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- PDB-3i6d: Crystal structure of PPO from bacillus subtilis with AF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i6d
タイトルCrystal structure of PPO from bacillus subtilis with AF
要素Protoporphyrinogen oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Protein-inhibitor complex / FAD / Flavoprotein / Porphyrin biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


coproporphyrinogen III oxidase (coproporphyrin-forming) / oxygen-dependent protoporphyrinogen oxidase activity / heme biosynthetic process / oxidoreductase activity / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
protoporphyrinogen ix oxidase, domain 3 / protoporphyrinogen ix oxidase, domain 3 / Protoporphyrinogen oxidase, mitochondrial; domain 2 / Protoporphyrinogen oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich ...protoporphyrinogen ix oxidase, domain 3 / protoporphyrinogen ix oxidase, domain 3 / Protoporphyrinogen oxidase, mitochondrial; domain 2 / Protoporphyrinogen oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ACJ / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Coproporphyrinogen III oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / molecular replacement combined with SAD / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Shen, Y.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural insight into unique properties of protoporphyrinogen oxidase from Bacillus subtilis
著者: Qin, X. / Sun, L. / Wen, X. / Yang, X. / Tan, Y. / Jin, H. / Cao, Q. / Zhou, W. / Xi, Z. / Shen, Y.
履歴
登録2009年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月19日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protoporphyrinogen oxidase
B: Protoporphyrinogen oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,0248
ポリマ－102,5402
非ポリマー2,4846
水19811
1
A: Protoporphyrinogen oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5124
ポリマ－51,2701
非ポリマー1,2423
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protoporphyrinogen oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5124
ポリマ－51,2701
非ポリマー1,2423
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.175, 96.175, 299.823
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Protoporphyrinogen oxidase / PPO / protoporphyrinogen IX oxidase


分子量: 51269.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32397, protoporphyrinogen oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACJ / 5-[2-CHLORO-4-(TRIFLUOROMETHYL)PHENOXY]-2-NITROBENZOIC ACID


分子量: 361.657 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H7ClF3NO5
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ammonium phosphate dibasic, Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL17U10.9796
シンクロトロンBSRF 3W1A20.9791
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2009年5月27日
MAR CCD 130 mm2CCD2009年1月3日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GraphiteSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2GraphiteSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
20.97911
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 35093 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 1.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 25.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.533 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Num. unique all: 3003 / % possible all: 85.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: molecular replacement combined with SAD
解像度: 2.9→29.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 94037.84 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 1513 4.9 %RANDOM
Rwork0.272 ---
obs0.272 30881 95.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.5353 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 77.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.71 Å20 Å20 Å2
2--4.71 Å20 Å2
3----9.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.46 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.63 Å0.57 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6350 0 164 11 6525
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.13
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.11.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.992
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.252
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.072.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 227 4.9 %
Rwork0.381 4363 -
obs--87.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3fad.paramfad.top
X-RAY DIFFRACTION4acj.paramacj.top
X-RAY DIFFRACTION5po4.parampo4.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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