ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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DENZO | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | COMO | 1.2 | 位相決定 | | CNS | 1.1 | 精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.005 | データ抽出 | | HKL-3000 | | データ収集 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→33.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.882 / Data cutoff high absF: 1232268 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.214 | 3060 | 10.2 % | RANDOM |
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Rwork | 0.199 | - | - | - |
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obs | - | 30051 | 95.5 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.434 Å2 / ksol: 0.423 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 71.21 Å2 / Biso mean: 13.695 Å2 / Biso min: 4.89 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.26 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0.26 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.52 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.19 Å | 0.17 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.12 Å | 0.07 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→33.79 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1564 | 61 | 11 | 148 | 1784 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.005 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.3 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d24.7 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.92 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.11 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.74 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it1.86 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it2.62 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.251 | 460 | 9.8 % |
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Rwork | 0.216 | 4229 | - |
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all | - | 4689 | - |
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obs | - | - | 89.6 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | dna-rna_rep.param_by | water.topX-RAY DIFFRACTION | 3 | water_rep.paramdna-rna.top_by | X-RAY DIFFRACTION | 4 | ion.paramion.topX-RAY DIFFRACTION | 5 | akg.parakg.top | | | | | | | |
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