PDB-3igs: Structure of the Salmonella enterica N-acetylmannosamine-6-phosph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3igs

タイトル

Structure of the Salmonella enterica N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase

要素

N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase 2

キーワード

ISOMERASE / salmonella / energy metabolism / sugars / CSGID / Carbohydrate metabolism / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetylmannosamine catabolic process / N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase / : / N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Gordon, E. / Skarina, T. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2009年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年12月14日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3igs.cif.gz	119.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3igs.ent.gz	95.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3igs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3igs_validation.pdf.gz	740.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3igs_full_validation.pdf.gz	747.9 KB	表示
XML形式データ	3igs_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	3igs_validation.cif.gz	48.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/3igs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/3igs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2yn0-d 5ewo-d 6yw3-d 4ua3-2 5jt0-d 5o85-1 5zh1-2 5cyp-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP01861

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase 2

B: N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase 2

ヘテロ分子

50.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.29, 63.32, 41.80
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.28, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase 2 / ManNAc-6-P epimerase 2

分子量: 24591.344 Da / 分子数: 2 / 変異: A129T cloning error / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: nanE2, STM3337 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8ZLQ7, N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase

#2: 糖

ChemComp-16G / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 301.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₆NO₉P

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 878 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.11 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2M ammonium sulphate, 5% isopropanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月11日 / 詳細: beryllium lense
放射	モノクロメーター: C(111) diamond laue monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 77012 / Num. obs: 74625 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 1.8 / Observed criterion σ(I): 3.3 / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.095 / Χ²: 1.008 / Net I/σ(I): 26.7
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 3.33 / Num. unique all: 5711 / Χ²: 0.979 / % possible all: 74.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
BLU-MAX		データ収集
HKL-2000		データ削減
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→37.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / WR_factor R_free: 0.187 / WR_factor R_work: 0.156 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.914 / SU B: 2.164 / SU ML: 0.038 / SU R Cruickshank DPI: 0.067 / SU R_free: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.177	3757	5 %	RANDOM
R_work	0.147	-	-	-
all	0.149	77152	-	-
obs	0.148	74621	96.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.52 Å² / B_iso mean: 10.801 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	-0 Å²	-0.08 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→37.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3394	0	91	878	4363

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3713
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.371	1.996	5100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.364	5	500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.902	23.75	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.713	15	594
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.337	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	596
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	2782
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.585	1.5	2396
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.479	2	3867
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.483	3	1317
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.63	4.5	1221

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	170	-
R_work	0.233	3750	-
all	-	3920	-
obs	-	3396	70.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2077	0.1324	0.0383	0.43	-0.0635	0.2306	-0.0059	0.0277	0.002	-0.001	0.005	0.026	-0.0407	0.0007	0.0008	0.0247	0.0016	0.027	0.0496	-0.0072	0.0501	36.863	36.641	2.507
2	0.4677	0.1759	-0.0576	0.277	0.0062	0.304	0.0081	-0.0071	0.0296	0.0099	0.0038	0.0218	0.0095	-0.056	-0.0118	0.0106	-0.0013	0.0211	0.0629	-0.0122	0.0494	16.132	10.391	10.573

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 229
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 229

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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