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- PDB-3ijm: The structure of a restriction endonuclease-like fold superfamily... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ijm | ||||||
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Title | The structure of a restriction endonuclease-like fold superfamily protein from Spirosoma linguale. | ||||||
![]() | uncharacterized restriction endonuclease-like fold superfamily protein | ||||||
![]() | structural genomics / unknown function / DUF820 / Cyanobacteria / PD(D/E)xK superfamily / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | tt1808, chain A - #20 / tt1808, chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / : / Uncharacterized protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuff, M.E. / Tesar, C. / Samano, S. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: The structure of a restriction endonuclease-like fold superfamily protein from Spirosoma linguale. Authors: Cuff, M.E. / Tesar, C. / Samano, S. / Bearden, J. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 77.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 60 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 450.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 451.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | authors state that the biological unit is unknown, but likely a dimer, as seen in the AU (A+B). |
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Components
#1: Protein | Mass: 16998.875 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Chemical | ChemComp-NA / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 279 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1M NaCl, 0.1M Bis Tris pH6.5, 1.5M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 279K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jul 31, 2009 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 7.2 % / Av σ(I) over netI: 41.88 / Number: 242345 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.17 / D res high: 1.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 33607 / % possible obs: 99.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. all: 33607 / Num. obs: 33607 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.172 / Net I/σ(I): 10.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.73 Å / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Num. unique all: 1674 / Χ2: 0.707 / % possible all: 100 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 1.7 Å / D res low: 47.62 Å / FOM : 0.177 / FOM acentric: 0.185 / FOM centric: 0.111 / Reflection: 33554 / Reflection acentric: 30000 / Reflection centric: 3554 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | Highest resolution: 1.7 Å / Lowest resolution: 47.62 Å / Reflection centric: 3554
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 33554 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 89.4 Å2 / Biso mean: 22.025 Å2 / Biso min: 10.9 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→29.42 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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