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- PDB-3i1f: Gamma-subunit of the translation initiation factor 2 from S. solf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i1f
タイトルGamma-subunit of the translation initiation factor 2 from S. solfataricus in complex with Gpp(CH2)p
要素Translation initiation factor 2 subunit gamma
キーワードTRANSLATION / aIF2 / Initiation factor 2 gamma subunit / Initiation of the translation / nucleotide binding / GDPCP / mRNA binding / GTP-binding / Initiation factor / Nucleotide-binding / Protein biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


formation of translation preinitiation complex / protein-synthesizing GTPase / translation elongation factor activity / translation initiation factor activity / tRNA binding / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor 2, gamma subunit / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 ...Translation initiation factor 2, gamma subunit / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / PHOSPHATE ION / Translation initiation factor 2 subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Stolboushkina, E.A. / Nikonov, S.V. / Nikulin, A.D. / Blaesi, U. / Garber, M.B. / Nikonov, O.S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 5-prime-triphosphate end of mRNA recognizes the second GTP-binding site on the gamma-subunit of the archaeal translation initiation factor 2
著者: Stolboushkina, E.A. / Nikonov, S.V. / Nikulin, A.D. / Blaesi, U. / Garber, M.B. / Nikonov, O.S.
履歴
登録2009年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor 2 subunit gamma
B: Translation initiation factor 2 subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,1218
ポリマ－91,6982
非ポリマー1,4226
水6,431357
1
A: Translation initiation factor 2 subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5604
ポリマ－45,8491
非ポリマー7113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Translation initiation factor 2 subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5604
ポリマ－45,8491
非ポリマー7113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.770, 95.770, 165.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質 Translation initiation factor 2 subunit gamma / eIF-2-gamma / aIF2-gamma


分子量: 45849.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: eif2g / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(de3) / 参照: UniProt: Q980A5
#2: 化合物 ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸


分子量: 521.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.2 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 15% natrium malonate dihydrate, 50mM glycine, 3mM CdCl2 at the protein/nucleotide molar ratio 1/10. For cryoprotection ethylene glycol was added to the reservoir solution at the final ...詳細: 15% natrium malonate dihydrate, 50mM glycine, 3mM CdCl2 at the protein/nucleotide molar ratio 1/10. For cryoprotection ethylene glycol was added to the reservoir solution at the final concentration of 15% (v/v), pH4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 203.3 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.8148 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8148 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→19.4 Å / Num. all: 58626 / Num. obs: 57747 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.83 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 7.73
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 2.78 % / Rmerge(I) obs: 0.531 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 6449 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PMD

2pmd


解像度: 2.5→19.4 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2661 2908 5.04 %RANDOM
Rwork0.2261 ---
obs0.2281 57741 98.69 %-
all-58619 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 118.052 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6426 0 84 357 6867
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-2.54310.29761460.29722768X-RAY DIFFRACTION94
2.5431-2.58920.29211460.3012765X-RAY DIFFRACTION94
2.5892-2.63880.32621430.29492718X-RAY DIFFRACTION94
2.6388-2.69250.30781440.29822744X-RAY DIFFRACTION94
2.6925-2.75090.28061460.29282764X-RAY DIFFRACTION94
2.7509-2.81470.35181450.28832762X-RAY DIFFRACTION94
2.8147-2.88480.33551440.28282738X-RAY DIFFRACTION94
2.8848-2.96250.29351450.27782750X-RAY DIFFRACTION94
2.9625-3.04930.32091430.26932730X-RAY DIFFRACTION94
3.0493-3.14720.30981450.26912747X-RAY DIFFRACTION94
3.1472-3.25910.27011450.26732758X-RAY DIFFRACTION94
3.2591-3.38880.28581470.25372792X-RAY DIFFRACTION94
3.3888-3.5420.27131450.23652760X-RAY DIFFRACTION95
3.542-3.72730.36971430.29132701X-RAY DIFFRACTION93
3.7273-3.95860.29781440.23252737X-RAY DIFFRACTION93
3.9586-4.26070.25921450.22192757X-RAY DIFFRACTION94
4.2607-4.6830.18371430.1642726X-RAY DIFFRACTION94
4.683-5.34590.21331460.16562777X-RAY DIFFRACTION94
5.3459-6.68080.28061440.18612738X-RAY DIFFRACTION94
6.6808-18.34830.16761380.14292603X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4445-0.22440.00020.8397-0.3751.54830.128-0.0429-0.0656-0.0103-0.28740.0927-0.7568-0.18730.15540.78820.0336-0.0361.2558-0.04470.430646.5586-32.1053-2.4265
20.3347-0.0988-0.05620.0519-0.05241.7723-0.13240.3770.02010.27340.0362-0.00710.0208-0.06090.08090.80310.071-0.01620.9470.02250.6064.5543-56.459214.2712
30.6555-0.4645-0.51790.35130.3940.4726-0.0645-0.05250.0413-0.0026-0.00470.0004-0.0661-0.0640.05962.53280.2585-0.23972.4509-0.13152.34712.5621-44.683234.9194
41.2199-0.18140.54780.1362-0.01180.4374-0.0226-0.019-0.0168-0.0112-0.06940.07110.003-0.09320.08922.42410.1950.00553.014-0.42672.540338.2209-49.9325-5.7449
50.64650.5687-0.14332.77191.36871.2778-1.22960.7929-1.68740.30070.18350.19220.3877-0.35810.96570.70690.58190.18780.53520.34490.685622.1877-50.80934.4547
60.3218-0.14150.06230.26980.26330.4309-0.22630.4197-0.2359-0.03330.1830.009-0.3908-0.29930.01911.22520.06450.05041.9387-0.13261.023832.2696-42.1513-8.7862
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A 2-415A2 - 415
2X-RAY DIFFRACTION2chain B 2-415B2 - 415
3X-RAY DIFFRACTION3chain B 1B1
4X-RAY DIFFRACTION4chain A 1A1
5X-RAY DIFFRACTION5chain A 416, chain B 416, 417
6X-RAY DIFFRACTION6chain A 417, 418, chain B 418, 419

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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