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- PDB-3i3f: Hypothetical protein from Giardia lamblia GL50803_14299 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i3f
タイトルHypothetical protein from Giardia lamblia GL50803_14299
要素Hypothetical protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / hypothetical / structural genomics / NIAID / deCODE / infectious disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


: / deaminase activity / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like / RutC-like superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
butanoic acid / PENTANOIC ACID / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Giardia lamblia (ランブル鞭毛虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Hypothetical protein from Giardia lamblia GL50803_14299
著者: Arakaki, T.L. / Abendroth, J. / Staker, B.L.
履歴
登録2009年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein
C: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9966
ポリマ－46,7043
非ポリマー2923
水7,981443
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7180 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area14500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.900, 119.900, 104.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-262-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein


分子量: 15567.940 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Giardia lamblia (ランブル鞭毛虫)
株: ATCC 50803 / 遺伝子: GL50803_14299 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8BD71
#2: 化合物 ChemComp-LEA / PENTANOIC ACID / VALERIC ACID / 吉草酸


分子量: 102.132 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O2
#3: 化合物 ChemComp-BUA / BUTANOIC ACID / 酪酸


分子量: 88.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細AUTHOR STATE THA THESE GROUPS WERE MODELED IN RESIDUAL ELECTRON DENSITY BASED UPON THE BEST BIT, ...AUTHOR STATE THA THESE GROUPS WERE MODELED IN RESIDUAL ELECTRON DENSITY BASED UPON THE BEST BIT, BUT THE EXACT IDENTITY OF THE LIGANDS MAY NOT BE CORRECT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.87 %
結晶化温度: 290 K / 手法: シッティングドロップ法, 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM Tris, pH 5.5, 25% PEG 3350, 200 mM ammonium acetate, sitting drop, vapor diffusion, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC Quantum-315R CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→39.41 Å / Num. all: 82643 / Num. obs: 82643 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.35-1.424.80.5221.455749116010.52296.6
1.42-1.516.50.367273335113580.367100
1.51-1.616.50.2383.169392106970.238100
1.61-1.746.50.1654.56513899840.165100
1.74-1.916.50.1225.16037492180.122100
1.91-2.136.60.08675465583400.086100
2.13-2.466.60.0827.34865274030.082100
2.46-3.026.60.05910.14152963150.059100
3.02-4.276.50.04812.13210749280.048100
4.27-39.416.20.02722.11726627990.02798.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.54 Å39.41 Å
Translation1.54 Å39.41 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.35→37.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.201 / WRfactor Rwork: 0.187 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.89 / SU B: 0.872 / SU ML: 0.036 / SU R Cruickshank DPI: 0.056 / SU Rfree: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 4134 5 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.177 82626 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.86 Å2 / Biso mean: 14.501 Å2 / Biso min: 7.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→37.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2971 0 20 443 3434
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0223127
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022080
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8931.9744265
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.72635103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3315416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.1524.452146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.79615529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6251524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2505
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023553
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02627
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3181.51968
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0431.5802
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.59923211
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.72431159
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2244.51038
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 260 -
Rwork0.255 5432 -
all-5692 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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