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- PDB-3iiz: X-ray structure of the FeFe-hydrogenase maturase HydE from T. mar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iiz
タイトルX-ray structure of the FeFe-hydrogenase maturase HydE from T. maritima in complex with S-adenosyl-L-methionine
要素Biotin synthetase, putative
キーワードADOMET BINDING PROTEIN / Adomet radical / SAM radical / HYDE / hydrogenase / Fe4S4 cluster / adomet cleavage / maturation / adenosylmethionine
機能・相同性
機能・相同性情報


water-soluble vitamin biosynthetic process / sulfur compound biosynthetic process / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / transferase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
[FeFe]-hydrogenase maturation HydE, radical SAM / HydE/PylB-like / Biotin and thiamin synthesis-associated domain / Biotin and Thiamin Synthesis associated domain / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase class I ...[FeFe]-hydrogenase maturation HydE, radical SAM / HydE/PylB-like / Biotin and thiamin synthesis-associated domain / Biotin and Thiamin Synthesis associated domain / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HYDROSULFURIC ACID / S-ADENOSYLMETHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / [FeFe] hydrogenase maturase subunit HydE
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Nicolet, Y. / Amara, P. / Mouesca, J.M. / Fontecilla-Camps, J.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Unexpected electron transfer mechanism upon AdoMet cleavage in radical SAM proteins
著者: Nicolet, Y. / Amara, P. / Mouesca, J.-M. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2009年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biotin synthetase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,08914
ポリマ－39,8891
非ポリマー4,19913
水8,035446
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.628, 78.780, 85.943
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Biotin synthetase, putative / FeFe-Hydrogenase maturase HydE


分子量: 39889.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: TM_1269 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q9X0Z6

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非ポリマー , 8種, 459分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 化合物
ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#6: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.75 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, LISO4, TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→43 Å / Num. obs: 41143 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 13.39
反射 シェル解像度: 1.62→1.72 Å / 冗長度: 1.45 % / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / Num. unique all: 13887 / Rsym value: 0.369 / % possible all: 72.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ProDCデータ収集
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.2.0019位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CIW

3ciw


解像度: 1.62→38.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.665 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. The Friedel mates have been separated during data processing to extract the anomalous signal.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18438 2204 5.1 %RANDOM
Rwork0.13754 ---
obs0.1399 41143 97.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.188 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→38.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2822 0 198 446 3466
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223108
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022201
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7492.074269
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95435398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.925.054373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.80623.228127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.33515536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9011527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2504
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023239
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02589
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2510.2736
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2110.22712
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.21563
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21583
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2050.2367
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0160.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0980.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2430.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2080.242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1751.51837
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4241.5717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.61622900
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.49631421
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3744.51345
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.59833258
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.3063451
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.4333021
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.662 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 132 -
Rwork0.192 2510 -
obs--81.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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