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万見
- PDB-2qto: An anisotropic model for potassium channel KcsA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qto
タイトルAn anisotropic model for potassium channel KcsA
要素Voltage-gated potassium channel
キーワードMETAL TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN / Potassium channel / membrane proteins / normal-mode refinement / anisotropic thermal factors
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / pH-gated potassium channel KcsA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lividans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.201 Å
データ登録者Chen, X. / Poon, B.K. / Dousis, A. / Wang, Q. / Ma, J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Normal-mode refinement of anisotropic thermal parameters for potassium channel KcsA at 3.2 A crystallographic resolution
著者: Chen, X. / Poon, B.K. / Dousis, A. / Wang, Q. / Ma, J.
履歴
登録2007年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-gated potassium channel
B: Voltage-gated potassium channel
C: Voltage-gated potassium channel
D: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1297
ポリマ－41,0124
非ポリマー1173
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.780, 68.930, 112.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.63, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 23 - 119 / Label seq-ID: 1 - 97

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

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要素

#1: タンパク質
Voltage-gated potassium channel / Potassium channel KcsA


分子量: 10252.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans (バクテリア)
遺伝子: kcsA, skc1 / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-BLUE / 参照: UniProt: P0A334
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.34 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 200 MM CACL2, 100 MM HEPES PH 7.5, 48% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.908 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.201→30 Å / Num. obs: 12603 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: 1BL8

1bl8


解像度: 3.201→9.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / ESU R: 0.993 / ESU R Free: 0.461 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27181 1265 10.4 %RANDOM
Rwork0.27162 ---
obs0.27164 10912 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 121.433 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.06 Å20 Å2-1.64 Å2
2--0.68 Å20 Å2
3----1.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.201→9.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2849 0 3 1 2853
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222925
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9891.9344040
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4935384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg47.92121.56683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.415376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.6271511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2504
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022143
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2850.21537
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.22103
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1080.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4690.224
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 710 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight positional / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
1A0.09
2B0.15
3C0.09
4D0.1
LS精密化 シェル解像度: 3.201→3.275 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 51 -
Rwork0.397 520 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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