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- PDB-3icl: X-Ray Structure of Protein (EAL/GGDEF domain protein) from M.caps... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3icl
タイトルX-Ray Structure of Protein (EAL/GGDEF domain protein) from M.capsulatus, Northeast Structural Genomics Consortium Target McR174C
要素EAL/GGDEF domain protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics / Consortium / NESG / McR174C / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain ...: / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
EAL/GGDEF domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methylococcus capsulatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / SINGLE WAVELENGTH / 解像度: 2 Å
データ登録者Kuzin, A. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. ...Kuzin, A. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target McR174C
著者: Kuzin, A. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2009年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42021年10月13日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EAL/GGDEF domain protein
B: EAL/GGDEF domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,65010
ポリマ－37,8822
非ポリマー7698
水1,63991
1
A: EAL/GGDEF domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2294
ポリマ－18,9411
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: EAL/GGDEF domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4216
ポリマ－18,9411
非ポリマー4805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.672, 75.950, 95.196
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 EAL/GGDEF domain protein


分子量: 18940.979 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 61-223 / 変異: E80K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylococcus capsulatus (バクテリア)
遺伝子: MCA0337 / プラスミド: BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q60BX6
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.62 %
結晶化温度: 293 K / pH: 3.5
詳細: 0.1M Citric Acid, 2M Ammonium Sulfate, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月9日
放射プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 20466 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 23.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.305 / Mean I/σ(I) obs: 4.68 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.4_115精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: SINGLE WAVELENGTH / 解像度: 2→29.68 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 1046 5.11 %
Rwork0.208 --
obs0.216 20464 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.28 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1427 Å20 Å20 Å2
2--0.0787 Å2-0 Å2
3---0.0641 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2446 0 40 91 2577
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012517
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3143415
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.228920
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093391
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006448
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.10610.27441540.23492663X-RAY DIFFRACTION98
2.1061-2.2380.23911470.2092733X-RAY DIFFRACTION100
2.238-2.41080.24011420.21082739X-RAY DIFFRACTION100
2.4108-2.65320.22251460.21882770X-RAY DIFFRACTION100
2.6532-3.03680.22111770.22432736X-RAY DIFFRACTION100
3.0368-3.82480.20591410.20612819X-RAY DIFFRACTION100
3.8248-29.68820.18661390.19082958X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.44320.20450.24490.74430.15210.7129-0.02550.0864-0.0575-0.05730.09660.0383-0.08440.04530.38080.0849-0.0134-0.00180.05470.01250.044-11.41826.01069.7558
20.37290.07330.26460.61870.17120.80050.0380.00760.04120.04-0.0111-0.06250.01060.045-0.00010.02010.00280.00590.05240.00760.0522-7.683918.454135.8929
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA0 - 216
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB7 - 217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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