PDB-3i15: Cobalt-substituted metallo-beta-lactamase from Bacillus cereus: r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i15

タイトル

Cobalt-substituted metallo-beta-lactamase from Bacillus cereus: residue Cys168 fully oxidized

要素

Beta-lactamase 2

キーワード

HYDROLASE / Antibiotic resistance / Metallo-beta-lactamase superfamily / Zn-dependent hydrolase / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Gonzalez, J.M. / Buschiazzo, A. / Vila, A.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Evidence of adaptability in metal coordination geometry and active-site loop conformation among B1 metallo-beta-lactamases .
著者: Gonzalez, J.M. / Buschiazzo, A. / Vila, A.J.

履歴

登録	2009年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3i15.cif.gz	64 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3i15.ent.gz	45.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3i15.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3i15_validation.pdf.gz	430.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3i15_full_validation.pdf.gz	432.6 KB	表示
XML形式データ	3i15_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	3i15_validation.cif.gz	21.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/3i15 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/3i15	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3i0vC 3i11C 3i13C 3i14C 1bc2 1bvt C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3i11-d 6t5l-2 6f2n-d 1bmc-d 2nze-1 1olq-1 2bga-1 1oa2-4 4wd6-2 5gm5-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactamase 2

ヘテロ分子

25.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.188, 61.822, 69.521
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.240, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Beta-lactamase 2 / Beta-lactamase II / Penicillinase / Cephalosporinase 分子量: 25043.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: 569/H/9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P04190, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 0.1 M Sodium cacodylate, 0.1 M Sodium tartrate, 18% PEG 3350, 40 mM CoSO4, 1 mM DTT, pH 5.8, Vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年10月15日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: multilayer mirrors (Varimax-HF) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.549→40.291 Å / Num. obs: 30132 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.049 / R_sym value: 0.049 / Net I/σ(I): 9.129

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.54-1.63	3.2	0.363	2.1	11867	3764	0.363	77.8
1.63-1.72	3.2	0.243	3.1	13031	4055	0.243	89.9
1.72-1.84	3.2	0.144	5.2	12565	3907	0.144	90.9
1.84-1.99	3.2	0.08	9.3	11669	3631	0.08	92.1
1.99-2.18	3.2	0.051	13.8	10965	3419	0.051	93.6
2.18-2.44	3.2	0.04	16.5	10094	3155	0.04	94.9
2.44-2.82	4.2	0.063	9.4	11700	2819	0.063	95.9
2.82-3.45	5.2	0.051	12.5	12452	2414	0.051	97.1
3.45-4.88	4.6	0.036	19.3	8711	1892	0.036	98.2
4.88-40.3	4.1	0.039	12.6	4369	1076	0.039	99

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.25	データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→40.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / WR_factor R_free: 0.191 / WR_factor R_work: 0.153 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.903 / SU B: 2.883 / SU ML: 0.047 / SU R Cruickshank DPI: 0.075 / SU R_free: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.186	1524	5.1 %	RANDOM
R_work	0.151	-	-	-
obs	0.153	30132	92.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 62.59 Å² / B_iso mean: 18.112 Å² / B_iso min: 2.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.22 Å²	0 Å²	-0.58 Å²
2-	-	1.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→40.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1647	0	1	266	1914

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	1745
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.784	1.958	2380
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.619	3	2819
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.696	5	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.208	25.946	74
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.162	15	318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.153	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.128	0.2	283
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1933
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	308
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.096	1.5	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.316	1.5	454
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.883	2	1780
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.868	3	647
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.577	4.5	594
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	11.234	3	1

LS精密化シェル

解像度: 1.55→1.591 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	104	-
R_work	0.293	1848	-
all	-	1952	-
obs	-	-	82.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 8.4727 Å / Origin y: -0.8815 Å / Origin z: 18.2199 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0239 Å²	-0.0013 Å²	0.0127 Å²	-	0.0272 Å²	-0.0007 Å²	-	-	0.0506 Å²
L	0.9729 °²	-0.2436 °²	0.8672 °²	-	0.4914 °²	-0.1338 °²	-	-	2.923 °²
S	-0.0385 Å °	0.1091 Å °	0.0062 Å °	-0.0299 Å °	-0.0436 Å °	-0.023 Å °	-0.0324 Å °	0.2568 Å °	0.0821 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 31
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	39 - 227

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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