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万見
- PDB-5ewo: Crystal structure of the human astrovirus 1 capsid protein spike ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ewo
タイトルCrystal structure of the human astrovirus 1 capsid protein spike domain at 0.95-A resolution
要素Structural protein
キーワードVIRAL PROTEIN / capsid protein / icosahedral virus / beta barrel
機能・相同性Turkey astrovirus capsid protein / Turkey astrovirus capsid protein / Capsid, astroviral / Astrovirus capsid protein nucleoplasmin-like domain / T=3 icosahedral viral capsid / Viral coat protein subunit / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host extracellular space / Capsid polyprotein VP90
機能・相同性情報
生物種Human astrovirus-1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.95 Å
データ登録者Bogdanoff, W. / York, R.L. / Yousefi, P.A. / Haile, S. / Tripathi, S. / DuBois, R.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI095369 米国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Structural, Mechanistic, and Antigenic Characterization of the Human Astrovirus Capsid.
著者: York, R.L. / Yousefi, P.A. / Bogdanoff, W. / Haile, S. / Tripathi, S. / DuBois, R.M.
履歴
登録2015年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Structural protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6165
ポリマ－25,2321
非ポリマー3844
水2,918162
1
A: Structural protein
ヘテロ分子

A: Structural protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,23210
ポリマ－50,4632
非ポリマー7698
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area4970 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area16730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.230, 103.230, 41.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-933-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Structural protein


分子量: 25231.674 Da / 分子数: 1 / 断片: spike domain (UNP residues 429-645) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human astrovirus-1 (ウイルス) / プラスミド: pET52b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q82452
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: PEG 400, Ammonium sulfate , MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.95→16.21 Å / Num. obs: 141071 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 756406
反射 シェル

Rpim(I) all: 0.022 / Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rsym value% possible all
0.95-14.50.4553.160237134630.8420.05167.4
3-16.216.20.05127.12275136510.9960.05676.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM3.3.21データ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3QSQ

3qsq


解像度: 0.95→16.122 Å / SU ML: 0.05 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 11.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1425 6354 5.01 %
Rwork0.1313 --
obs0.1319 126817 89.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 51.04 Å2 / Biso mean: 11.7822 Å2 / Biso min: 4.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 0.95→16.122 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1678 0 20 162 1860
Biso mean--17.48 18.23 -
残基数----214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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