2358.10.911737
3.55-3.8558.50.901817
3.31-3.5561.20.895853
3.12-3.3159.90.877927
2.95-3.1262.60.854982
2.81-2.9562.10.8421015
2.69-2.81620.851069
2.58-2.69660.8491083
2.49-2.58690.8391188
2.4-2.4971.40.8321177
2.32-2.471.60.8471223
2.25-2.3275.50.8271284
2.19-2.25750.8381282
2.13-2.1975.10.8491340
2.07-2.1377.60.8461380
2.02-2.0779.20.8441410
1.98-2.0281.30.8371443
1.93-1.9881.20.8261464
1.89-1.9381.30.8031517
1.85-1.8980.10.791547
1.82-1.8584.30.7911547
1.78-1.8283.80.8081606
1.75-1.78840.7711612
1.7-1.7586.80.7222745

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法6位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→29.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / WRfactor Rfree: 0.193 / WRfactor Rwork: 0.162 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.89 / SU B: 4.245 / SU ML: 0.063 / SU R Cruickshank DPI: 0.102 / SU Rfree: 0.1 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.1
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 1701 5.1 %RANDOM
Rwork0.166 ---
all0.168 33552 --
obs0.168 33552 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.4 Å2 / Biso mean: 22.025 Å2 / Biso min: 10.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.23 Å20 Å20 Å2
2---2.24 Å20 Å2
3---3.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2298 0 18 303 2619
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222422
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021585
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3821.9753309
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89833920
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7625303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.46925.505109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.92515407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.964156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2379
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212683
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02449
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8621.51483
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2611.5592
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45422431
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0883939
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4044.5874
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 130 -
Rwork0.252 2282 -
all-2412 -
obs--99.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6741-0.05-0.41571.24410.30530.64140.02020.0407-0.02050.0272-0.06030.17550.0495-0.04840.04010.0395-0.0127-0.00790.0377-0.00530.02857.287456.074515.2241
21.8134-0.0686-0.09571.8034-0.04590.31560.0150.03380.0377-0.0163-0.0238-0.07490.0097-0.01220.00880.0698-0.00390.00280.0511-0.00030.004128.934362.705511.7968
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 148
2X-RAY DIFFRACTION2B-2 - 148

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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