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万見
- PDB-3ia3: A cis-proline in alpha-hemoglobin stabilizing Protein directs the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ia3
タイトルA cis-proline in alpha-hemoglobin stabilizing Protein directs the structural reorganization of alpha-hemoglobin
要素
  • Alpha-hemoglobin-stabilizing protein
  • Hemoglobin subunit alpha
キーワードOXYGEN TRANSPORT / Hemoglobin / cis-proline / ahsp / stabilization / Chaperone / Cytoplasm / Polymorphism / Acetylation / Disease mutation / Glycation / Glycoprotein / Heme / Iron / Metal-binding / Phosphoprotein / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin metabolic process / nitric oxide transport / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / hemopoiesis / Scavenging of heme from plasma ...hemoglobin metabolic process / nitric oxide transport / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / hemopoiesis / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / erythrocyte differentiation / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Heme signaling / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / unfolded protein binding / protein folding / blood microparticle / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha-haemoglobin stabilising protein / AHSP superfamily / Alpha-haemoglobin stabilising protein / AHSP / : / Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. ...Alpha-haemoglobin stabilising protein / AHSP superfamily / Alpha-haemoglobin stabilising protein / AHSP / : / Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit alpha / Alpha-hemoglobin-stabilizing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Feng, L. / Jeffrey, P.D. / Shi, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: A cis-proline in alpha-hemoglobin stabilizing protein directs the structural reorganization of alpha-hemoglobin.
著者: Gell, D.A. / Feng, L. / Zhou, S. / Jeffrey, P.D. / Bendak, K. / Gow, A. / Weiss, M.J. / Shi, Y. / Mackay, J.P.
履歴
登録2009年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-hemoglobin-stabilizing protein
B: Hemoglobin subunit alpha
C: Alpha-hemoglobin-stabilizing protein
D: Hemoglobin subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7296
ポリマ－52,4964
非ポリマー1,2332
水00
1
A: Alpha-hemoglobin-stabilizing protein
D: Hemoglobin subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8643
ポリマ－26,2482
非ポリマー6161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area11900 Å2
手法PISA
2
B: Hemoglobin subunit alpha
C: Alpha-hemoglobin-stabilizing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8643
ポリマ－26,2482
非ポリマー6161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area11830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.230, 65.230, 439.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細Heterodimer of alpha-hemoglobin stabilizing protein and alpha-hemoglobin with heme, two copies in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Alpha-hemoglobin-stabilizing protein / Erythroid-associated factor / Erythroid differentiation-related factor


分子量: 10684.107 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AHSP, EDRF, ERAF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZD4
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Hemoglobin alpha chain / Alpha-globin


分子量: 15563.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBA1, HBA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69905
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 4% acetonitrile and 14.5% (w/v) PEG3000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 8764 / Num. obs: 8764 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.058
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rsym value: 0.453 / % possible all: 51.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→21.25 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 2259220.54 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 439 5.1 %RANDOM
Rwork0.23 ---
all0.242 8538 --
obs0.23 8538 84.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.8254 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 82.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.96 Å20 Å20 Å2
2---15.96 Å20 Å2
3---31.91 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→21.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3520 0 86 0 3606
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.063 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 37 4.2 %
Rwork0.287 852 -
obs--54.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5hem.paramhem.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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