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- PDB-3iip: Evolutionary optimization of computationally designed enzymes: Ke... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iip
タイトルEvolutionary optimization of computationally designed enzymes: Kemp eliminases of the KE07 series
要素KE7 R6 3/7F
キーワードLYASE / Beta Barrel
機能・相同性Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Khersonsky, O. / Dym, O. / Tawfik, D.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Evolutionary Optimization of Computationally Designed Enzymes: Kemp Eliminases of the KE07 Series.
著者: Khersonsky, O. / Rothlisberger, D. / Dym, O. / Albeck, S. / Jackson, C.J. / Baker, D. / Tawfik, D.S.
履歴
登録2009年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KE7 R6 3/7F
B: KE7 R6 3/7F
C: KE7 R6 3/7F
D: KE7 R6 3/7F
E: KE7 R6 3/7F
F: KE7 R6 3/7F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,7739
ポリマ－169,1836
非ポリマー4,5893
水3,009167
1
A: KE7 R6 3/7F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7272
ポリマ－28,1971
非ポリマー1,5301
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: KE7 R6 3/7F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7272
ポリマ－28,1971
非ポリマー1,5301
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: KE7 R6 3/7F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1971
ポリマ－28,1971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: KE7 R6 3/7F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1971
ポリマ－28,1971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: KE7 R6 3/7F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7272
ポリマ－28,1971
非ポリマー1,5301
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: KE7 R6 3/7F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1971
ポリマ－28,1971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.874, 106.874, 127.659
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 1

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1AA3 - 2504 - 251
2BB1 - 2502 - 251
3CC3 - 2504 - 251
4DD1 - 2502 - 251
5EE3 - 2504 - 251
6FF3 - 2504 - 251

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要素

#1: タンパク質
KE7 R6 3/7F


分子量: 28197.199 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500


分子量: 1529.829 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H140O35 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THIS SEQUENCE WILL BE ...A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THIS SEQUENCE WILL BE DEPOSITED IN THE SEQUENCE DATABASE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化温度: 292 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7.5
詳細: NaI 0.2M, Bis Tris 0.1M, pH7.5, 20% PEG3350, Microbatch under oil, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.9333 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月4日
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9333 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 72858 / % possible obs: 100 %
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0067精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3IIP

3iip


解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 7.561 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.37 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26574 3673 5 %RANDOM
Rwork0.21758 ---
obs0.21995 69140 99.78 %-
all-69292 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20.08 Å20 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11557 0 32 167 11756
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.02211759
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4761.96315839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.84251473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.3123.714525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.655152097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.631590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1940.21821
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.028692
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1571.57313
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.233211742
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.70134446
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2924.54097
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1907 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Atight positional0.110.05
Btight positional0.120.05
Ctight positional0.130.05
Dtight positional0.110.05
Etight positional0.130.05
Ftight positional0.120.05
Atight thermal0.370.5
Btight thermal0.370.5
Ctight thermal0.330.5
Dtight thermal0.320.5
Etight thermal0.370.5
Ftight thermal0.390.5
LS精密化 シェル解像度: 2.295→2.354 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 281 -
Rwork0.267 4981 -
obs--97.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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