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- PDB-3icq: Karyopherin nuclear state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3icq
タイトルKaryopherin nuclear state
要素
  • Exportin-T
  • GTP-binding nuclear protein GSP1/CNR1
  • RNA (62-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / karyopherin / exportin / HEAT repeat / tRNA / GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell cycle phase transition / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / regulation of nucleocytoplasmic transport / tRNA re-export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / tRNA export from nucleus / tRNA processing / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nucleus organization ...regulation of cell cycle phase transition / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / regulation of nucleocytoplasmic transport / tRNA re-export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / tRNA export from nucleus / tRNA processing / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nucleus organization / nuclear pore / ribosomal subunit export from nucleus / small GTPase binding / nuclear matrix / protein import into nucleus / nuclear envelope / tRNA binding / GTPase activity / GTP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Exportin-T / Exportin-T, C-terminal domain / Exportin-T / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Ran GTPase / Small GTPase Ran-type domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases ...Exportin-T / Exportin-T, C-terminal domain / Exportin-T / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Ran GTPase / Small GTPase Ran-type domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / Exportin-T / GTP-binding nuclear protein GSP1/CNR1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Cook, A.G. / Fukuhara, N. / Jinek, M. / Conti, E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Structures of the tRNA export factor in the nuclear and cytosolic states
著者: Cook, A.G. / Fukuhara, N. / Jinek, M. / Conti, E.
履歴
登録2009年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: Exportin-T
B: GTP-binding nuclear protein GSP1/CNR1
D: RNA (62-MER)
U: Exportin-T
C: GTP-binding nuclear protein GSP1/CNR1
E: RNA (62-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)304,35010
ポリマ－303,2556
非ポリマー1,0954
水724
1
T: Exportin-T
B: GTP-binding nuclear protein GSP1/CNR1
D: RNA (62-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,1755
ポリマ－151,6273
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6660 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area56750 Å2
手法PISA
2
U: Exportin-T
C: GTP-binding nuclear protein GSP1/CNR1
E: RNA (62-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,1755
ポリマ－151,6273
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6270 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area56160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.000, 143.800, 166.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 TUBC

#1: タンパク質 Exportin-T / tRNA exportin / Exportin(tRNA) / Karyopherin-beta


分子量: 110354.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: los1, SPBP8B7.09c / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O94258
#2: タンパク質 GTP-binding nuclear protein GSP1/CNR1 / GTPase Ran homolog / Genetic suppressor of PRP20-1 / Chromosome stability protein 17


分子量: 19717.814 Da / 分子数: 2 / Fragment: Ran, UNP residues 9-179 / Mutation: Q71L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CNR1, CST17, GSP1, L8003.19, YLR293C / プラスミド: pProEX-Htb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL-41 / 参照: UniProt: P32835

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RNA鎖 , 1種, 2分子 DE

#3: RNA鎖 RNA (62-MER)


分子量: 21554.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Nucleotide synthesis

-
非ポリマー , 3種, 8分子

#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100mM Bis-Tris, pH5.5, 20% PEG3350, 180mM sodium acetate at 18 degrees, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Bis-Tris11
2PEG335011
3sodium acetate11
4HOH11
5Bis-Tris12
6PEG335012
7sodium acetate12
8HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.07 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月26日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→72.174 Å / Num. all: 57452 / Num. obs: 57452 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rsym value: 0.149 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. measured all: 34787 / Num. unique all: 8276 / Rsym value: 0.65 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 51.1 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.2 Å59.95 Å
Translation3.2 Å59.95 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
PHASER2.1.3位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3IBV

3ibv


解像度: 3.2→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.771 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 2914 5.1 %random
Rwork0.243 ---
all-57460 --
obs-57375 100 %-
溶媒の処理Bsol: 50.59 Å2
原子変位パラメータBiso max: 201.92 Å2 / Biso mean: 72.103 Å2 / Biso min: 2.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.151 Å20 Å20 Å2
2---0.586 Å20 Å2
3----6.564 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16422 2633 66 4 19125
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.407
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4GTP.param
X-RAY DIFFRACTION5water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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