PDB-3i7b: Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i7b

タイトル

Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK1) in complex with bumped kinase inhibitor NM-PP1

要素

Calmodulin-domain protein kinase 1

キーワード

TRANSFERASE / protein kinase / calmodulin / EF hand / bumped kinase inhibitor / ATP-binding / kinase / nucleotide-binding / serine/threonine-protein kinase / Structural Genomics / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / MSGPP

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / phosphorylation / calcium ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.988 Å

データ登録者

Larson, E.T. / Merritt, E.A. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP)

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Toxoplasma gondii calcium-dependent protein kinase 1 is a target for selective kinase inhibitors.
著者: Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Keyloun, K.R. / Castaneda, L.J. / Derocher, A.E. / Inampudi, K.K. / Kim, J.E. / Arakaki, T.L. / Murphy, R.C. / Zhang, L. / Napuli, A.J. / Maly, D.J. / Verlinde, C.L. ...

履歴

登録	2009年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3i7b.cif.gz	112.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3i7b.ent.gz	85.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3i7b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3i7b_validation.pdf.gz	826.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3i7b_full_validation.pdf.gz	830.8 KB	表示
XML形式データ	3i7b_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	3i7b_validation.cif.gz	26.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/3i7b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/3i7b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3i79SC 3i7cC 3mwu 3n51 3ncg S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mx9-d 3sxf-d 3ku2-d 6bfa-d 4m84-d 1au7-d 4wg5-d 3umg-4 3nyv-d 3t3u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Calmodulin-domain protein kinase 1

ヘテロ分子

55.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.243, 72.851, 65.713
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.78, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Calmodulin-domain protein kinase 1 分子量: 55226.914 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 30-507 / 由来タイプ: 組換発現詳細: residues 1-29 were replaced with a 3C cleavable His-tag and linker during cloning; tag was cleaved prior to crystallization 由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: CDPK1, TgCDPK1 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9BJF5, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-BK1 / 1-(1-methylethyl)-3-(naphthalen-1-ylmethyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine / 4-Amino-1-iso-propyl-3-(1-naphthylmethyl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidine / NM-PP1 分子量: 317.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₉N₅
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.22 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffusion / pH: 6.5 詳細: 26% PEG 3350, 0.18 M ammonium citrate, 4 mM NM-PP1; cryoprotected with 10% ethylene glycol, pH 6.5, sitting drop vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月20日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.988→50 Å / Num. obs: 30350 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 29.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.065 / Χ²: 1.039 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 1.988→2.06 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.741 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 2975 / Χ²: 1.07 / % possible all: 98.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 45.21 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	35.72 Å
Translation	2.5 Å	35.72 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC	refmac_5.5.0096	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3I79

3i79

解像度: 1.988→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 9.825 / SU ML: 0.128 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES ARE RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	1536	5.1 %	RANDOM
R_work	0.192	-	-	-
obs	0.194	30333	99.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 62.84 Å² / B_iso mean: 19.845 Å² / B_iso min: 3.93 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.34 Å²	0 Å²	0.78 Å²
2-	-	0.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.988→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3694	0	40	127	3861

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	3850
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2699
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.878	1.98	5177
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.749	3.001	6581
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.557	5	472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.84	24.754	183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.534	15	753
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.445	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	570
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4216
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	758
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.985	4	2301
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.245	4	945
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.724	6	3723
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.054	6	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.245	10	1446

LS精密化シェル

解像度: 1.988→2.04 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	105	-
R_work	0.251	2063	-
all	-	2168	-
obs	-	-	97.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4326	-0.8965	1.0109	2.0606	-1.699	5.9522	-0.0688	-0.0396	0.123	0.2363	-0.0823	-0.071	-0.334	0.1761	0.1511	0.2829	-0.0106	-0.0217	0.275	0.0188	0.2901	19.202	15.477	73.654
2	1.002	-0.0582	-0.1445	1.0693	-0.8096	3.4397	0.0197	-0.0967	-0.0739	0.0661	-0.0213	0.0325	-0.0119	-0.0558	0.0016	0.2493	0.0357	-0.0049	0.2263	-0.0048	0.2806	14.806	13.078	60.359
3	2.7406	-0.6998	0.4292	2.4496	-0.8421	2.4099	0.0297	-0.0853	0.0887	0.1426	-0.0407	-0.1023	-0.0661	0.0756	0.011	0.268	-0.0019	-0.0047	0.2555	0.013	0.2746	13.724	16.58	55.635
4	1.6611	-0.3244	0.0447	1.711	0.103	1.7294	0.0216	0.1664	-0.0433	-0.2757	-0.0356	0.0293	0.1415	0.1818	0.014	0.2706	0.0255	-0.0224	0.3013	-0.0047	0.2675	12.803	20.445	40.044
5	1.9386	-0.0421	1.1418	4.0856	3.9888	9.2916	-0.1423	-0.0057	-0.0394	0.2921	-0.0894	0.1205	0.1244	-0.0244	0.2317	0.2149	0.013	0.0143	0.3825	0.0256	0.3244	29.596	29.213	54.704
6	8.5931	-3.5865	0.4622	7.3621	0.2114	5.6857	0.1568	0.0256	0.0717	0.3938	-0.3742	0.0359	-0.1667	-0.6723	0.2174	0.3086	-0.0158	0.0346	0.2318	-0.0557	0.1259	36.356	34.135	89.917
7	23.4802	24.6361	19.0965	29.5392	12.3376	3.9021	-0.4357	0.7106	-0.0473	-2.0873	0.5817	1.7768	-0.7406	0.636	-0.146	0.2676	-0.0295	-0.1056	0.8174	-0.3987	0.857	26.435	27.867	81.979
8	6.7771	-4.5859	-4.089	4.1222	2.0597	5.8358	0.4125	0.9932	-0.4917	-0.362	-0.7896	0.2539	-0.0729	-0.2673	0.3771	0.2638	0.0584	-0.0454	0.3804	-0.1035	0.192	42.895	27.522	82.908
9	4.6303	-2.0727	-1.5965	4.4722	1.2633	2.7877	-0.2108	-0.1022	-0.1788	0.2982	0.1895	0.1001	0.1826	-0.0349	0.0213	0.1834	0.0186	-0.0478	0.3055	0.0107	0.2663	34.851	32.558	53.203
10	2.8889	0.6972	0.8495	2.7076	-1.2112	4.1213	-0.0488	-0.0275	0.2894	-0.0207	0.0781	-0.0318	-0.3923	0.0064	-0.0293	0.2261	0.0292	-0.0329	0.2429	-0.0025	0.3198	36.807	44.108	55.091

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	46 - 88
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	89 - 155
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	156 - 213
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	214 - 323
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	324 - 355
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	356 - 382
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	383 - 397
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	401 - 435
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	436 - 474
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	475 - 507

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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