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- PDB-3iax: The crystal structure of the TolB box of Colicin A in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iax
タイトルThe crystal structure of the TolB box of Colicin A in complex with TolB reveals important differences in the recruitment of the common TolB translocation portal used by group A colicins
要素
  • Colicin-A
  • Protein tolB
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Colicin A / TolB / TolB box / complex / Transport / Antibiotic / Antimicrobial / Bacteriocin / Cell membrane / Membrane / Transmembrane / Bacteriocin transport
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to bacteriocin / regulation of membrane invagination / cell septum assembly / bacteriocin transport / pore-forming activity / protein import / cell division site / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / defense response to Gram-negative bacterium ...cellular response to bacteriocin / regulation of membrane invagination / cell septum assembly / bacteriocin transport / pore-forming activity / protein import / cell division site / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / molecular adaptor activity / periplasmic space / protein domain specific binding / cell division / protein-containing complex binding / protein-containing complex / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Colicin-A N-terminal domain / TolB, N-terminal domain / TolB, N-terminal / Tol-Pal system protein TolB / TolB amino-terminal domain / Channel forming colicin, C-terminal cytotoxic / Channel forming colicin, C-terminal domain superfamily / Colicin pore forming domain / Channel forming colicins signature. / WD40-like beta propeller ...Colicin-A N-terminal domain / TolB, N-terminal domain / TolB, N-terminal / Tol-Pal system protein TolB / TolB amino-terminal domain / Channel forming colicin, C-terminal cytotoxic / Channel forming colicin, C-terminal domain superfamily / Colicin pore forming domain / Channel forming colicins signature. / WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / TolB, C-terminal domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / Neuraminidase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Colicin-A / Tol-Pal system protein TolB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Citrobacter freundii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Li, C.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2009
タイトル: The crystal structure of the TolB box of colicin A in complex with TolB reveals important differences in the recruitment of the common TolB translocation portal used by group A colicins.
著者: Zhang, Y. / Li, C. / Vankemmelbeke, M.N. / Bardelang, P. / Paoli, M. / Penfold, C.N. / James, R.
履歴
登録2009年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein tolB
B: Colicin-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1905
ポリマ－59,0352
非ポリマー1553
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area17070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.955, 40.174, 80.868
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein tolB


分子量: 47065.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b0740, JW5100, tolB, UTI89_C0736 / プラスミド: pET21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A855
#2: タンパク質 Colicin-A


分子量: 11969.923 Da / 分子数: 1 / Fragment: Translocation domain (UNP residues 1-107) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter freundii (バクテリア)
解説: The caa gene is present on a plasmid pColA that is transferable between strains of enterobacteriaceae including Citrobacter freundii and E. coli (Morton et al., 1983. EMBO J. 2(5): 787-789). ...解説: The caa gene is present on a plasmid pColA that is transferable between strains of enterobacteriaceae including Citrobacter freundii and E. coli (Morton et al., 1983. EMBO J. 2(5): 787-789). The pColA plasmid used in this study was isolated from a nalA derivative of the E. coli strain W3110 containing caa originally isolated from C. freundii.
遺伝子: caa, colA / プラスミド: pET21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04480

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非ポリマー , 4種, 65分子

#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.691347 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.276892 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 10000, 0.1 M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年5月18日 / 詳細: Mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 12220 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 1753 / Rsym value: 0.405 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1C5K

1c5k


解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / SU B: 23.351 / SU ML: 0.239 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.357 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25685 583 4.8 %RANDOM
Rwork0.19005 ---
all0.193 12220 --
obs0.19316 11636 97.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.571 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20.1 Å2
2--1.35 Å20 Å2
3----1.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3089 0 8 62 3159
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223189
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7741.9454343
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg14.4465413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.83624.276145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.75315474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2461521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1930.2463
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022517
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.21413
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.22148
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2154
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2540.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2310.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4681.52042
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.87123272
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.31531199
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0564.51069
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 44 -
Rwork0.254 811 -
obs-6446 94.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8511-0.1527-0.38741.76580.23631.8146-0.0112-0.25410.06480.14430.0752-0.2814-0.11170.546-0.06410.0567-0.0247-0.00640.1080.03350.0553-5.317.7627-20.6099
22.50180.94480.00542.6522-0.20751.6930.005-0.16370.26330.168-0.05780.0151-0.39660.15420.05280.098-0.0014-0.00930.01970.00190.0897-15.605921.3114-20.6448
31.6738-0.14740.16260.9206-0.61811.64550.0341-0.1163-0.08770.05450.03270.12390.0718-0.1822-0.06690.06040.00650.0060.0155-0.01690.019-37.57772.7266-10.1931
41.2865-0.4686-0.19232.691.47781.99830.0817-0.09680.0109-0.1683-0.15080.4094-0.1169-0.47940.0690.0254-0.0134-0.0160.1389-0.00360.0628-52.55092.0074-20.4509
52.62420.226-0.40411.78110.34982.33370.03130.1406-0.137-0.13880.00630.09030.1478-0.1471-0.03760.0716-0.01-0.02310.0475-0.00320.0047-40.1137-1.841-32.2029
62.7105-0.0023-0.26052.36691.54651.0968-0.0190.0525-0.25990.0438-0.0487-0.1210.22080.17870.06770.0723-0.00140.0090.01-0.01270.0414-24.7213-1.0787-26.9074
72.72150.495-0.12390.6669-0.50472.2107-0.0425-0.0937-0.07340.13040.0199-0.16150.16990.13130.02270.08270.00830.0111-0.0093-0.01490.0189-25.30381.9282-16.4942
83.4719-3.0793-2.71123.41554.60919.2173-0.51970.3126-0.63260.09620.3795-0.04660.9056-0.10320.14020.1953-0.0873-0.0060.10480.02150.1241-41.1206-11.237-19.4235
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A33 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2A116 - 167
3X-RAY DIFFRACTION3A168 - 259
4X-RAY DIFFRACTION4A260 - 283
5X-RAY DIFFRACTION5A284 - 362
6X-RAY DIFFRACTION6A363 - 411
7X-RAY DIFFRACTION7A412 - 430
8X-RAY DIFFRACTION8B10 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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