PDB-3i6a: Human GST A1-1 GIMF mutant with Glutathione

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i6a

タイトル

Human GST A1-1 GIMF mutant with Glutathione

要素

Glutathione S-transferase A1

キーワード

TRANSFERASE / human GST A1-1 / enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位 / glutathione derivative biosynthetic process / linoleic acid metabolic process / steroid Delta-isomerase activity / Glutathione conjugation / glutathione peroxidase activity / Azathioprine ADME / Heme degradation / prostaglandin metabolic process / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Balogh, L.M. / Le Trong, I. / Stenkamp, R.E. / Atkins, W.M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structural analysis of a glutathione transferase A1-1 mutant tailored for high catalytic efficiency with toxic alkenals.
著者: Balogh, L.M. / Le Trong, I. / Kripps, K.A. / Tars, K. / Stenkamp, R.E. / Mannervik, B. / Atkins, W.M.

履歴

登録	2009年7月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2011年12月21日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3i6a.cif.gz	363.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3i6a.ent.gz	301 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3i6a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3i6a_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3i6a_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	3i6a_validation.xml.gz	65.4 KB	表示
CIF形式データ	3i6a_validation.cif.gz	89.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/3i6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/3i6a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3i69C 1k3yS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1guh-1 5jcu-2 2r3x-d 6yaw-d 2wju-4 3i69-2 6ato-d 2r6k-d 1usb-d 1gsf-2 1pl1-d 3i69-4 5jcu-1 1pkw-d 6atp-d 2wju-2 2vct-2 1guh-2 1pl2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (12) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (11) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutathione S-transferase A1

B: Glutathione S-transferase A1

C: Glutathione S-transferase A1

D: Glutathione S-transferase A1

E: Glutathione S-transferase A1

F: Glutathione S-transferase A1

G: Glutathione S-transferase A1

H: Glutathione S-transferase A1

ヘテロ分子

208 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Glutathione S-transferase A1

B: Glutathione S-transferase A1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Glutathione S-transferase A1

D: Glutathione S-transferase A1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Glutathione S-transferase A1

F: Glutathione S-transferase A1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Glutathione S-transferase A1

H: Glutathione S-transferase A1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	96.777, 114.668, 97.743
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.89, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	2 - 222
2	1	1	4	B	2 - 222
3	1	1	4	C	2 - 222
4	1	1	4	D	2 - 222
5	1	1	4	E	2 - 222
6	1	1	4	F	2 - 222
7	1	1	4	G	2 - 222
8	1	1	4	H	2 - 222

#1: タンパク質	Glutathione S-transferase A1 / GTH1 / HA subunit 1 / GST-epsilon / GSTA1-1 / GST class-alpha member 1 分子量: 25703.109 Da / 分子数: 8 変異: A12G, L107I, L108M, V111F, M208P, K211I, S212Y, L213V, E214R, E215T, A216V, R217Y, K218N, F222P 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSTA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08263, glutathione transferase
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 553 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 18% PEG 4000, 0.1 M Tric-Cl, 10 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年10月15日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→50 Å / Num. all: 128626 / Num. obs: 128626 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 1.98→2.05 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 10847 / % possible all: 83.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
BALBES		位相決定
REFMAC	5.5.0047	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1K3Y

1k3y

解像度: 1.98→47.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 10.99 / SU ML: 0.144 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.244	6494	5 %	RANDOM
R_work	0.206	-	-	-
obs	0.206	122101	97.73 %	-
all	-	122101	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.272 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.35 Å²	0 Å²	0.66 Å²
2-	-	-0.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→47.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14252	0	160	553	14965

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	14736
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	10555
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.47	2.01	19842
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.933	3	25798
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.779	5	1744
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.659	23.956	642
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.302	15	2804
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.201	15	89
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	2163
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	15873
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2908
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.264	2.5	8772
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.59	2.5	3479
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.913	3.75	14205
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.288	4	5964
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.206	6	5637

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3031 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	medium positional	0.49	0.5
B	medium positional	0.45	0.5
C	medium positional	0.42	0.5
D	medium positional	0.46	0.5
E	medium positional	0.39	0.5
F	medium positional	0.49	0.5
G	medium positional	0.39	0.5
H	medium positional	0.39	0.5
A	medium thermal	1.18	2
B	medium thermal	1.04	2
C	medium thermal	0.98	2
D	medium thermal	0.97	2
E	medium thermal	0.96	2
F	medium thermal	1	2
G	medium thermal	0.92	2
H	medium thermal	0.86	2

LS精密化シェル

解像度: 1.977→2.028 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	366	-
R_work	0.281	7180	-
obs	-	-	78.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3689	-0.0177	-0.212	0.5965	0.0942	0.7659	-0.0128	-0.0111	-0.031	0.0986	-0.0077	0.0072	0.1034	0.0151	0.0205	0.0837	0.0017	0.0464	0.0006	0.002	0.0373	-20.954	-12.513	42.19
2	0.352	-0.0556	0.2931	0.8469	0.1771	1.4763	0.0016	-0.019	0.0084	0.0182	-0.0217	-0.0147	-0.1325	-0.1051	0.0201	0.0654	0.0113	0.0362	0.0077	0.0005	0.0309	-21.383	12.539	42.188
3	0.7453	0.3722	-0.7219	0.8564	-0.0515	1.2276	0.0575	-0.0456	0.0912	-0.0263	0.0296	0.0014	-0.1178	0.0873	-0.0871	0.0912	0.0019	0.052	0.0095	-0.0016	0.0392	-45.785	3.231	84.551
4	0.7141	0.2544	-0.38	0.6589	-0.1576	0.7487	-0.1023	-0.0478	-0.1271	-0.0945	0.0144	-0.0848	0.1154	0.0521	0.0879	0.1015	0.0146	0.0664	0.0072	0.0118	0.0498	-46.521	-21.793	84.408
5	1.0306	0.5126	-0.0886	1.8256	-0.1202	0.5174	-0.0064	-0.1063	-0.0753	0.101	-0.0065	-0.002	0.0636	-0.0451	0.0129	0.1162	-0.0035	0.0476	0.0186	0.014	0.0665	24.154	-35.313	42.386
6	0.7781	0.2653	-0.1921	1.348	-0.0499	0.6122	-0.019	-0.0626	0.0742	0.0028	0.0108	0.173	-0.0504	-0.033	0.0081	0.0784	0.012	0.0354	0.0124	0.0046	0.0647	24.612	-10.297	40.619
7	0.5151	0.1447	-0.3596	0.7059	-0.0396	1.0831	0.0037	-0.0006	-0.0946	0.0788	-0.0145	-0.1483	0.1296	-0.0303	0.0108	0.069	-0.0092	0.013	0.0016	0.0018	0.0712	50.421	-55.24	-1.881
8	0.8562	0.3364	0.027	2.2032	0.4518	0.9183	0.0303	-0.088	0.0991	0.157	-0.0758	0.0902	-0.1825	-0.0914	0.0456	0.1077	0.0148	0.0519	0.0177	-0.0137	0.0863	49.926	-30.33	0.979

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 220
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 222
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 220
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 220
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 220
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 220
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 220
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 220

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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