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万見
- PDB-3ig6: Low molecular weigth human Urokinase type Plasminogen activator 2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ig6
タイトルLow molecular weigth human Urokinase type Plasminogen activator 2-[6-(3'-Aminomethyl-biphenyl-3-yloxy)-4-(3-dimethylamino-pyrrolidin-1-yl)-3,5-difluoro-pyridin-2-yloxy]-4-dimethylamino-benzoic acid complex
要素(Urokinase-type plasminogen activator) x 2
キーワードHYDROLASE / SELECTIVE / S1 SITE INHIBITOR / STRUCTURE-BASED DRUG DESIGN / UROKINASE / Blood coagulation / Disulfide bond / EGF-like domain / Fibrinolysis / Glycoprotein / Kringle / Pharmaceutical / Phosphoprotein / Plasminogen activation / Polymorphism / Protease / Secreted / Serine protease / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of signaling receptor activity ...u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of signaling receptor activity / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / smooth muscle cell migration / plasminogen activation / regulation of cell adhesion mediated by integrin / tertiary granule membrane / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cell adhesion / specific granule membrane / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / chemotaxis / blood coagulation / regulation of cell population proliferation / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / focal adhesion / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. ...Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-438 / PHOSPHATE ION / Urokinase-type plasminogen activator / Urokinase-type plasminogen activator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Adler, M. / Whitlow, M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: Identification of orally bioavailable, non-amidine inhibitors of Urokinase Plasminogen Activator (uPA)
著者: West, C.W. / Adler, M. / Arnaiz, D. / Chen, D. / Chu, K. / Gualtieri, G. / Ho, E. / Huwe, C. / Light, D. / Phillips, G. / Pulk, R. / Sukovich, D. / Whitlow, M. / Yuan, S. / Bryant, J.
履歴
登録2009年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urokinase-type plasminogen activator
B: Urokinase-type plasminogen activator
C: Urokinase-type plasminogen activator
D: Urokinase-type plasminogen activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6397
ポリマ－62,3374
非ポリマー1,3023
水4,089227
1
A: Urokinase-type plasminogen activator
B: Urokinase-type plasminogen activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7723
ポリマ－31,1692
非ポリマー6041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Urokinase-type plasminogen activator
D: Urokinase-type plasminogen activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8674
ポリマ－31,1692
非ポリマー6992
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Urokinase-type plasminogen activator
B: Urokinase-type plasminogen activator
C: Urokinase-type plasminogen activator
D: Urokinase-type plasminogen activator
ヘテロ分子

A: Urokinase-type plasminogen activator
B: Urokinase-type plasminogen activator
C: Urokinase-type plasminogen activator
D: Urokinase-type plasminogen activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,27914
ポリマ－124,6748
非ポリマー2,6056
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area11480 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area37020 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.855, 52.294, 72.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.23, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-839-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Urokinase-type plasminogen activator / U-plasminogen activator / uPA / Urokinase-type plasminogen activator long chain A / Urokinase-type ...U-plasminogen activator / uPA / Urokinase-type plasminogen activator long chain A / Urokinase-type plasminogen activator short chain A / Urokinase-type plasminogen activator chain B


分子量: 2708.183 Da / 分子数: 2 / 断片: FRAGMENT OF LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLAU / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5SWW9, UniProt: P00749*PLUS, u-plasminogen activator
#2: タンパク質 Urokinase-type plasminogen activator / U-plasminogen activator / uPA / Urokinase-type plasminogen activator long chain A / Urokinase-type ...U-plasminogen activator / uPA / Urokinase-type plasminogen activator long chain A / Urokinase-type plasminogen activator short chain A / Urokinase-type plasminogen activator chain B


分子量: 28460.412 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLAU / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5SWW9, UniProt: P00749*PLUS, u-plasminogen activator
#3: 化合物 ChemComp-438 / 2-[(6-{[3'-(aminomethyl)biphenyl-3-yl]oxy}-4-[(3R)-3-(dimethylamino)pyrrolidin-1-yl]-3,5-difluoropyridin-2-yl)oxy]-4-(dimethylamino)benzoic acid


分子量: 603.659 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H35F2N5O4
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE ACTIVE FORM OF UROKINASE IS CREATED BY A PROTEOLYTIC CLIP, THUS IT HAS TWO CHAINS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 20.4 g/l, 1 mM ligand in 50 mM Tris pH 7.4, 5 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月22日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→20 Å / Num. all: 48073 / Num. obs: 47497 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.45 % / Biso Wilson estimate: 12.4 Å2 / Rsym value: 0.0535 / Net I/σ(I): 15.15
反射 シェル解像度: 1.83→1.94 Å / 冗長度: 2.26 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 5887 / Rsym value: 0.244 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
BOSデータ収集
CNX精密化
XTALVIEW精密化
X-GENデータ削減
X-GENデータスケーリング
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LMW

1lmw


解像度: 1.83→19.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 132827.96 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1684 3.9 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.198 42641 90.4 %-
all-46597 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.936 Å2 / ksol: 0.403955 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5 Å20 Å24.94 Å2
2--1.59 Å20 Å2
3----3.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3939 0 93 227 4259
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.66
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.431.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.172
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.622
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.063
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 232 3.8 %
Rwork0.234 5887 -
obs-5887 78.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.pprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.parwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4438.par438.top
X-RAY DIFFRACTION5&_1_PARAMETER_INFILE_5&_1_TOPOLOGY_INFILE_5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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