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- PDB-3ihq: Crystal Structure of Reduced C10S Spx in Complex with the Alpha C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ihq
タイトルCrystal Structure of Reduced C10S Spx in Complex with the Alpha C-terminal Domain of RNA Polymeras
要素
  • DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
  • Regulatory protein spx
キーワードTranscription/Transferase / transcription regulation / oxidative stress / Spx / RNA Polymerase / Cytoplasm / Disulfide bond / Redox-active center / Stress response / Transcription / DNA-directed RNA polymerase / Nucleotidyltransferase / Transferase / Transcription-Transferase COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / protein dimerization activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Global transcriptional regulator Spx / Transcriptional regulator Spx/MgsR / Arsenate reductase-like / ArsC family / ArsC family profile. / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA-directed RNA polymerase, insert domain ...Global transcriptional regulator Spx / Transcriptional regulator Spx/MgsR / Arsenate reductase-like / ArsC family / ArsC family profile. / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Glutaredoxin / Glutaredoxin / DNA polymerase; domain 1 / Thioredoxin-like superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Global transcriptional regulator Spx / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Newberry, K.J. / Brennan, R.G.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Promoter recognition by a complex of Spx and the C-terminal domain of the RNA polymerase alpha subunit.
著者: Nakano, M.M. / Lin, A. / Zuber, C.S. / Newberry, K.J. / Brennan, R.G. / Zuber, P.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of the Bacillus subtilis anti-alpha, global transcriptional regulator, Spx, in complex with the {alpha} C-terminal domain of RNA polymerase
著者: Newberry, K.J. / Nakano, S. / Zuber, P. / Brennan, R.G.
履歴
登録2009年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein spx
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2783
ポリマ－24,2092
非ポリマー691
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area10400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.390, 32.220, 50.580
Angle α, β, γ (deg.)106.07, 91.62, 103.77
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Regulatory protein spx


分子量: 15673.976 Da / 分子数: 1 / 変異: C10S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: BSU11500, spxA / プラスミド: pPROEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O31602
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / Transcriptase subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha


分子量: 8534.862 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 245-314 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: BSU01430, rpoA / プラスミド: PET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (BL21) / 参照: UniProt: P20429, DNA-directed RNA polymerase
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.47 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 25-30% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate, 0.1 M magnesium chloride, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月22日 / 詳細: Double Crystal Si(111)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.33 Å / Num. obs: 12912 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 12912 / Rsym value: 0.23 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1Z3E

1z3e


解像度: 1.9→48.33 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2784 662 -random
Rwork0.2364 ---
all-13584 --
obs-12912 95.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1476 0 5 39 1520
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.405 70
Rwork0.3109 -
obs-1223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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