PDB-3i04: Cyanide-bound structure of bifunctional carbon monoxide dehydroge...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i04

タイトル

Cyanide-bound structure of bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase from Moorella thermoacetica, cyanide-bound C-cluster

要素

(Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE/TRANSFERASE / protein-protein complex / Carbon dioxide fixation / Electron transport / Iron / Iron-sulfur / Metal-binding / Nickel / Oxidoreductase / Transport / Transferase / OXIDOREDUCTASE-TRANSFERASE COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

CO-methylating acetyl-CoA synthase / CO-methylating acetyl-CoA synthase activity / anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / : / acetyl-CoA metabolic process / hydroxylamine reductase activity / carbon fixation / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy ...
類似検索 - 分子機能

Carbon monoxide dehydrogenase alpha subunit. Chain M, domain 1 / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 3 / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 3 / Carbon monoxide dehydrogenase alpha subunit. Chain D, domain 4 / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 5 / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 5 / Ribonuclease HI; Chain A / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit , C-terminal / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase, domain 3 superfamily ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Moorella thermoacetica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Rigid body refinement from previously solved structure / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Kung, Y. / Doukov, T.I. / Drennan, C.L.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Crystallographic snapshots of cyanide- and water-bound C-clusters from bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase.
著者: Kung, Y. / Doukov, T.I. / Seravalli, J. / Ragsdale, S.W. / Drennan, C.L.

履歴

登録	2009年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3i04.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3i04.ent.gz	906.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3i04.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/3i04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/3i04	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3i01C 1mjgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2z8y-2 6x5k-1 3i01-1 3i01-2 2z8y-1 1mjg-2 1mjg-1 6x5k-2 1oao-d 3425 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta

B: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta

C: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta

D: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta

M: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha

N: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha

O: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha

P: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha

ヘテロ分子

625 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta

B: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta

M: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha

N: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
312 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta

D: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta

O: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha

P: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
312 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.830, 136.768, 141.611
Angle α, β, γ (deg.)	101.23, 109.18, 103.87
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	M
2	2	N
3	2	O
4	2	P
1	3	M
2	3	N
3	3	O
4	3	P

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PRO	PRO	ARG	ARG	5	A	A	2 - 530	1 - 529
2	1	1	PRO	PRO	ARG	ARG	5	B	B	2 - 530	1 - 529
3	1	1	PRO	PRO	ARG	ARG	5	C	C	2 - 530	1 - 529
4	1	1	PRO	PRO	ARG	ARG	5	D	D	2 - 530	1 - 529
1	2	1	GLY	GLY	TYR	TYR	5	A	A	540 - 674	539 - 673
2	2	1	GLY	GLY	TYR	TYR	5	B	B	540 - 674	539 - 673
3	2	1	GLY	GLY	TYR	TYR	5	C	C	540 - 674	539 - 673
4	2	1	GLY	GLY	TYR	TYR	5	D	D	540 - 674	539 - 673
1	1	2	THR	THR	LYS	LYS	5	M	E	2 - 312	1 - 311
2	1	2	THR	THR	LYS	LYS	5	N	F	2 - 312	1 - 311
3	1	2	THR	THR	LYS	LYS	5	O	G	2 - 312	1 - 311
4	1	2	THR	THR	LYS	LYS	5	P	H	2 - 312	1 - 311
1	1	3	LEU	LEU	VAL	VAL	6	M	E	320 - 480	319 - 479
2	1	3	LEU	LEU	VAL	VAL	6	N	F	320 - 480	319 - 479
3	1	3	LEU	LEU	VAL	VAL	6	O	G	320 - 480	319 - 479
4	1	3	LEU	LEU	VAL	VAL	6	P	H	320 - 480	319 - 479
1	2	3	VAL	VAL	MET	MET	6	M	E	500 - 729	499 - 728
2	2	3	VAL	VAL	MET	MET	6	N	F	500 - 729	499 - 728
3	2	3	VAL	VAL	MET	MET	6	O	G	500 - 729	499 - 728
4	2	3	VAL	VAL	MET	MET	6	P	H	500 - 729	499 - 728

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

-
Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit ... , 2種, 8分子 ABCDMNOP

#1: タンパク質	Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta / CODH/ACS / Carbon monoxide dehydrogenase subunit / CODH subunit 分子量: 72875.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Moorella thermoacetica (バクテリア) 参照: UniProt: P27989, anaerobic carbon monoxide dehydrogenase, carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor)
#2: タンパク質	Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha / CODH/ACS / Acetyl-CoA synthase subunit / ACS subunit 分子量: 81685.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Moorella thermoacetica (バクテリア) / 参照: UniProt: P27988, CO-methylating acetyl-CoA synthase

-
非ポリマー , 9種, 2193分子

#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 化合物	ChemComp-XCC / FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER / C CLUSTER 分子量: 410.333 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄NiS₄
#5: 化合物	ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド分子量: 26.017 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#8: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#9: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#10: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.06 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 8% PEG MME 5000, 20% glycerol 200 mM calcium acetate, 100 mM Pipes, pH 6.5, 2 mM dithiothreitol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月15日
放射	モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 346767 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 25.911
反射シェル	解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.167 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / % possible all: 86.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出

精密化

構造決定の手法: Rigid body refinement from previously solved structure
開始モデル: PDB entry 1MJG

1mjg

解像度: 2.15→48.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22072	17112	5 %	RANDOM
R_work	0.17189	-	-	-
obs	0.17432	327121	96.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.631 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.95 Å²	0.21 Å²	-0.52 Å²
2-	-	0.42 Å²	-0.86 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	43318	0	172	2155	45645

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	44764
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.65	2.006	60762
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.597	5	5654
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.105	24.178	1958
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.913	15	7672
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.56	15	290
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	6720
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	33826
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	22903
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	30639
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	2842
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.146	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.229	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.18	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.879	1.5	27997
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.549	2	45194
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.63	3	16767
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.122	4.5	15411
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	2605	medium positional	0.11	0.5
1	2	B	2605	medium positional	0.1	0.5
1	3	C	2605	medium positional	0.1	0.5
1	4	D	2605	medium positional	0.13	0.5
2	1	M	1236	medium positional	0.1	0.5
2	2	N	1236	medium positional	0.1	0.5
2	3	O	1236	medium positional	0.13	0.5
2	4	P	1236	medium positional	0.11	0.5
1	1	A	2277	loose positional	0.33	5
1	2	B	2277	loose positional	0.3	5
1	3	C	2277	loose positional	0.28	5
1	4	D	2277	loose positional	0.38	5
2	1	M	1222	loose positional	0.39	5
2	2	N	1222	loose positional	0.42	5
2	3	O	1222	loose positional	0.51	5
2	4	P	1222	loose positional	0.42	5
3	1	M	3007	loose positional	0.66	5
3	2	N	3007	loose positional	0.91	5
3	3	O	3007	loose positional	1.07	5
3	4	P	3007	loose positional	0.93	5
1	1	A	2605	medium thermal	1.87	2
1	2	B	2605	medium thermal	2.97	2
1	3	C	2605	medium thermal	2.39	2
1	4	D	2605	medium thermal	3.09	2
2	1	M	1236	medium thermal	3.7	2
2	2	N	1236	medium thermal	3.98	2
2	3	O	1236	medium thermal	6.4	2
2	4	P	1236	medium thermal	1.39	2
1	1	A	2277	loose thermal	2.6	10
1	2	B	2277	loose thermal	3.84	10
1	3	C	2277	loose thermal	3.28	10
1	4	D	2277	loose thermal	4.07	10
2	1	M	1222	loose thermal	4.93	10
2	2	N	1222	loose thermal	5.07	10
2	3	O	1222	loose thermal	8.59	10
2	4	P	1222	loose thermal	2.16	10
3	1	M	3007	loose thermal	13.98	10
3	2	N	3007	loose thermal	15.7	10
3	3	O	3007	loose thermal	21.54	10
3	4	P	3007	loose thermal	8.61	10

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	1082	-
R_work	0.186	21867	-
obs	-	-	86.96 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit ... , 2種, 8分子 ABCDMNOP

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非ポリマー , 9種, 2193分子

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)