PDB-3ihu: Crystal structure of DNA binding protein (YP_298823.1) from Ralst...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ihu

タイトル

Crystal structure of DNA binding protein (YP_298823.1) from Ralstonia eutropha JMP134 at 1.92 A resolution

要素

Transcriptional regulator, GntR family

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / YP_298823.1 / DNA binding protein / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation / FCD domain

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ralstonia eutropha (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of DNA binding protein (YP_298823.1) from Ralstonia eutropha JMP134 at 1.92 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2009年7月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ihu.cif.gz	94.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ihu.ent.gz	74.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ihu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ihu_validation.pdf.gz	450.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ihu_full_validation.pdf.gz	454.8 KB	表示
XML形式データ	3ihu_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	3ihu_validation.cif.gz	27.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/3ihu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/3ihu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3u5m-12 3u5m-6 3mkg-d 3u5m-4 1rec-d 3s0p-4 3u5m-7 4nxg-d 4wml-d 4jrr-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 383474

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional regulator, GntR family

B: Transcriptional regulator, GntR family

ヘテロ分子

49 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcriptional regulator, GntR family

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
24.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transcriptional regulator, GntR family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
24.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.646, 79.135, 103.244
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.080, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, GntR family 分子量: 24432.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ralstonia eutropha (バクテリア) / 株: JMP134 / 遺伝子: Reut_B4629, YP_298823.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q46SA5
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.93 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.17 詳細: 24.0000% polyethylene glycol 6000, 1.0000M lithium chloride, 0.1M TRIS pH 8.17, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97862,0.97799

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月16日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97862	1
3	0.97799	1

反射

解像度: 1.92→29.361 Å / Num. obs: 32709 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 34.581 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / R_sym value: 0.052 / Net I/σ(I): 12.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.92-1.97	2.7	0.556	1.4	6558	2416	0.556	100
1.97-2.02	2.7	0.415	1.8	6508	2375	0.415	100
2.02-2.08	2.7	0.297	2.5	6266	2290	0.297	100
2.08-2.15	2.7	0.221	3.4	6012	2192	0.221	100
2.15-2.22	2.7	0.167	4.5	5985	2183	0.167	100
2.22-2.29	2.7	0.134	5.5	5828	2129	0.134	100
2.29-2.38	2.7	0.11	6.7	5472	1990	0.11	100
2.38-2.48	2.7	0.093	7.9	5329	1942	0.093	100
2.48-2.59	2.8	0.082	8.7	5186	1882	0.082	100
2.59-2.72	2.8	0.079	8.4	4859	1765	0.079	100
2.72-2.86	2.7	0.076	8.4	4693	1708	0.076	99.9
2.86-3.04	2.7	0.064	8.7	4428	1620	0.064	99.9
3.04-3.25	2.7	0.054	10.6	4092	1490	0.054	99.9
3.25-3.51	2.8	0.046	12.8	3845	1397	0.046	99.7
3.51-3.84	2.8	0.04	14.5	3578	1290	0.04	99.7
3.84-4.29	2.8	0.033	18.8	3247	1174	0.033	99.6
4.29-4.96	2.8	0.032	19.1	2877	1039	0.032	99.4
4.96-6.07	2.7	0.039	15.8	2404	876	0.039	98.9
6.07-8.59	2.7	0.039	16.2	1790	657	0.039	97.9
8.59-29.36	2.4	0.041	15.4	709	294	0.041	74.7

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0053	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.92→29.361 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 10.003 / SU ML: 0.128 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.154
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	1662	5.1 %	RANDOM
R_work	0.199	-	-	-
obs	0.201	32709	99.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 66.26 Å² / B_iso mean: 24.792 Å² / B_iso min: 6.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.53 Å²	0 Å²	-0.65 Å²
2-	-	-1.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→29.361 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3117	0	8	202	3327

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.021	3267
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2262
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.489	1.955	4431
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.967	3	5459
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.953	5	437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.627	22.222	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.736	15	570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.537	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	510
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3745
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	714
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.87	1.5	2066
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.232	1.5	853
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.547	2	3298
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.582	3	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.134	4.5	1118

LS精密化シェル

解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	127	-
R_work	0.266	2287	-
all	-	2414	-
obs	-	-	99.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1021	0.4437	-0.7188	2.5557	-1.5752	1.44	0.1326	-0.0449	-0.0564	-0.0841	-0.0726	0.1512	0.0347	-0.1573	-0.06	0.1471	0.0373	-0.0325	0.2321	-0.0553	0.1967	-6.735	3.413	35.401
2	1.7978	0.6634	1.2107	1.4151	0.4855	2.2351	0.0221	0.1735	-0.1084	-0.34	-0.0184	-0.1792	0.0182	-0.0291	-0.0036	0.2643	0.1912	0.0679	0.2088	0.0207	0.1797	9.066	-7.666	16.167

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 219
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	15 - 218

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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