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- PDB-3ifx: Crystal structure of the Spin-labeled KcsA mutant V48R1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ifx
タイトルCrystal structure of the Spin-labeled KcsA mutant V48R1
要素Voltage-gated potassium channel
キーワードMEMBRANE PROTEIN / potassium channel / spin-labeled protein / Cell membrane / Ion transport / Ionic channel / Membrane / Transmembrane / Transport / Voltage-gated channel
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-MTN / TETRABUTYLAMMONIUM ION / pH-gated potassium channel KcsA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lividans (バクテリア)
手法X線回折 / EPR / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.56 Å
データ登録者Cieslak, J.A. / Focia, P.J. / Gross, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Electron Spin-Echo Envelope Modulation (ESEEM) Reveals Water and Phosphate Interactions with the KcsA Potassium Channel
著者: Cieslak, J.A. / Focia, P.J. / Gross, A.
履歴
登録2009年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Advisory / Non-polymer description / Refinement description
改定 1.32023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-gated potassium channel
B: Voltage-gated potassium channel
C: Voltage-gated potassium channel
D: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,14811
ポリマ－55,7704
非ポリマー1,3787
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint-71.8 kcal/mol
Surface area17840 Å2
手法PISA
2
A: Voltage-gated potassium channel
B: Voltage-gated potassium channel
C: Voltage-gated potassium channel
D: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel
B: Voltage-gated potassium channel
C: Voltage-gated potassium channel
D: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,29522
ポリマ－111,5398
非ポリマー2,75614
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area15600 Å2
ΔGint-157.6 kcal/mol
Surface area33960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.970, 76.630, 112.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.83, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細AUTHORS STATE THAT THE QUATERNARY STRUCTURE DEFINED IN REMARK 350 AS BIOMOLECULE 1 IS THE CORRECT PHYSIOLOGICAL TETRAMER THAT FORMS AN ASYMMETRIC UNIT. THE QUATERNARY STRUCTURE DEFINED IN REMARK 350 AS BIOMOLECULE 2 IS INCORRECT AS THE OCTAMERIC STRUCTURE IS A CONSEQUENCE OF CRYSTAL PACKING AND FORMATION OF THE CONTENTS OF THE UNIT CELL.

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要素

#1: タンパク質
Voltage-gated potassium channel


分子量: 13942.380 Da / 分子数: 4 / 断片: Pore domain: UNP residues 1-124 / 変異: V48C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans (バクテリア)
遺伝子: kcsA, skc1 / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A334
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-MTN / S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate / MTSL


分子量: 264.385 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18NO3S2
#4: 化合物 ChemComp-TBA / TETRABUTYLAMMONIUM ION / テトラブチルアンモニウム


分子量: 242.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H36N
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
EPR1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 200 mM CaCl2, 150 mM KCl, 100 mM HEPES, 19-49% PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月15日
詳細: K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.56→50 Å / Num. all: 7946 / Num. obs: 7898 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 3.56→3.65 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.0421 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0051精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1BL8

1bl8


解像度: 3.56→24.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 66.443 / SU ML: 0.512 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.721 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30218 409 4.9 %RANDOM
Rwork0.27109 ---
all0.27267 7898 --
obs0.27267 7898 75.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 110.671 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å2-0.67 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.56→24.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2743 0 49 3 2795
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0550.0222914
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7791.9644018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.335388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.9721.85770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg26.17715353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.683157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2512
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212074
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8181.5107
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5112165
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.844341
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6814.540
LS精密化 シェル解像度: 3.56→3.65 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.462 5 -
Rwork0.354 66 -
obs--8.78 %
精密化 TLS

L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: 0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDOrigin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
136.532929.931921.6098
226.096716.081425.3794
313.41326.824630.2369
423.451940.586126.4115
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B23 - 34
2X-RAY DIFFRACTION1B35 - 56
3X-RAY DIFFRACTION1B57 - 67
4X-RAY DIFFRACTION1B68 - 78
5X-RAY DIFFRACTION1B79 - 89
6X-RAY DIFFRACTION1B90 - 112
7X-RAY DIFFRACTION1B113 - 119
8X-RAY DIFFRACTION2C23 - 36
9X-RAY DIFFRACTION2C37 - 47
10X-RAY DIFFRACTION2C48 - 60
11X-RAY DIFFRACTION2C61 - 65
12X-RAY DIFFRACTION2C66 - 82
13X-RAY DIFFRACTION2C83 - 92
14X-RAY DIFFRACTION2C93 - 110
15X-RAY DIFFRACTION2C111 - 119
16X-RAY DIFFRACTION3D23 - 34
17X-RAY DIFFRACTION3D35 - 56
18X-RAY DIFFRACTION3D57 - 67
19X-RAY DIFFRACTION3D68 - 78
20X-RAY DIFFRACTION3D79 - 89
21X-RAY DIFFRACTION3D90 - 112
22X-RAY DIFFRACTION3D113 - 119
23X-RAY DIFFRACTION4A23 - 36
24X-RAY DIFFRACTION4A37 - 47
25X-RAY DIFFRACTION4A48 - 60
26X-RAY DIFFRACTION4A61 - 65
27X-RAY DIFFRACTION4A66 - 82
28X-RAY DIFFRACTION4A83 - 92
29X-RAY DIFFRACTION4A93 - 110
30X-RAY DIFFRACTION4A111 - 119

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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