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Yorodumi- PDB-3i8o: A domain of a functionally unknown protein from Methanocaldococcu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3i8o | ||||||
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Title | A domain of a functionally unknown protein from Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661. | ||||||
Components | KH domain-containing protein MJ1533 | ||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN / APC89320.5 / Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 / structural genomics / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / RNA-binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Methanocaldococcus jannaschii (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.638 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Chhor, G. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: A domain of a functionally unknown protein from Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661. Authors: Tan, K. / Chhor, G. / Cobb, G. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3i8o.cif.gz | 68.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3i8o.ent.gz | 54.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3i8o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/3i8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/3i8o | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | It is a monomer in solution. |
-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 16178.149 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: residues 27-165 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanocaldococcus jannaschii (archaea) Strain: DSM 2661 / Gene: Methanocaldococcus jannaschii / Plasmid: pMCSG19 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): pPK1037 / References: UniProt: Q58928 |
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-Non-polymers , 5 types, 12 molecules
#2: Chemical | ChemComp-CL / | ||||
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#3: Chemical | ChemComp-PEG / | ||||
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 0.14M CaCl2, 0.07M Sodium Acetate, 14%(v/v) Isopropanol and 30%(v/v)glycerol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9794 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 9, 2009 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 crystal / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.638→38.12 Å / Num. all: 5822 / Num. obs: 5822 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 22.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.65→2.71 Å / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.893 / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.638→38.116 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.89 / Phase error: 26.55 / Stereochemistry target values: ML / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.905 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.182 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.638→38.116 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection details: chain A resid 148:165 |