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- PDB-3idw: Crystal structure of Sla1 homology domain 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3idw
タイトルCrystal structure of Sla1 homology domain 2
要素Actin cytoskeleton-regulatory complex protein SLA1
キーワードENDOCYTOSIS (エンドサイトーシス) / clathrin adaptor / SAM domain (SAMドメイン) / yeast (酵母) / Actin-binding / Cell membrane (細胞膜) / Cytoskeleton (細胞骨格) / Endosome (エンドソーム) / Membrane (生体膜) / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / SH3 domain (SH3ドメイン)
機能・相同性
機能・相同性情報


actin cytoskeleton-regulatory complex / SLAC complex / cargo adaptor activity / actin cortical patch assembly / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / actin cortical patch / regulation of actin filament polymerization / cellular bud neck / mating projection tip ...actin cytoskeleton-regulatory complex / SLAC complex / cargo adaptor activity / actin cortical patch assembly / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / actin cortical patch / regulation of actin filament polymerization / cellular bud neck / mating projection tip / ubiquitin binding / cell wall organization / エンドサイトーシス / actin binding / 細胞皮質 / endosome membrane / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
SLA1 homology domain 1, SHD1 / Sla1, first SH3 domain / Sla1, third SH3 domain / SLA1 homology domain 1, SHD1 / Transcription Factor, Ets-1 / Variant SH3 domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / SH3ドメイン / Src homology 3 domains / DNA polymerase; domain 1 ...SLA1 homology domain 1, SHD1 / Sla1, first SH3 domain / Sla1, third SH3 domain / SLA1 homology domain 1, SHD1 / Transcription Factor, Ets-1 / Variant SH3 domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / SH3ドメイン / Src homology 3 domains / DNA polymerase; domain 1 / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Actin cytoskeleton-regulatory complex protein SLA1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Di Pietro, S.M. / Cascio, D. / Bowie, J.U. / Payne, G.S.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: Regulation of clathrin adaptor function in endocytosis: novel role for the SAM domain.
著者: Di Pietro, S.M. / Cascio, D. / Feliciano, D. / Bowie, J.U. / Payne, G.S.
履歴
登録2009年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin cytoskeleton-regulatory complex protein SLA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5911
ポリマ－8,5911
非ポリマー00
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.273, 59.273, 47.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Actin cytoskeleton-regulatory complex protein SLA1 / Endocytic adaptor protein Sla1


分子量: 8590.744 Da / 分子数: 1 / 断片: Sla1 homology domain 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SLA1, YBL007C, YBL0321 / プラスミド: pET-30a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus / 参照: UniProt: P32790
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 0.1 M HEPES, 5% PEG-6000, 5% MPD, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.000,0.9796
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double Crystal, Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97961
Reflection冗長度: 10 % / Av σ(I) over netI: 40.81 / 数: 57070 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Χ2: 1.18 / D res high: 2.1 Å / D res low: 80 Å / Num. obs: 5717 / % possible obs: 99.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.528098.510.0751.0549.9
3.594.5299.310.0820.97910.1
3.143.5999.510.0991.13310.4
2.853.1499.710.1151.20510.5
2.652.8599.510.1411.04510.4
2.492.6599.810.1891.1110.5
2.372.4999.710.250.70510.4
2.262.3799.610.3631.2489.9
2.182.2699.610.462.4959.2
2.12.1899.710.4520.9588.4
反射解像度: 1.85→90 Å / Num. obs: 8256 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18.3 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 0.911 / Net I/σ(I): 41.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.85-1.9215.70.5068210.941100
1.92-1.9917.90.3668130.9491100
1.99-2.0818.60.2468041.0351100
2.08-2.1918.70.1778361.0191100
2.19-2.3318.70.1318070.9191100
2.33-2.5118.80.118310.9431100
2.51-2.7618.80.0978171.0431100
2.76-3.1618.50.0878361.1761100
3.16-3.9918.10.058360.7121100
3.99-9018.70.0338550.399199.9

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 5724
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
4.79-10025.10.832502
3.79-4.7920.30.936501
3.3-3.7922.10.922504
2.99-3.324.60.911503
2.78-2.9926.10.912503
2.61-2.7834.70.879509
2.47-2.6131.60.872502
2.37-2.4731.70.866503
2.27-2.3731.40.827514
2.19-2.2725.90.786504
2.1-2.1930.70.78679

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法6位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→29.636 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.236 / WRfactor Rwork: 0.22 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.847 / SU B: 5.688 / SU ML: 0.08 / SU R Cruickshank DPI: 0.123 / SU Rfree: 0.111 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 375 4.6 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.204 8200 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 42.85 Å2 / Biso mean: 22.334 Å2 / Biso min: 13.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.95 Å2-0.48 Å20 Å2
2---0.95 Å20 Å2
3---1.43 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.111 Å0.123 Å
Luzzati sigma a-0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.636 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数551 0 0 25 576
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.022561
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2181.94752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.569565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.04323.63633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.65215104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.192156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02433
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7641.5326
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6212525
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9463235
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8354.5227
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 21 -
Rwork0.236 583 -
all-604 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.3904 Å / Origin y: -12.9237 Å / Origin z: 0.5489 Å
111213212223313233
T0.0113 Å2-0.0078 Å20.0147 Å2-0.0352 Å20.0173 Å2--0.0687 Å2
L3.0742 °2-0.9474 °20.2339 °2-2.9535 °20.4327 °2--3.2732 °2
S-0.0754 Å °0.1883 Å °0.0626 Å °0.0894 Å °-0.0262 Å °0.11 Å °0.111 Å °0.016 Å °0.1016 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 67
2X-RAY DIFFRACTION1A73 - 97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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