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万見
- PDB-3i7c: Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i7c
タイトルCalcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK1) in complex with bumped kinase inhibitor NA-PP2
要素Calmodulin-domain protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / protein kinase / calmodulin / EF hand / bumped kinase inhibitor / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Serine/threonine-protein kinase / Structural Genomics / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / MSGPP
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / phosphorylation / calcium ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BK2 / Calmodulin-domain protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Larson, E.T. / Merritt, E.A. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP)
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Toxoplasma gondii calcium-dependent protein kinase 1 is a target for selective kinase inhibitors.
著者: Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Keyloun, K.R. / Castaneda, L.J. / Derocher, A.E. / Inampudi, K.K. / Kim, J.E. / Arakaki, T.L. / Murphy, R.C. / Zhang, L. / Napuli, A.J. / Maly, D.J. / Verlinde, C.L. ...著者: Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Keyloun, K.R. / Castaneda, L.J. / Derocher, A.E. / Inampudi, K.K. / Kim, J.E. / Arakaki, T.L. / Murphy, R.C. / Zhang, L. / Napuli, A.J. / Maly, D.J. / Verlinde, C.L. / Buckner, F.S. / Parsons, M. / Hol, W.G. / Merritt, E.A. / Van Voorhis, W.C.
#1: ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2010
タイトル: Discovery of Potent and Selective Inhibitors of Calcium-Dependent Protein Kinase 1 (CDPK1) from C. parvum and T. gondii.
著者: Murphy, R.C. / Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Castellanos-Gonzalez, A. / Perera, B.G. / Keyloun, K.R. / Kim, J.E. / Bhandari, J.G. / Muller, N.R. / Verlinde, C.L. / White, A.C. / Merritt, E.A. / ...著者: Murphy, R.C. / Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Castellanos-Gonzalez, A. / Perera, B.G. / Keyloun, K.R. / Kim, J.E. / Bhandari, J.G. / Muller, N.R. / Verlinde, C.L. / White, A.C. / Merritt, E.A. / Van Voorhis, W.C. / Maly, D.J.
履歴
登録2009年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22014年11月12日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin-domain protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2952
ポリマ－55,9771
非ポリマー3171
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.139, 72.522, 67.116
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin-domain protein kinase 1


分子量: 55977.227 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 30-507 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: residues 1-29 were replaced with a 3C cleavable His-tag and linker during cloning; tag was cleaved prior to crystallization
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: CDPK1, TgCDPK1 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9BJF5, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-BK2 / 1-tert-butyl-3-naphthalen-2-yl-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine / 4-Amino-1-tert-butyl-3-(2-naphthyl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidine / 1-tert-ブチル-3-(2-ナフチル)-1H-ピラゾロ[3,4-d]ピリミジン-4-アミン


分子量: 317.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19N5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffusion / pH: 6.5
詳細: 26% PEG 3350, 0.25 M ammonium citrate, 4 mM NA-PP2; directly frozen from mother liquor, pH 6.5, sitting drop vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月20日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 30803 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 26.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 1.053 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.98→2.06 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.702 / Num. unique all: 2996 / Χ2: 1.088 / % possible all: 96.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 36.95 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å39.39 Å
Translation2.5 Å39.39 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMACrefmac_5.5.0096精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3I79

3i79


解像度: 1.98→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 10.487 / SU ML: 0.135 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES ARE RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 1556 5.1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.195 30780 98.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.37 Å2 / Biso mean: 26.071 Å2 / Biso min: 7.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20 Å20.24 Å2
2---0.62 Å20 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3712 0 24 170 3906
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223868
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022709
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9781.9775205
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7623.0016620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6595469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.76424.839186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.53715767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9231523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2573
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.38542311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3834948
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.33163741
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8561557
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.492101459
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.03 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 118 -
Rwork0.255 2060 -
all-2178 -
obs--95.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.295-1.64631.82344.9593-1.97984.3437-0.0865-0.10140.00540.33650.0005-0.2678-0.1220.12060.0860.08240.002-0.04110.1097-0.00950.132914.9113.27473.691
20.8368-0.2270.52421.2356-0.43072.2959-0.0008-0.02990.05690.0311-0.0283-0.06840.10460.0830.02910.07530.0054-0.00440.1165-0.00690.16168.48514.34259.092
31.6254-0.2188-0.14082.7760.48282.12040.04290.07040.0718-0.3051-0.0441-0.06070.00250.09780.00120.10540.0199-0.00880.130.00620.11025.47721.94441.085
40.67910.44141.52335.06356.05219.48330.02190.1394-0.19390.1856-0.0401-0.04770.44380.00410.01820.0852-0.03640.10680.1986-0.06180.300522.08722.53648.852
56.311-4.57577.36428.2666-7.062112.8717-0.3588-0.6129-0.18480.37970.7590.3511-0.8221-0.9157-0.40020.16630.13590.01230.14820.02540.063824.17632.1186.906
61.1772-1.46991.56711.9793-2.65986.42580.10470.1124-0.0291-0.0729-0.1649-0.03530.09490.44460.06020.10890.0251-0.07680.1211-0.01970.131431.85825.78481.877
75.6816-1.7858-1.05111.05230.9563.9919-0.0430.27870.20780.09150.04770.059-0.3040.0292-0.00470.08430.01380.00640.11780.00940.215330.19738.02653.113
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A43 - 84
2X-RAY DIFFRACTION2A85 - 210
3X-RAY DIFFRACTION3A211 - 312
4X-RAY DIFFRACTION4A313 - 353
5X-RAY DIFFRACTION5A354 - 394
6X-RAY DIFFRACTION6A395 - 441
7X-RAY DIFFRACTION7A442 - 507

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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