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- PDB-3igu: Crystal structure of human alpha-N-acetylgalactosaminidase, coval... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3igu
タイトルCrystal structure of human alpha-N-acetylgalactosaminidase, covalent intermediate
要素Alpha-N-acetylgalactosaminidase
キーワードHYDROLASE / GLYCOPROTEIN / CARBOHYDRATE-BINDING PROTEIN / GLYCOSIDASE / LYSOSOMAL ENZYME / (BETA/ALPHA)8 BARREL / Schindler disease / Kanzaki disease / Disease mutation / Disulfide bond / Epilepsy / Lysosome / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-N-acetylgalactosaminidase / alpha-N-acetylgalactosaminidase activity / glycolipid catabolic process / alpha-galactosidase activity / oligosaccharide metabolic process / glycoside catabolic process / carbohydrate catabolic process / lysosome / protein homodimerization activity / extracellular exosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha galactosidase A, C-terminal beta-sandwich domain / Alpha galactosidase A C-terminal beta sandwich domain / Alpha galactosidase A / Glycoside hydrolase, family 27 / Glycoside hydrolase family 27/36, conserved site / Alpha-galactosidase signature. / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...Alpha galactosidase A, C-terminal beta-sandwich domain / Alpha galactosidase A C-terminal beta sandwich domain / Alpha galactosidase A / Glycoside hydrolase, family 27 / Glycoside hydrolase family 27/36, conserved site / Alpha-galactosidase signature. / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-deoxy-2,2-difluoro-beta-D-lyxo-hexopyranose / Alpha-N-acetylgalactosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Clark, N.E. / Garman, S.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The 1.9 a structure of human alpha-N-acetylgalactosaminidase: The molecular basis of Schindler and Kanzaki diseases
著者: Clark, N.E. / Garman, S.C.
履歴
登録2009年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-N-acetylgalactosaminidase
B: Alpha-N-acetylgalactosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,20625
ポリマ－91,1662
非ポリマー5,04123
水12,160675
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9110 Å2
ΔGint38 kcal/mol
Surface area30370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.612, 113.649, 68.415
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.140, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEULEULEUAA18 - 3101 - 293
21LEULEULEULEUBB18 - 3101 - 293
12GLYGLYLYSLYSAA311 - 404294 - 387
22GLYGLYLYSLYSBB311 - 404294 - 387

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alpha-N-acetylgalactosaminidase / Alpha-galactosidase B


分子量: 45582.867 Da / 分子数: 2 / 変異: N201Q / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Selected with blastocidin / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAGA / プラスミド: pIB/V5-His-TOPO TA / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): HI-FIVE / 参照: UniProt: P17050, alpha-N-acetylgalactosaminidase

-
糖 , 5種, 8分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-7JZ / 2-deoxy-2,2-difluoro-beta-D-lyxo-hexopyranose / 2-DEOXY-2,2-DIFLUORO-BETA-D-GALACTOPYRANOSYL-ENZYME INTERMEDIATE / 2-deoxy-2,2-difluoro-beta-D-lyxo-hexose / 2-deoxy-2,2-difluoro-D-lyxo-hexose / 2-deoxy-2,2-difluoro-lyxo-hexose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 200.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H10F2O5
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 690分子

#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 675 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.1
詳細: PEG3350, citric acid, Bis-Tris propane, pH 4.1, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月9日
放射モノクロメーター: Si (111) channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 62455 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 44.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Χ2: 1.014 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 6056 / Rsym value: 0.634 / Χ2: 1.025 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0070精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3H53

3h53


解像度: 2.15→45.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.717 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 3150 5 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.166 62446 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 114.5 Å2 / Biso mean: 28.732 Å2 / Biso min: 8.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å20.16 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→45.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6162 0 330 675 7167
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0226707
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0952.0039128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6375778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.18824.086301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.632151041
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.491540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21000
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214980
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.44983876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.522126251
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.39182831
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.791122877
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2305MEDIUM POSITIONAL0.190.5
1B2305MEDIUM THERMAL2.9210
2A746MEDIUM POSITIONAL0.290.5
2B746MEDIUM THERMAL2.1110
LS精密化 シェル解像度: 2.149→2.205 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 223 -
Rwork0.257 4172 -
all-4395 -
obs--94.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2658-0.0721-0.00650.3171-0.19340.4165-0.0672-0.06440.11670.02320.033-0.0090.00830.02510.03420.09420.0063-0.02740.0898-0.03960.042756.608-1.13210.05
21.2869-0.41670.13291.4914-0.38930.6194-0.0637-0.21750.13260.07470.18060.2489-0.0648-0.1731-0.11690.05430.0497-0.00280.12470.00610.116625.8363.37810.829
30.9754-0.2624-0.01151.506-0.72231.0898-0.0239-0.3566-0.2928-0.00480.46740.41390.0097-0.3614-0.44350.0538-0.0373-0.0250.34040.30340.296721.601-31.59421.795
41.9093-0.78980.22661.4893-0.27410.98420.0634-0.1997-0.2528-0.02170.1084-0.16020.10750.0414-0.17180.0975-0.0049-0.06050.07490.04410.166751.393-37.20916.347
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A18 - 310
2X-RAY DIFFRACTION2A311 - 404
3X-RAY DIFFRACTION3B18 - 310
4X-RAY DIFFRACTION4B311 - 404

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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