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- PDB-3i2m: The Crystal Structure of PF-8, the DNA Polymerase Accessory Subun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i2m
タイトルThe Crystal Structure of PF-8, the DNA Polymerase Accessory Subunit from Kaposi s Sarcoma-Associated Herpesvirus
要素ORF59
キーワードREPLICATION / processivity
機能・相同性DNA polymerase processivity factor, herpesviridae / Herpes DNA replication accessory factor / Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Alpha Beta / Core gene UL42 family protein
機能・相同性情報
生物種Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Baltz, J.L. / Filman, D.J. / Ciustea, M. / Silverman, J.E.Y. / Lautenschlager, C.L. / Coen, D.M. / Ricciardi, R.P. / Hogle, J.M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2009
タイトル: The crystal structure of PF-8, the DNA polymerase accessory subunit from Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus.
著者: Baltz, J.L. / Filman, D.J. / Ciustea, M. / Silverman, J.E. / Lautenschlager, C.L. / Coen, D.M. / Ricciardi, R.P. / Hogle, J.M.
履歴
登録2009年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: ORF59


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4151
ポリマ－33,4151
非ポリマー00
水00
1
X: ORF59

X: ORF59


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8292
ポリマ－66,8292
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_546x,x-y-1,-z+7/61
Buried area1570 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area25700 Å2
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.300, 58.300, 386.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 ORF59


分子量: 33414.641 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-304 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q77ZG5
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 18% PEG 3350, 100 mM Tris HCl pH 8.2, 0.2 M lithium chloride, and 20 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 10612 / Num. obs: 10103 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 18.012
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 0.049 % / Rmerge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.492 / % possible all: 62.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0093精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.81→29.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 36.824 / SU ML: 0.324 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.284 / ESU R Free: 0.391
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28131 465 4.8 %RANDOM
Rwork0.25169 ---
obs0.25311 9267 96.33 %-
all-10103 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.66 Å21.33 Å20 Å2
2--2.66 Å20 Å2
3----3.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→29.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2145 0 0 0 2145
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222183
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8391.9522964
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.65286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg21.99623.07778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.09315358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.761513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.0211587
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.76421415
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4842282
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4424768
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5226682
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.81→2.956 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.434 49 -
Rwork0.363 823 -
obs-823 86.85 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.7329 Å / Origin y: -14.1581 Å / Origin z: 203.4016 Å
111213212223313233
T0.251 Å20.0206 Å20.0437 Å2-0.122 Å2-0.065 Å2--0.2145 Å2
L5.6048 °23.0278 °24.2485 °2-2.512 °22.9444 °2--5.6879 °2
S-0.1454 Å °0.3427 Å °0.2023 Å °-0.2688 Å °-0.077 Å °0.1615 Å °-0.2708 Å °0.1206 Å °0.2225 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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