PDB-3ids: Structure of Glycosomal Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ids

タイトル

Structure of Glycosomal Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase from Trypanosoma cruzi in complex with the irreversible iodoacetamide inhibitor

要素

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, glycosomal

キーワード

OXIDOREDUCTASE / IRREVERSIBLE INHIBITOR / PROTEIN-LIGAND COMPLEX / GLYCOLYSIS / NAD / OXIREDUCTASE / Glycosome

機能・相同性

機能・相同性情報

glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycosome / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Balliano, T.L. / Guido, R.V.C. / Andricopulo, A.D. / Oliva, G.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Glycosomal Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase from Trypanosoma cruzi in complex with the irreversible iodoacetamide inhibitor
著者: Balliano, T.L. / Guido, R.V.C. / Andricopulo, A.D. / Oliva, G.

履歴

登録	2009年7月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ids.cif.gz	304.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ids.ent.gz	244.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ids.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/3ids ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/3ids	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1k3tS 3dmt S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1gyp-d 1gyq-d 1qxs-d 1a7k-d 1i32-1 1i32-2 5ddi-1 1k3t-d 1i33-1 6qun-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (10) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, glycosomal

D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, glycosomal

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, glycosomal

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, glycosomal

ヘテロ分子

158 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.121, 85.388, 105.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.42, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, glycosomal / GAPDH 分子量: 39112.539 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P22513, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物	ChemComp-ACM / ACETAMIDE / アセトアミド分子量: 59.067 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.35 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 18% PEG 4000, 0.1M calcium acetate, 0.1M sodium azide, 0.1M sodium cacodylate buffer, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.42 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月16日
放射	モノクロメーター: Si curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.42 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→61.7 Å / Num. all: 131884 / Num. obs: 131874 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 34.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 92.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1K3T

1k3t

解像度: 1.8→61.656 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2405	6629	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1998	-	-	-
all	0.213	131874	-	-
obs	0.2019	131852	96.99 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 56.967 Å² / k_sol: 0.354 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→61.656 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10932	0	92	1118	12142

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	11231
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.381	15232
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.293	4024
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.104	1744
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1946

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8205	0.3486	217	0.3238	3967	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8205-1.8419	0.335	223	0.3077	3925	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8419-1.8643	0.3124	224	0.2802	4029	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8643-1.8879	0.3198	218	0.2611	4027	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8879-1.9128	0.2919	213	0.2524	4021	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9128-1.939	0.286	215	0.2494	4062	X-RAY DIFFRACTION	94
1.939-1.9667	0.2756	230	0.2335	4056	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9667-1.9961	0.2584	217	0.2254	4081	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9961-2.0273	0.2649	208	0.2223	4096	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0273-2.0605	0.2606	215	0.2125	4053	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0605-2.096	0.2572	206	0.214	4149	X-RAY DIFFRACTION	96
2.096-2.1341	0.2511	223	0.2089	4133	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1341-2.1752	0.2421	209	0.196	4197	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1752-2.2196	0.2263	211	0.1941	4155	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2196-2.2679	0.2676	211	0.1992	4170	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2679-2.3206	0.2744	233	0.2064	4206	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3206-2.3786	0.259	222	0.2004	4201	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3786-2.443	0.2438	214	0.1983	4242	X-RAY DIFFRACTION	98
2.443-2.5148	0.279	218	0.2042	4234	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5148-2.596	0.2613	225	0.202	4254	X-RAY DIFFRACTION	99
2.596-2.6888	0.2467	229	0.1959	4241	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6888-2.7965	0.2516	215	0.1967	4285	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7965-2.9237	0.2409	206	0.2004	4314	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9237-3.0779	0.2306	231	0.2001	4313	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0779-3.2707	0.2295	221	0.1962	4285	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2707-3.5232	0.2406	229	0.1826	4344	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5232-3.8777	0.2093	253	0.1835	4295	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8777-4.4387	0.1919	231	0.1646	4325	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4387-5.5917	0.2016	255	0.1723	4334	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5917-61.6925	0.2381	207	0.2048	4229	X-RAY DIFFRACTION	95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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